src/MCview/Zsort.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import java.util.Vector;
  24
  25 public class Zsort
  26 {
  27   /**
  28    * Sorts the Bond list in ascending order of the z-value of the bond start
  29    * atom
  30    *
  31    * @param bonds
  32    */
  33   public void sort(Vector<Bond> bonds)
  34   {
  35     sort(bonds, 0, bonds.size() - 1);
  36   }
  37
  38   public void sort(Vector<Bond> bonds, int p, int r)
  39   {
  40     int q;
  41
  42     if (p < r)
  43     {
  44       q = partition(bonds, p, r);
  45       sort(bonds, p, q);
  46       sort(bonds, q + 1, r);
  47     }
  48   }
  49
  50   private int partition(Vector<Bond> bonds, int p, int r)
  51   {
  52     float x = bonds.elementAt(p).start[2];
  53     int i = p - 1;
  54     int j = r + 1;
  55     Bond tmp;
  56     while (true)
  57     {
  58       do
  59       {
  60         j--;
  61       } while ((j >= 0) && (bonds.elementAt(j).start[2] > x));
  62
  63       do
  64       {
  65         i++;
  66       } while ((i < bonds.size())
  67               && (bonds.elementAt(i).start[2] < x));
  68
  69       if (i < j)
  70       {
  71         tmp = bonds.elementAt(i);
  72         bonds.setElementAt(bonds.elementAt(j), i);
  73         bonds.setElementAt(tmp, j);
  74       }
  75       else
  76       {
  77         return j;
  78       }
  79     }
  80   }
  81 }