src/MCview/PDBfile.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package MCview;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 import java.io.*;
  24
  25 import java.util.*;
  26 import java.awt.Color;
  27
  28
  29 public class PDBfile extends jalview.io.AlignFile {
  30     public Vector chains;
  31     public String id;
  32
  33     public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException
  34     {
  35         super(inFile, inType);
  36     }
  37
  38     public String print()
  39     {
  40       return null;
  41     }
  42
  43     public void parse() throws IOException
  44     {
  45       try{
  46         chains = new Vector();
  47
  48         PDBChain tmpchain;
  49         String line;
  50         boolean modelFlag = false;
  51         boolean terFlag = false;
  52
  53         int index = 0;
  54         while ( (line = nextLine()) != null)
  55         {
  56           if (line.indexOf("HEADER") == 0)
  57           {
  58             id = line.substring(62, 67).trim();
  59             continue;
  60           }
  61           // Were we to do anything with SEQRES - we start it here
  62           if (line.indexOf("SEQRES") == 0) {
  63           }
  64
  65           if (line.indexOf("MODEL") == 0)
  66             modelFlag = true;
  67
  68           if (line.indexOf("TER") == 0)
  69             terFlag = true;
  70
  71           if (modelFlag && line.indexOf("ENDMDL") == 0)
  72             break;
  73           if (line.indexOf("ATOM") == 0
  74               || (line.indexOf("HETATM") == 0 && !terFlag)
  75               )
  76           {
  77             terFlag = false;
  78
  79             //Jalview is only interested in CA bonds????
  80             if (!line.substring(12, 15).trim().equals("CA"))
  81             {
  82               continue;
  83             }
  84
  85             Atom tmpatom = new Atom(line);
  86             tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
  87             if (tmpchain != null)
  88             {
  89               tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
  90             }
  91             else
  92             {
  93               tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);
  94               chains.addElement(tmpchain);
  95               tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
  96             }
  97           }
  98           index++;
  99         }
 100
 101         makeResidueList();
 102         makeCaBondList();
 103
 104         if (id == null)
 105         {
 106           id = inFile.getName();
 107         }
 108         for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 109         {
 110           SequenceI seq = ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).
 111               sequence;
 112           seq.setName(id + "|" + seq.getName());
 113           Sequence dataset = new Sequence(seq.
 114                                           getName(),
 115                                           seq.getSequence().toString(),
 116                                           seq.getStart(), seq.getEnd());
 117           dataset.setSequenceFeatures(seq.getSequenceFeatures());
 118           PDBEntry entry = new PDBEntry();
 119           entry.setId(id);
 120           if (inFile != null)
 121             entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());
 122
 123           seq.setDatasetSequence(dataset);
 124           dataset.addPDBId(entry);
 125
 126           getSeqs().addElement(seq);
 127         }
 128       }catch(OutOfMemoryError er)
 129       {
 130         System.out.println("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");
 131         throw new IOException("Out of memory loading PDB File");
 132       }
 133     }
 134
 135     public void makeResidueList() {
 136         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {
 137             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();
 138         }
 139     }
 140
 141     public void makeCaBondList() {
 142         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {
 143             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();
 144         }
 145     }
 146
 147     public PDBChain findChain(String id) {
 148         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {
 149             if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {
 150                 return (PDBChain) chains.elementAt(i);
 151             }
 152         }
 153
 154         return null;
 155     }
 156
 157     public void setChargeColours() {
 158         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {
 159             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();
 160         }
 161     }
 162
 163     public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs) {
 164         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {
 165             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);
 166         }
 167     }
 168
 169     public void setChainColours()
 170     {
 171        for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 172        {
 173             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(
 174                      Color.getHSBColor(1.0f / (float)i, .4f, 1.0f)
 175                 );
 176         }
 177     }
 178 }