src/MCview/rotCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class rotCanvas extends JPanel implements KeyListener, MouseListener,\r
  37     MouseMotionListener {\r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean depthcue = true;\r
  57     boolean wire = false;\r
  58     boolean bymolecule = false;\r
  59     boolean zbuffer = true;\r
  60     boolean dragging;\r
  61     int xstart;\r
  62     int xend;\r
  63     int ystart;\r
  64     int yend;\r
  65     int xmid;\r
  66     int ymid;\r
  67     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  68 \r
  69     public rotCanvas(PDBfile pdb, Sequence sequence,\r
  70         jalview.gui.AlignViewport av) throws IOException {\r
  71         int max = -10;\r
  72         int maxchain = -1;\r
  73         int pdbstart = 0;\r
  74         int pdbend = 0;\r
  75         int seqstart = 0;\r
  76         int seqend = 0;\r
  77 \r
  78         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
  79             // Now lets compare the sequences to get\r
  80             // the start and end points.\r
  81             java.util.StringTokenizer str = new java.util.StringTokenizer(sequence.getSequence(),\r
  82                     ".");\r
  83             String newString = "";\r
  84 \r
  85             while (str.hasMoreTokens()) {\r
  86                 newString += str.nextToken();\r
  87             }\r
  88 \r
  89             // Align the sequence to the pdb\r
  90             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
  91                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
  92             as.calcScoreMatrix();\r
  93             as.traceAlignment();\r
  94             as.printAlignment();\r
  95 \r
  96             if (as.maxscore > max) {\r
  97                 max = as.maxscore;\r
  98                 maxchain = i;\r
  99 \r
 100                 pdbstart = as.seq2start;\r
 101                 pdbend = as.seq2end;\r
 102                 seqstart = as.seq1start - 1;\r
 103                 seqend = as.seq1end - 1;\r
 104             }\r
 105 \r
 106             System.out.println("PDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);\r
 107             System.out.println("SEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);\r
 108         }\r
 109 \r
 110         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbstart = pdbstart;\r
 111         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbend = pdbend;\r
 112         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqstart = seqstart;\r
 113         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqend = seqend;\r
 114         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).isVisible = true;\r
 115         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).sequence = sequence;\r
 116         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).colourBySequence(av,\r
 117             sequence);\r
 118 \r
 119         this.pdb = pdb;\r
 120         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());\r
 121 \r
 122         //Initialize the matrices to identity\r
 123         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 124             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 125                 if (i != j) {\r
 126                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 127                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 128                 } else {\r
 129                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 130                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 131                 }\r
 132             }\r
 133         }\r
 134 \r
 135         addMouseMotionListener(this);\r
 136         addMouseListener(this);\r
 137         addKeyListener(this);\r
 138 \r
 139         addPDBfile();\r
 140         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 141         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
 142         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
 143 \r
 144     }\r
 145 \r
 146     public void addPDBfile() {\r
 147         findCentre();\r
 148         findWidth();\r
 149 \r
 150         scale = findScale();\r
 151 \r
 152         System.out.println("Scale factor = " + scale);\r
 153     }\r
 154 \r
 155     public void deleteBonds() {\r
 156         scale = 0;\r
 157         maxwidth = 0;\r
 158 \r
 159         width[0] = 0;\r
 160         width[1] = 0;\r
 161         width[2] = 0;\r
 162 \r
 163         centre[0] = 0;\r
 164         centre[1] = 0;\r
 165         centre[2] = 0;\r
 166 \r
 167         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
 168             ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).bonds = null;\r
 169         }\r
 170     }\r
 171 \r
 172     public void findWidth() {\r
 173         float[] max = new float[3];\r
 174         float[] min = new float[3];\r
 175 \r
 176         max[0] = (float) -1e30;\r
 177         max[1] = (float) -1e30;\r
 178         max[2] = (float) -1e30;\r
 179 \r
 180         min[0] = (float) 1e30;\r
 181         min[1] = (float) 1e30;\r
 182         min[2] = (float) 1e30;\r
 183 \r
 184         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 185             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 186                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 187 \r
 188                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 189                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 190 \r
 191                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 192                         max[0] = tmp.start[0];\r
 193                     }\r
 194 \r
 195                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 196                         max[1] = tmp.start[1];\r
 197                     }\r
 198 \r
 199                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 200                         max[2] = tmp.start[2];\r
 201                     }\r
 202 \r
 203                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 204                         min[0] = tmp.start[0];\r
 205                     }\r
 206 \r
 207                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 208                         min[1] = tmp.start[1];\r
 209                     }\r
 210 \r
 211                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 212                         min[2] = tmp.start[2];\r
 213                     }\r
 214 \r
 215                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 216                         max[0] = tmp.end[0];\r
 217                     }\r
 218 \r
 219                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 220                         max[1] = tmp.end[1];\r
