src/MCview/Residue.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  17  */
  18 package MCview;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 public class Residue
  23 {
  24   Vector atoms = new Vector();
  25
  26   int number;
  27
  28   int count;
  29
  30   int seqnumber;
  31
  32   public Residue(Vector atoms, int number, int count)
  33   {
  34     this.atoms = atoms;
  35     this.number = number;
  36     this.count = count;
  37   }
  38
  39   public Atom findAtom(String name)
  40   {
  41     for (int i = 0; i < atoms.size(); i++)
  42     {
  43       if (((Atom) atoms.elementAt(i)).name.equals(name))
  44       {
  45         return (Atom) atoms.elementAt(i);
  46       }
  47     }
  48
  49     return null;
  50   }
  51 }