src/castor.properties

   1 ###############################################################################
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3 # Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
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  17 ###############################################################################
  18 # THE CASTOR PROPERTIES FILE\r
  19 # This file specifies values for Castor run-time which may be configured\r
  20 # by the user.\r
  21 # $Id$\r
  22 \r
  23 # This section defines Backwards compatibility switches.\r
  24 #\r
  25 # Hashtable/Map default mapping.\r
  26 # For backward compatibility with 0.9.5.2 and earlier.\r
  27 #\r
  28 #org.exolab.castor.xml.saveMapKeys=false\r
  29 \r
  30 # Defines the default XML parser to be used by Castor.\r
  31 # The parser must implement org.xml.sax.Parser.\r
  32 #\r
  33 org.exolab.castor.parser=org.apache.xerces.parsers.SAXParser\r
  34 \r
  35 # Defines the (default) XML serializer factory to use by Castor, which must\r
  36 # implement org.exolab.castor.xml.SerializerFactory; default is \r
  37 # org.exolab.castor.xml.XercesXMLSerializerFactory\r
  38 # \r
  39 # When using Castor XML with JDK 5.0, you may switch to the XercesJDK5XMLSerializerFactory\r
  40 # which will use the Xerces instance as shipped with the JDK itself; this avoids\r
  41 # having to download another Xerces instance and installing it. \r
  42 org.exolab.castor.xml.serializer.factory=org.exolab.castor.xml.XercesXMLSerializerFactory\r
  43 #org.exolab.castor.xml.serializer.factory=org.exolab.castor.xml.XercesJDK5XMLSerializerFactory\r
  44 \r
  45 # Defines the NodeType for use with Java primitive types (int, long, boolean,\r
  46 # etc). This value is only used by the Introspector.  Valid values are either\r
  47 # "attribute" or "element". By default, all primitives are marshaled as\r
  48 # attributes. Uncomment the following line to change the NodeType to element.\r
  49 #\r
  50 #org.exolab.castor.xml.introspector.primitive.nodetype=element\r
  51 \r
  52 # Defines the Naming "style" or conventions to use when creating XML names\r
  53 # from Java class or field names.\r
  54 # Valid values are as follows:\r
  55 # -----------------------------------------------------------------\r
  56 # lower (default)  |  All names are lowercase with hyphens\r
  57 #                  |  separating words.\r
  58 #                  |\r
  59 #                  |  Example: personInfo = person-info\r
  60 # -----------------------------------------------------------------\r
  61 # mixed            |  All names are mixed case, with Uppercase\r
  62 #                  |  character as the first letter of a new word.\r
  63 #                  |\r
  64 #                  |  Example: personInfo = personInfo\r
  65 #                  |  Example: FooBar     = fooBar\r
  66 # -----------------------------------------------------------------\r
  67 # {Any ClassName}  |  Any Class which implements\r
  68 #                  |  org.exolab.castor.xml.XMLNaming\r
  69 # -----------------------------------------------------------------\r
  70 #\r
  71 # By default, all names are treated as the "lower" option.  To preserve the\r
  72 # Java mixed-case conventions, uncomment the following line.\r
  73 #\r
  74 #org.exolab.castor.xml.naming=mixed\r
  75 \r
  76 ###############################\r
  77 # REGULAR EXPRESSION EVALUATORS\r
  78 #\r
  79 # Defines the Regular Expression Evaluator to be used by Castor.\r
  80 # The evaluator must implement org.exolab.castor.util.RegExpEvaluator.\r
  81 #\r
  82 # Uncomment the following to basically suppress Regular expressions evaluation:\r
  83 #org.exolab.castor.regexp=org.exolab.castor.xml.util.AlwaysTrueRegExpEvaluator\r
  84 #\r
  85 # An implementation which uses the Jakarta RegExp library:\r
  86 #org.exolab.castor.regexp=org.exolab.castor.util.JakartaRegExpEvaluator\r
