Simplified schema
[jalview.git] / src / MCview / Zsort.java
1 /*\r
2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4 *\r
5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
9 *\r
10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13 * GNU General Public License for more details.\r
14 *\r
15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18 */\r
19 package MCview;\r
20 \r
21 import java.util.*;\r
22 \r
23 \r
24 public class Zsort {\r
25     public void Zsort(Vector bonds) {\r
26         sort(bonds, 0, bonds.size() - 1);\r
27     }\r
28 \r
29     public void sort(Vector bonds, int p, int r) {\r
30         int q;\r
31 \r
32         if (p < r) {\r
33             q = partition(bonds, p, r);\r
34             sort(bonds, p, q);\r
35             sort(bonds, q + 1, r);\r
36         }\r
37     }\r
38 \r
39     private int partition(Vector bonds, int p, int r) {\r
40         float x = ((Bond) bonds.elementAt(p)).start[2];\r
41         int i = p - 1;\r
42         int j = r + 1;\r
43         Bond tmp;\r
44         while (true) {\r
45             do {\r
46                 j --;\r
47             } while ((j >= 0) && (((Bond) bonds.elementAt(j)).start[2] > x));\r
48 \r
49             do {\r
50                 i ++;\r
51             } while ((i < bonds.size()) &&\r
52                     (((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] < x));\r
53 \r
54             if (i < j) {\r
55                 tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
56                 bonds.setElementAt(bonds.elementAt(j), i);\r
57                 bonds.setElementAt(tmp, j);\r
58             } else {\r
59                 return j;\r
60             }\r
61         }\r
62     }\r
63 }\r