src/MCview/Residue.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23
  24 public class Residue {
  25     Vector atoms = new Vector();
  26     int number;
  27     int count;
  28     int seqnumber;
  29
  30     public Residue(Vector atoms, int number, int count) {
  31         this.atoms = atoms;
  32         this.number = number;
  33         this.count = count;
  34     }
  35
  36     public Atom findAtom(String name)
  37     {
  38         for (int i = 0; i < atoms.size(); i++)
  39         {
  40             if (((Atom) atoms.elementAt(i)).name.equals(name))
  41             {
  42                 return (Atom) atoms.elementAt(i);
  43             }
  44         }
  45
  46         return null;
  47     }
  48 }