src/MCview/PDBfile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.io.FileParse;
  28
  29 public class PDBfile extends jalview.io.AlignFile
  30 {
  31   public Vector chains;
  32
  33   public String id;
  34
  35   /**
  36    * set to true to add chain alignment annotation as visible annotation.
  37    */
  38   boolean VisibleChainAnnotation = false;
  39
  40   public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException
  41   {
  42     super(inFile, inType);
  43   }
  44
  45   public PDBfile(FileParse source) throws IOException
  46   {
  47     super(source);
  48   }
  49
  50   public String print()
  51   {
  52     return null;
  53   }
  54
  55   public void parse() throws IOException
  56   {
  57     // TODO set the filename sensibly
  58     id = (inFile == null || inFile.getName()==null || inFile.getName().length()==0) ? "PDBFILE" : inFile.getName();
  59     try
  60     {
  61       chains = new Vector();
  62
  63       PDBChain tmpchain;
  64       String line;
  65       boolean modelFlag = false;
  66       boolean terFlag = false;
  67
  68       int index = 0;
  69       while ((line = nextLine()) != null)
  70       {
  71         if (line.indexOf("HEADER") == 0)
  72         {
  73           if (line.length()>62)
  74           {
  75             String tid;
  76             if (line.length()>67) {
  77               tid = line.substring(62, 67).trim();
  78             } else {
  79               tid=line.substring(62).trim();
  80             }
  81             if (tid.length()>0)
  82             {
  83               id = tid;
  84             }
  85             continue;
  86           }
  87         }
  88         // Were we to do anything with SEQRES - we start it here
  89         if (line.indexOf("SEQRES") == 0)
  90         {
  91         }
  92
  93         if (line.indexOf("MODEL") == 0)
  94         {
  95           modelFlag = true;
  96         }
  97
  98         if (line.indexOf("TER") == 0)
  99         {
 100           terFlag = true;
 101         }
 102
 103         if (modelFlag && line.indexOf("ENDMDL") == 0)
 104         {
 105           break;
 106         }
 107         if (line.indexOf("ATOM") == 0
 108                 || (line.indexOf("HETATM") == 0 && !terFlag))
 109         {
 110           terFlag = false;
 111
 112           // Jalview is only interested in CA bonds????
 113           if (!line.substring(12, 15).trim().equals("CA"))
 114           {
 115             continue;
 116           }
 117
 118           Atom tmpatom = new Atom(line);
 119           tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
 120           if (tmpchain != null)
 121           {
 122             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 123           }
 124           else
 125           {
 126             tmpchain = new PDBChain(id, tmpatom.chain);
 127             chains.addElement(tmpchain);
 128             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 129           }
 130         }
 131         index++;
 132       }
 133
 134       makeResidueList();
 135       makeCaBondList();
 136
 137       if (id == null)
 138       {
 139         id = inFile.getName();
 140       }
 141       for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 142       {
 143         SequenceI dataset = ((PDBChain) chains.elementAt(i)).sequence;
 144         dataset.setName(id + "|" + dataset.getName());
 145         PDBEntry entry = new PDBEntry();
 146         entry.setId(id);
 147         if (inFile != null)
 148         {
 149           entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());
 150         }
 151         dataset.addPDBId(entry);
 152         SequenceI chainseq = dataset.deriveSequence(); // PDBChain objects
 153                                                         // maintain reference to
 154                                                         // dataset
 155         seqs.addElement(chainseq);
 156         AlignmentAnnotation[] chainannot = chainseq.getAnnotation();
 157         if (chainannot != null)
 158         {
 159           for (int ai = 0; ai < chainannot.length; ai++)
 160           {
 161             chainannot[ai].visible = VisibleChainAnnotation;
 162             annotations.addElement(chainannot[ai]);
 163           }
 164         }
 165       }
 166     } catch (OutOfMemoryError er)
 167     {
 168       System.out.println("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");
 169       throw new IOException("Out of memory loading PDB File");
 170     }
 171   }
 172
 173   public void makeResidueList()
 174   {
 175     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 176     {
 177       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();
 178     }
 179   }
 180
 181   public void makeCaBondList()
 182   {
 183     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 184     {
 185       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();
 186     }
 187   }
 188
 189   public PDBChain findChain(String id)
 190   {
 191     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 192     {
 193       if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id))
 194       {
 195         return (PDBChain) chains.elementAt(i);
 196       }
 197     }
 198
 199     return null;
 200   }
 201
 202   public void setChargeColours()
 203   {
 204     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 205     {
 206       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();
 207     }
 208   }
 209
 210   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 211   {
 212     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 213     {
 214       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);
 215     }
 216   }
 217
 218   public void setChainColours()
 219   {
 220     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 221     {
 222       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(Color.getHSBColor(
 223               1.0f / (float) i, .4f, 1.0f));
 224     }
 225   }
 226 }