src/MCview/Residue.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 public class Residue
  24 {
  25   Vector atoms = new Vector();
  26   int number;
  27   int count;
  28   int seqnumber;
  29
  30   public Residue(Vector atoms, int number, int count)
  31   {
  32     this.atoms = atoms;
  33     this.number = number;
  34     this.count = count;
  35   }
  36
  37   public Atom findAtom(String name)
  38   {
  39     for (int i = 0; i < atoms.size(); i++)
  40     {
  41       if ( ( (Atom) atoms.elementAt(i)).name.equals(name))
  42       {
  43         return (Atom) atoms.elementAt(i);
  44       }
  45     }
  46
  47     return null;
  48   }
  49 }