sequence groups carry their own conservation and consensus annotation rows
[jalview.git] / src / MCview / Zsort.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
8  * of the License, or (at your option) any later version.
9  * 
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13  * GNU General Public License for more details.
14  * 
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
18  */
19 package MCview;
20
21 import java.util.*;
22
23 public class Zsort
24 {
25   public void Zsort(Vector bonds)
26   {
27     sort(bonds, 0, bonds.size() - 1);
28   }
29
30   public void sort(Vector bonds, int p, int r)
31   {
32     int q;
33
34     if (p < r)
35     {
36       q = partition(bonds, p, r);
37       sort(bonds, p, q);
38       sort(bonds, q + 1, r);
39     }
40   }
41
42   private int partition(Vector bonds, int p, int r)
43   {
44     float x = ((Bond) bonds.elementAt(p)).start[2];
45     int i = p - 1;
46     int j = r + 1;
47     Bond tmp;
48     while (true)
49     {
50       do
51       {
52         j--;
53       } while ((j >= 0) && (((Bond) bonds.elementAt(j)).start[2] > x));
54
55       do
56       {
57         i++;
58       } while ((i < bonds.size())
59               && (((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] < x));
60
61       if (i < j)
62       {
63         tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
64         bonds.setElementAt(bonds.elementAt(j), i);
65         bonds.setElementAt(tmp, j);
66       }
67       else
68       {
69         return j;
70       }
71     }
72   }
73 }