src/MCview/PDBfile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 public class PDBfile
  29     extends jalview.io.AlignFile
  30 {
  31   public Vector chains;
  32   public String id;
  33
  34   /**
  35    * set to true to add chain alignment annotation as visible annotation.
  36    */
  37   boolean VisibleChainAnnotation=false;
  38   public PDBfile(String inFile, String inType)
  39       throws IOException
  40   {
  41     super(inFile, inType);
  42   }
  43
  44   public String print()
  45   {
  46     return null;
  47   }
  48
  49   public void parse()
  50       throws IOException
  51   {
  52     try
  53     {
  54       chains = new Vector();
  55
  56       PDBChain tmpchain;
  57       String line;
  58       boolean modelFlag = false;
  59       boolean terFlag = false;
  60
  61       int index = 0;
  62       while ( (line = nextLine()) != null)
  63       {
  64         if (line.indexOf("HEADER") == 0)
  65         {
  66           id = line.substring(62, 67).trim();
  67           continue;
  68         }
  69         // Were we to do anything with SEQRES - we start it here
  70         if (line.indexOf("SEQRES") == 0)
  71         {
  72         }
  73
  74         if (line.indexOf("MODEL") == 0)
  75         {
  76           modelFlag = true;
  77         }
  78
  79         if (line.indexOf("TER") == 0)
  80         {
  81           terFlag = true;
  82         }
  83
  84         if (modelFlag && line.indexOf("ENDMDL") == 0)
  85         {
  86           break;
  87         }
  88         if (line.indexOf("ATOM") == 0
  89             || (line.indexOf("HETATM") == 0 && !terFlag)
  90             )
  91         {
  92           terFlag = false;
  93
  94           //Jalview is only interested in CA bonds????
  95           if (!line.substring(12, 15).trim().equals("CA"))
  96           {
  97             continue;
  98           }
  99
 100           Atom tmpatom = new Atom(line);
 101           tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
 102           if (tmpchain != null)
 103           {
 104             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 105           }
 106           else
 107           {
 108             tmpchain = new PDBChain(id, tmpatom.chain);
 109             chains.addElement(tmpchain);
 110             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 111           }
 112         }
 113         index++;
 114       }
 115
 116       makeResidueList();
 117       makeCaBondList();
 118
 119       if (id == null)
 120       {
 121         id = inFile.getName();
 122       }
 123       for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 124       {
 125         SequenceI dataset = ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).
 126             sequence;
 127         dataset.setName(id + "|" + dataset.getName());
 128         PDBEntry entry = new PDBEntry();
 129         entry.setId(id);
 130         if (inFile != null)
 131         {
 132           entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());
 133         }
 134         dataset.addPDBId(entry);
 135         SequenceI chainseq = dataset.deriveSequence(); // PDBChain objects maintain reference to dataset
 136         seqs.addElement(chainseq);
 137         AlignmentAnnotation[] chainannot = chainseq.getAnnotation();
 138         if (chainannot!=null)
 139         {
 140           for (int ai=0; ai<chainannot.length; ai++)
 141           {
 142             chainannot[ai].visible=VisibleChainAnnotation;
 143             annotations.addElement(chainannot[ai]);
 144           }
 145         }
 146       }
 147     }
 148     catch (OutOfMemoryError er)
 149     {
 150       System.out.println("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");
 151       throw new IOException("Out of memory loading PDB File");
 152     }
 153   }
 154
 155   public void makeResidueList()
 156   {
 157     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 158     {
 159       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();
 160     }
 161   }
 162
 163   public void makeCaBondList()
 164   {
 165     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 166     {
 167       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();
 168     }
 169   }
 170
 171   public PDBChain findChain(String id)
 172   {
 173     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 174     {
 175       if ( ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id))
 176       {
 177         return (PDBChain) chains.elementAt(i);
 178       }
 179     }
 180
 181     return null;
 182   }
 183
 184   public void setChargeColours()
 185   {
 186     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 187     {
 188       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();
 189     }
 190   }
 191
 192   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 193   {
 194     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 195     {
 196       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);
 197     }
 198   }
 199
 200   public void setChainColours()
 201   {
 202     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 203     {
 204       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(
 205           Color.getHSBColor(1.0f / (float) i, .4f, 1.0f)
 206           );
 207     }
 208   }
 209 }