src/MCview/PDBfile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package MCview;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24
  25 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;
  26
  27 import org.xml.sax.SAXException;
  28
  29 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  30 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  31 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;
  32 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  33
  34 import jalview.datamodel.*;
  35 import jalview.io.FileParse;
  36 import jalview.io.RnamlFile;
  37 import jalview.ws.jws1.Annotate3D;
  38
  39 public class PDBfile extends jalview.io.AlignFile
  40 {
  41   public Vector chains;
  42
  43   public String id;
  44
  45   /**
  46    * set to true to add chain alignment annotation as visible annotation.
  47    */
  48   boolean VisibleChainAnnotation = false;
  49
  50   public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException, ExceptionUnmatchedClosingParentheses
  51   {
  52     super(inFile, inType);
  53   }
  54
  55   public PDBfile(FileParse source) throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException, ExceptionUnmatchedClosingParentheses
  56   {
  57     super(source);
  58   }
  59
  60   public String print()
  61   {
  62     return null;
  63   }
  64
  65   public void parse() throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException
  66   {
  67     // TODO set the filename sensibly - try using data source name.
  68     id = safeName(getDataName());
  69
  70     chains = new Vector();
  71
  72     PDBChain tmpchain;
  73     String line = null;
  74     boolean modelFlag = false;
  75     boolean terFlag = false;
  76     String lastID = "";
  77
  78     int index = 0;
  79     String atomnam = null;
  80     try
  81     {
  82       while ((line = nextLine()) != null)
  83       {
  84         if (line.indexOf("HEADER") == 0)
  85         {
  86           if (line.length() > 62)
  87           {
  88             String tid;
  89             if (line.length() > 67)
  90             {
  91               tid = line.substring(62, 67).trim();
  92             }
  93             else
  94             {
  95               tid = line.substring(62).trim();
  96             }
  97             if (tid.length() > 0)
  98             {
  99               id = tid;
 100             }
 101             continue;
 102           }
 103         }
 104         // Were we to do anything with SEQRES - we start it here
 105         if (line.indexOf("SEQRES") == 0)
 106         {
 107         }
 108
 109         if (line.indexOf("MODEL") == 0)
 110         {
 111           modelFlag = true;
 112         }
 113
 114         if (line.indexOf("TER") == 0)
 115         {
 116           terFlag = true;
 117         }
 118
 119         if (modelFlag && line.indexOf("ENDMDL") == 0)
 120         {
 121           break;
 122         }
 123         if (line.indexOf("ATOM") == 0
 124                 || (line.indexOf("HETATM") == 0 && !terFlag))
 125         {
 126           terFlag = false;
 127
 128           // Jalview is only interested in CA bonds????
 129           atomnam = line.substring(12, 15).trim();
 130           if (!atomnam.equals("CA") && !atomnam.equals("P"))
 131           {
 132             continue;
 133           }
 134
 135           Atom tmpatom = new Atom(line);
 136           tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
 137           if (tmpchain != null)
 138           {
 139             if (tmpatom.resNumIns.trim().equals(lastID))
 140             {
 141               // phosphorylated protein - seen both CA and P..
