JAL-2446 optimised new method to find feature colour for overview
[jalview.git] / src / MCview / Zsort.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
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8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package MCview;
22
23 import java.util.Vector;
24
25 public class Zsort
26 {
27   /**
28    * Sorts the Bond list in ascending order of the z-value of the bond start
29    * atom
30    * 
31    * @param bonds
32    */
33   public void sort(Vector<Bond> bonds)
34   {
35     sort(bonds, 0, bonds.size() - 1);
36   }
37
38   public void sort(Vector<Bond> bonds, int p, int r)
39   {
40     int q;
41
42     if (p < r)
43     {
44       q = partition(bonds, p, r);
45       sort(bonds, p, q);
46       sort(bonds, q + 1, r);
47     }
48   }
49
50   private int partition(Vector<Bond> bonds, int p, int r)
51   {
52     float x = bonds.elementAt(p).start[2];
53     int i = p - 1;
54     int j = r + 1;
55     Bond tmp;
56     while (true)
57     {
58       do
59       {
60         j--;
61       } while ((j >= 0) && (bonds.elementAt(j).start[2] > x));
62
63       do
64       {
65         i++;
66       } while ((i < bonds.size()) && (bonds.elementAt(i).start[2] < x));
67
68       if (i < j)
69       {
70         tmp = bonds.elementAt(i);
71         bonds.setElementAt(bonds.elementAt(j), i);
72         bonds.setElementAt(tmp, j);
73       }
74       else
75       {
76         return j;
77       }
78     }
79   }
80 }