 221                     }\r
 222 \r
 223                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 224                         max[2] = tmp.end[2];\r
 225                     }\r
 226 \r
 227                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 228                         min[0] = tmp.end[0];\r
 229                     }\r
 230 \r
 231                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 232                         min[1] = tmp.end[1];\r
 233                     }\r
 234 \r
 235                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 236                         min[2] = tmp.end[2];\r
 237                     }\r
 238                 }\r
 239             }\r
 240         }\r
 241 \r
 242         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 243         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 244         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);\r
 245 \r
 246         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 247         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 248         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 249 \r
 250         maxwidth = width[0];\r
 251 \r
 252         if (width[1] > width[0]) {\r
 253             maxwidth = width[1];\r
 254         }\r
 255 \r
 256         if (width[2] > width[1]) {\r
 257             maxwidth = width[2];\r
 258         }\r
 259 \r
 260         System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 261     }\r
 262 \r
 263     public float findScale() {\r
 264         int dim;\r
 265         int width;\r
 266         int height;\r
 267 \r
 268         if (getWidth() != 0) {\r
 269             width = getWidth();\r
 270             height = getHeight();\r
 271         } else {\r
 272             width = prefsize.width;\r
 273             height = prefsize.height;\r
 274         }\r
 275 \r
 276         if (width < height) {\r
 277             dim = width;\r
 278         } else {\r
 279             dim = height;\r
 280         }\r
 281 \r
 282         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 283     }\r
 284 \r
 285     public void findCentre() {\r
 286         float xtot = 0;\r
 287         float ytot = 0;\r
 288         float ztot = 0;\r
 289 \r
 290         int bsize = 0;\r
 291 \r
 292         //Find centre coordinate\r
 293         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 294             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 295                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 296 \r
 297                 bsize += bonds.size();\r
 298 \r
 299                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 300                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 301                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 302 \r
 303                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 304                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 305 \r
 306                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 307                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 308                 }\r
 309             }\r
 310         }\r
 311 \r
 312         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 313         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 314         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 315     }\r
 316 \r
 317     public void paint(Graphics g) {\r
 318         //Only create the image at the beginning -\r
 319         //this saves much memory usage\r
 320         if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth()) ||\r
 321                 (prefsize.height != getHeight())) {\r
 322             prefsize.width = getWidth();\r
 323             prefsize.height = getHeight();\r
 324 \r
 325             scale = findScale();\r
 326             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 327             ig = img.getGraphics();\r
 328 \r
 329             redrawneeded = true;\r
 330         }\r
 331 \r
 332         if (redrawneeded == true) {\r
 333             drawBackground(ig, Color.black);\r
 334             drawScene(ig);\r
 335             redrawneeded = false;\r
 336         } else {\r
 337             ig = img.getGraphics();\r
 338         }\r
 339 \r
 340         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 341     }\r
 342 \r
 343     public void drawBackground(Graphics g, Color col) {\r
 344         g.setColor(col);\r
 345         g.fillRect(0, 0, prefsize.width, prefsize.height);\r
 346     }\r
 347 \r
 348     public void drawScene(Graphics g) {\r
 349         // Sort the bonds by z coord\r
 350         Vector bonds = new Vector();\r
 351 \r
 352         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 353             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 354                 Vector tmp = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 355 \r
 356                 for (int i = 0; i < tmp.size(); i++) {\r
 357                     bonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 358                 }\r
 359             }\r
 360         }\r
 361 \r
 362         if (zbuffer) {\r
 363             Zsort.Zsort(bonds);\r
 364         }\r
 365 \r
 366         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 367             Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 368 \r
 369             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 370                 (getWidth() / 2));\r
 371             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 372                 (getHeight() / 2));\r
 373 \r
 374             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 375                 (getWidth() / 2));\r
 376             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 377                 (getHeight() / 2));\r
 378 \r
 379             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 380             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 381 \r
 382             if (depthcue && !bymolecule) {\r
 383                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 384                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 385                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 386 \r
 387                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 388                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 389                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 390                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 391                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 392 \r