 142               continue;
 143             }
 144             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 145           }
 146           else
 147           {
 148             tmpchain = new PDBChain(id, tmpatom.chain);
 149             chains.addElement(tmpchain);
 150             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 151           }
 152           lastID = tmpatom.resNumIns.trim();
 153         }
 154         index++;
 155       }
 156
 157       makeResidueList();
 158       makeCaBondList();
 159
 160       if (id == null)
 161       {
 162         id = inFile.getName();
 163       }
 164       for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 165       {
 166         SequenceI dataset = ((PDBChain) chains.elementAt(i)).sequence;
 167         dataset.setName(id + "|" + dataset.getName());
 168         PDBEntry entry = new PDBEntry();
 169         entry.setId(id);
 170         entry.setProperty(new Hashtable());
 171         entry.getProperty().put("CHAIN", ((PDBChain)chains.elementAt(i)).id);
 172         if (inFile != null)
 173         {
 174           entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());
 175         }
 176         else
 177         {
 178           // TODO: decide if we should dump the datasource to disk
 179           entry.setFile(getDataName());
 180         }
 181         dataset.addPDBId(entry);
 182         SequenceI chainseq = dataset.deriveSequence(); // PDBChain objects
 183         // maintain reference to
 184         // dataset
 185         seqs.addElement(chainseq);
 186        if(isRNA(chainseq)==true)
 187        {
 188            String path =inFile.getPath();
 189            System.out.println("this is a PDB format and RNA sequence");
 190            Annotate3D an3d = new Annotate3D(path);
 191            System.out.println(id);
 192            //BufferedWriter r = an3d.getReader();
 193
 194           // BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader("temp.rnaml"));
 195
 196            //String str;
 197           // while ((str = in.readLine()) != null) {
 198                     // System.out.println(str);
 199                     // System.out.println("toto");
 200
 201                     // }
 202            //String type = "File";
 203            //RnamlFile rnaml =new RnamlFile("temp.rnaml",type);
 204            System.out.println("Create rnamfile object");
 205            //rnaml.parse("temp");
 206            //this.annotations =rnaml.getAnnot();
 207
 208        }
 209
 210         AlignmentAnnotation[] chainannot = chainseq.getAnnotation();
 211
 212         if (chainannot != null)
 213         {
 214           for (int ai = 0; ai < chainannot.length; ai++)
 215           {
 216
 217             chainannot[ai].visible = VisibleChainAnnotation;
 218             annotations.addElement(chainannot[ai]);
 219           }
 220         }
 221       }
 222     } catch (OutOfMemoryError er)
 223     {
 224       System.out.println("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");
 225       throw new IOException("Out of memory loading PDB File");
 226     } catch (NumberFormatException ex)
 227     {
 228       if (line != null)
 229       {
 230         System.err.println("Couldn't read number from line:");
 231         System.err.println(line);
 232       }
 233     }
 234   }
 235
 236   /**
 237    * make a friendly ID string.
 238    *
 239    * @param dataName
 240    * @return truncated dataName to after last '/'
 241    */
 242   private String safeName(String dataName)
 243   {
 244     int p = 0;
 245     while ((p = dataName.indexOf("/")) > -1 && p < dataName.length())
 246     {
 247       dataName = dataName.substring(p + 1);
 248     }
 249     return dataName;
 250   }
 251
 252   public void makeResidueList()
 253   {
 254     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 255     {
 256       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();
 257     }
 258   }
 259
 260   public void makeCaBondList()
 261   {
 262     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 263     {
 264       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();
 265     }
 266   }
 267
 268   public PDBChain findChain(String id)
 269   {
 270     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 271     {
 272       if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id))
 273       {
 274         return (PDBChain) chains.elementAt(i);
 275       }
 276     }
 277
 278     return null;
 279   }
 280
 281   public void setChargeColours()
 282   {
 283     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 284     {
 285       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();
 286     }
 287   }
 288
 289   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 290   {
 291     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 292     {
 293       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);
 294     }
 295   }
 296
 297   public void setChainColours()
 298   {
 299     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 300     {
 301       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(Color.getHSBColor(
 302               1.0f / (float) i, .4f, 1.0f));
 303     }
 304   }
 305   public boolean isRNA(SequenceI seqs)
 306   {
 307           for (int i=0;i<seqs.getLength();i++){
 308                   if((seqs.getCharAt(i)!='A') &&(seqs.getCharAt(i)!='C')&&(seqs.getCharAt(i)!='G')&&(seqs.getCharAt(i)!='U'))
 309                   {
 310                           return false;
 311                   }
 312           }
 313
 314                   return true;
 315
 316
 317   }
 318 }