src/MCview/Zsort.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 public class Zsort
  24 {
  25   public void Zsort(Vector bonds)
  26   {
  27     sort(bonds, 0, bonds.size() - 1);
  28   }
  29
  30   public void sort(Vector bonds, int p, int r)
  31   {
  32     int q;
  33
  34     if (p < r)
  35     {
  36       q = partition(bonds, p, r);
  37       sort(bonds, p, q);
  38       sort(bonds, q + 1, r);
  39     }
  40   }
  41
  42   private int partition(Vector bonds, int p, int r)
  43   {
  44     float x = ((Bond) bonds.elementAt(p)).start[2];
  45     int i = p - 1;
  46     int j = r + 1;
  47     Bond tmp;
  48     while (true)
  49     {
  50       do
  51       {
  52         j--;
  53       } while ((j >= 0) && (((Bond) bonds.elementAt(j)).start[2] > x));
  54
  55       do
  56       {
  57         i++;
  58       } while ((i < bonds.size())
  59               && (((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] < x));
  60
  61       if (i < j)
  62       {
  63         tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
  64         bonds.setElementAt(bonds.elementAt(j), i);
  65         bonds.setElementAt(tmp, j);
  66       }
  67       else
  68       {
  69         return j;
  70       }
  71     }
  72   }
  73 }