src/MCview/Zsort.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package MCview;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 public class Zsort {\r
  25 \r
  26   public static void Zsort(Vector bonds) {\r
  27 \r
  28     sort(bonds,0,bonds.size()-1);\r
  29   }\r
  30 \r
  31 \r
  32 \r
  33   public static void sort(Vector bonds,int p, int r) {\r
  34     int q;\r
  35 \r
  36     if (p < r) {\r
  37       q = partition(bonds,p,r);\r
  38       sort(bonds,p,q);\r
  39       sort(bonds,q+1,r);\r
  40     }\r
  41   }\r
  42 \r
  43   private static int partition(Vector bonds, int p, int r) {\r
  44     float x = ((Bond)bonds.elementAt(p)).start[2];\r
  45     int i = p-1;\r
  46     int j = r+1;\r
  47 \r
  48     while(true) {\r
  49       do {\r
  50         j = j-1;\r
  51       } while (j >= 0  && ((Bond)bonds.elementAt(j)).start[2] > x);\r
  52 \r
  53       do {\r
  54         i = i+1;\r
  55       } while (i < bonds.size() && ((Bond)bonds.elementAt(i)).start[2] < x);\r
  56 \r
  57       if ( i < j) {\r
  58         Bond tmp = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
  59         bonds.setElementAt(bonds.elementAt(j),i);\r
  60         bonds.setElementAt(tmp,j);\r
  61       } else {\r
  62         return j;\r
  63       }\r
  64     }\r
  65   }\r
  66 }\r
  67 \r
  68 \r
  69 \r