src/MCview/Residue.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 \r
  24 public class Residue {\r
  25     Vector atoms = new Vector();\r
  26     int number;\r
  27     int count;\r
  28     int seqnumber;\r
  29 \r
  30     public Residue(Vector atoms, int number, int count) {\r
  31         this.atoms = atoms;\r
  32         this.number = number;\r
  33         this.count = count;\r
  34     }\r
  35 \r
  36     public Atom findAtom(String name)\r
  37     {\r
  38         for (int i = 0; i < atoms.size(); i++)\r
  39         {\r
  40             if (((Atom) atoms.elementAt(i)).name.equals(name))\r
  41             {\r
  42                 return (Atom) atoms.elementAt(i);\r
  43             }\r
  44         }\r
  45 \r
  46         return null;\r
  47     }\r
  48 }\r