new getVisibleContigs method mirrors the getVisibleContigs method in AlignmentView
[jalview.git] / src / MCview / Residue.java
1 /*\r
2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4 *\r
5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
9 *\r
10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13 * GNU General Public License for more details.\r
14 *\r
15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18 */\r
19 package MCview;\r
20 \r
21 import java.util.*;\r
22 \r
23 \r
24 public class Residue {\r
25     Vector atoms = new Vector();\r
26     int number;\r
27     int count;\r
28     int seqnumber;\r
29 \r
30     public Residue(Vector atoms, int number, int count) {\r
31         this.atoms = atoms;\r
32         this.number = number;\r
33         this.count = count;\r
34     }\r
35 \r
36     public Atom findAtom(String name)\r
37     {\r
38         for (int i = 0; i < atoms.size(); i++)\r
39         {\r
40             if (((Atom) atoms.elementAt(i)).name.equals(name))\r
41             {\r
42                 return (Atom) atoms.elementAt(i);\r
43             }\r
44         }\r
45 \r
46         return null;\r
47     }\r
48 }\r