sequence groups carry their own conservation and consensus annotation rows
[jalview.git] / src / MCview / Residue.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
8  * of the License, or (at your option) any later version.
9  * 
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13  * GNU General Public License for more details.
14  * 
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
18  */
19 package MCview;
20
21 import java.util.*;
22
23 public class Residue
24 {
25   Vector atoms = new Vector();
26
27   int number;
28
29   int count;
30
31   int seqnumber;
32
33   public Residue(Vector atoms, int number, int count)
34   {
35     this.atoms = atoms;
36     this.number = number;
37     this.count = count;
38   }
39
40   public Atom findAtom(String name)
41   {
42     for (int i = 0; i < atoms.size(); i++)
43     {
44       if (((Atom) atoms.elementAt(i)).name.equals(name))
45       {
46         return (Atom) atoms.elementAt(i);
47       }
48     }
49
50     return null;
51   }
52 }