JAL-1064 sequence database sources are stored and retrieved as lists associated with...
[jalview.git] / src / MCview / Residue.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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10  * 
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package MCview;
19
20 import java.util.*;
21
22 public class Residue
23 {
24   Vector atoms = new Vector();
25
26   int number;
27
28   int count;
29
30   int seqnumber;
31
32   public Residue(Vector atoms, int number, int count)
33   {
34     this.atoms = atoms;
35     this.number = number;
36     this.count = count;
37   }
38
39   public Atom findAtom(String name)
40   {
41     for (int i = 0; i < atoms.size(); i++)
42     {
43       if (((Atom) atoms.elementAt(i)).name.equals(name))
44       {
45         return (Atom) atoms.elementAt(i);
46       }
47     }
48
49     return null;
50   }
51 }