 393                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 394                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 395                 } else {\r
 396                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 397                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 398 \r
 399                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 400                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 401                 }\r
 402             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 403                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 404                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 405                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 406                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 407                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 408                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 409                 } else {\r
 410                     g.setColor(Color.green);\r
 411                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 412                 }\r
 413             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 414                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 415                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 416                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 417                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 418             } else {\r
 419                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 420             }\r
 421         }\r
 422     }\r
 423 \r
 424     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 425         if (!wire) {\r
 426             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 427                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 428                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 429                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 430             } else {\r
 431                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 432                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 433                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 434                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 435             }\r
 436         } else {\r
 437             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 438         }\r
 439     }\r
 440 \r
 441     public Dimension minimumsize() {\r
 442         return prefsize;\r
 443     }\r
 444 \r
 445     public Dimension preferredsize() {\r
 446         return prefsize;\r
 447     }\r
 448 \r
 449     public void keyTyped(KeyEvent evt) {\r
 450     }\r
 451 \r
 452     public void keyReleased(KeyEvent evt) {\r
 453     }\r
 454 \r
 455     public void keyPressed(KeyEvent evt) {\r
 456         int key = evt.getKeyChar();\r
 457 \r
 458         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP) {\r
 459             scale = (float) (scale * 1.1);\r
 460             redrawneeded = true;\r
 461             repaint();\r
 462         } else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN) {\r
 463             scale = (float) (scale * 0.9);\r
 464             redrawneeded = true;\r
 465             repaint();\r
 466         } else if (key == 'w') {\r
 467             wire = !wire;\r
 468             System.out.println("wireframe " + wire);\r
 469             redrawneeded = true;\r
 470             repaint();\r
 471         } else if (key == 'd') {\r
 472             depthcue = !depthcue;\r
 473             System.out.println("Depth cueing is " + depthcue);\r
 474             redrawneeded = true;\r
 475             repaint();\r
 476         } else if (key == 'm') {\r
 477             bymolecule = !bymolecule;\r
 478             System.out.println("Bymolecule is " + bymolecule);\r
 479             redrawneeded = true;\r
 480             repaint();\r
 481         } else if (key == 'z') {\r
 482             zbuffer = !zbuffer;\r
 483             System.out.println("Z buffering is " + zbuffer);\r
 484             redrawneeded = true;\r
 485             repaint();\r
 486         } else if (key == 'c') {\r
 487             bymolecule = false;\r
 488             pdb.setChainColours();\r
 489             System.out.println("Colouring by chain");\r
 490             redrawneeded = true;\r
 491             repaint();\r
 492         } else if (key == 'h') {\r
 493             bymolecule = false;\r
 494             pdb.setHydrophobicityColours();\r
 495             System.out.println("Colouring by hydrophobicity");\r
 496             redrawneeded = true;\r
 497             repaint();\r
 498         } else if (key == 'q') {\r
 499             bymolecule = false;\r
 500             pdb.setChargeColours();\r
 501             System.out.println("Colouring charges and cysteines");\r
 502             redrawneeded = true;\r
 503             repaint();\r
 504         }\r
 505 \r
 506         return;\r
 507     }\r
 508 \r
 509     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 510         mx = e.getX();\r
 511         my = e.getY();\r
 512         omx = mx;\r
 513         omy = my;\r
 514         dragging = false;\r
 515     }\r
 516 \r
 517     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 518         myAtom fatom = null;\r
 519 \r
 520         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 521             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 522 \r
 523             if (chain.isVisible) {\r
 524                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 525 \r
 526                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 527                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 528                     int truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 529                         (getWidth() / 2));\r
 530 \r
 531                     if (Math.abs(truex - e.getX()) <= 2) {\r
 532                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 533                             (getHeight() / 2));\r
 534 \r
 535                         if (Math.abs(truey - e.getY()) <= 2) {\r
 536                             fatom = tmpBond.at1;\r
 537                         }\r
 538                     }\r
 539                 }\r
 540             }\r
 541         }\r
 542 \r
 543         if (fatom != null) {\r
 544             this.setToolTipText(fatom.resName);\r
 545         } else {\r
 546             this.setToolTipText(null);\r
 547         }\r
 548     }\r
 549 \r
 550     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 551     }\r
 552 \r
