src/MCview/Zsort.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package MCview;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 public class Zsort
  23 {
  24   public void Zsort(Vector bonds)
  25   {
  26     sort(bonds, 0, bonds.size() - 1);
  27   }
  28
  29   public void sort(Vector bonds, int p, int r)
  30   {
  31     int q;
  32
  33     if (p < r)
  34     {
  35       q = partition(bonds, p, r);
  36       sort(bonds, p, q);
  37       sort(bonds, q + 1, r);
  38     }
  39   }
  40
  41   private int partition(Vector bonds, int p, int r)
  42   {
  43     float x = ((Bond) bonds.elementAt(p)).start[2];
  44     int i = p - 1;
  45     int j = r + 1;
  46     Bond tmp;
  47     while (true)
  48     {
  49       do
  50       {
  51         j--;
  52       } while ((j >= 0) && (((Bond) bonds.elementAt(j)).start[2] > x));
  53
  54       do
  55       {
  56         i++;
  57       } while ((i < bonds.size())
  58               && (((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] < x));
  59
  60       if (i < j)
  61       {
  62         tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
  63         bonds.setElementAt(bonds.elementAt(j), i);
  64         bonds.setElementAt(tmp, j);
  65       }
  66       else
  67       {
  68         return j;
  69       }
  70     }
  71   }
  72 }