 553     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 554     }\r
 555 \r
 556     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 557     }\r
 558 \r
 559     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 560         int x = evt.getX();\r
 561         int y = evt.getY();\r
 562         mx = x;\r
 563         my = y;\r
 564 \r
 565         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 566         objmat.setIdentity();\r
 567 \r
 568         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 569             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 570         } else {\r
 571             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 572             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 573         }\r
 574 \r
 575         //Alter the bonds\r
 576         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 577             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 578 \r
 579             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 580                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 581 \r
 582                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 583                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 584 \r
 585                 //Now apply the rotation matrix\r
 586                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 587                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 588 \r
 589                 //Now translate back again\r
 590                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 591             }\r
 592         }\r
 593 \r
 594         objmat = null;\r
 595 \r
 596         omx = mx;\r
 597         omy = my;\r
 598 \r
 599         redrawneeded = true;\r
 600 \r
 601         paint(this.getGraphics());\r
 602 \r
 603         dragging = true;\r
 604 \r
 605         return;\r
 606     }\r
 607 \r
 608     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 609         //int x = evt.getX();\r
 610         //int y = evt.getY();\r
 611 \r
 612         //if (!dragging) {\r
 613           //  myAtom tmp = findAtom(x, y);\r
 614         //}\r
 615 \r
 616         drawLabels();\r
 617 \r
 618         return;\r
 619     }\r
 620 \r
 621     public void drawLabels() {\r
 622         redrawneeded = true;\r
 623         paint(this.getGraphics());\r
 624 \r
 625         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 626             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 627 \r
 628             if (chain.isVisible) {\r
 629                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 630 \r
 631                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 632                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 633 \r
 634                     if (tmpBond.at1.isSelected) {\r
 635                         labelAtom(img.getGraphics(), tmpBond, 1);\r
 636                     }\r
 637 \r
 638                     if (tmpBond.at2.isSelected) {\r
 639                         labelAtom(img.getGraphics(), tmpBond, 2);\r
 640                     }\r
 641                 }\r
 642             }\r
 643         }\r
 644 \r
 645         this.getGraphics().drawImage(img, 0, 0, this);\r
 646 \r
 647         dragging = false;\r
 648     }\r
 649 \r
 650     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 651         g.setFont(font);\r
 652 \r
 653         if (n == 1) {\r
 654             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 655                 (getWidth() / 2));\r
 656             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 657                 (getHeight() / 2));\r
 658 \r
 659             g.setColor(Color.red);\r
 660             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 661         }\r
 662 \r
 663         if (n == 2) {\r
 664             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 665                 (getWidth() / 2));\r
 666             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 667                 (getHeight() / 2));\r
 668 \r
 669             g.setColor(Color.red);\r
 670             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 671         }\r
 672     }\r
 673 \r
 674     public myAtom findAtom(int x, int y) {\r
 675         myAtom fatom = null;\r
 676 \r
 677         int foundchain = -1;\r
 678 \r
 679         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 680             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 681 \r
 682             if (chain.isVisible) {\r
 683                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 684 \r
 685                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 686                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 687 \r
 688                     int truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 689                         (getWidth() / 2));\r
 690 \r
 691                     if (Math.abs(truex - x) <= 2) {\r
 692                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 693                             (getHeight() / 2));\r
 694 \r
 695                         if (Math.abs(truey - y) <= 2) {\r
 696                             System.out.println("Found match");\r
 697                             System.out.println(x + " " + y);\r
 698                             System.out.println(truex + " " + truey);\r
 699                             System.out.println(tmpBond.start[0] + " " +\r
 700                                 tmpBond.start[1]);\r
 701                             System.out.println("Atom 1 = " +\r
 702                                 tmpBond.at1.resName + " " +\r
 703                                 tmpBond.at1.resNumber + " " +\r
 704                                 tmpBond.at1.chain);\r
 705                             fatom = tmpBond.at1;\r
 706                             fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 707                             foundchain = ii;\r
 708                         }\r
 709                     }\r
 710                 }\r
 711             }\r
 712 \r
 713             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 714              {\r
 715                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 716 \r
 717                 // SMJS TODO\r
 718                 // int tmp = chain.ds.seqstart + fatom.resNumber - chain.offset;\r
 719                 // int pos = chain.ds.findIndex(tmp);\r
 720                 // System.out.println("Found seq " + chain.ds.name + " "  + tmp + " " + pos);\r
 721             }\r
 722         }\r
 723 \r
 724         return fatom;\r
 725     }\r
 726 \r
 727     public void update(Graphics g) {\r
 728         paint(g);\r
 729     }\r
 730 }\r