  87 #\r
  88 # An implementation which uses the Jakarta ORO library:\r
  89 org.exolab.castor.regexp=org.exolab.castor.util.JakartaOroEvaluator\r
  90 \r
  91 # True if all documents should be indented on output by default.\r
  92 # Defaults to false.\r
  93 #\r
  94 #org.exolab.castor.indent=true\r
  95 \r
  96 # True if xml documents should be validated by the SAX Parser\r
  97 # Defaults to false.\r
  98 #\r
  99 org.exolab.castor.parser.validation=false\r
 100 \r
 101 # True for parser to support Namespaces.\r
 102 # Defaults to false.\r
 103 #\r
 104 org.exolab.castor.parser.namespaces=false\r
 105 \r
 106 # True if all documents should be validated by the marshaling framework\r
 107 # Defaults to true.\r
 108 #\r
 109 org.exolab.castor.marshalling.validation=true\r
 110 \r
 111 # Comma separated list of SAX 2 features that should be enabled for the\r
 112 # default parser.\r
 113 #\r
 114 #org.exolab.castor.sax.features=\r
 115 \r
 116 # Comma separated list of SAX 2 features that should be disabled for the\r
 117 # default parser.\r
 118 #\r
 119 #org.exolab.castor.sax.features-to-disable\r
 120 \r
 121 # True if debugging output should be generated.\r
 122 # Defaults to false.\r
 123 #\r
 124 org.exolab.castor.debug=false\r
 125 \r
 126 # List of collection handlers for Java 1.1 and Java 1.2 run-times:\r
 127 #\r
 128 org.exolab.castor.mapping.collections=\\r
 129   org.exolab.castor.mapping.loader.J1CollectionHandlers,\\r
 130   org.exolab.castor.mapping.loader.J2CollectionHandlers\r
 131 \r
 132 # List of persistence factories for the supported database servers:\r
 133 #\r
 134 org.exolab.castor.jdo.engines=\\r
 135   org.exolab.castor.jdo.drivers.OracleFactory,\\r
 136   org.exolab.castor.jdo.drivers.PostgreSQLFactory,\\r
 137   org.exolab.castor.jdo.drivers.SybaseFactory,\\r
 138   org.exolab.castor.jdo.drivers.SQLServerFactory,\\r
 139   org.exolab.castor.jdo.drivers.DB2Factory,\\r
 140   org.exolab.castor.jdo.drivers.InformixFactory,\\r
 141   org.exolab.castor.jdo.drivers.HsqlFactory,\\r
 142   org.exolab.castor.jdo.drivers.InstantDBFactory,\\r
 143   org.exolab.castor.jdo.drivers.InterbaseFactory,\\r
 144   org.exolab.castor.jdo.drivers.MySQLFactory,\\r
 145   org.exolab.castor.jdo.drivers.SapDbFactory,\\r
 146   org.exolab.castor.jdo.drivers.GenericFactory,\\r
 147   org.exolab.castor.jdo.drivers.DerbyFactory,\\r
 148   org.castor.jdo.drivers.PointbaseFactory,\\r
 149   org.castor.jdo.drivers.ProgressFactory\r
 150 \r
 151 # List of key generator factories:\r
 152 #\r
 153 org.exolab.castor.jdo.keyGeneratorFactories=\\r
 154   org.exolab.castor.jdo.keygen.MaxKeyGeneratorFactory,\\r
 155   org.exolab.castor.jdo.keygen.HighLowKeyGeneratorFactory,\\r
 156   org.exolab.castor.jdo.keygen.IdentityKeyGeneratorFactory,\\r
 157   org.exolab.castor.jdo.keygen.SequenceKeyGeneratorFactory,\\r
 158   org.exolab.castor.jdo.keygen.UUIDKeyGeneratorFactory\r
 159 \r
 160 # Collection handlers for the source code generator:\r
 161 #\r
 162 org.exolab.castor.builder.type.j2=\\r
 163   org.exolab.castor.builder.FieldInfoFactoryJ2\r
 164 org.exolab.castor.builder.type.j1=\\r
 165   org.exolab.castor.builder.FieldInfoFactory\r
 166 org.exolab.castor.builder.type.odmg=\\r
 167   org.exolab.castor.builder.FieldInfoFactoryODMG30\r
 168 \r
 169 # Configures the default time zone to apply to dates/times fetched from\r
 170 # database fields (if not already part of the data).  Specify same format as\r
 171 # in java.util.TimeZone.getTimeZone, or the empty string to use the computer's\r
 172 # local time zone. Please see http://de.wikipedia.org/wiki/Zeitzone for\r
 173 # detailed information about time zones.\r
 174 #\r
 175 org.exolab.castor.jdo.defaultTimeZone=\r
 176 #org.exolab.castor.jdo.defaultTimeZone=GMT-8:00\r
 177 \r
 178 # List of TxSynchronizeable implementations:\r
 179 #\r
 180 #org.exolab.castor.persist.TxSynchronizable=\r
 181 \r
 182 # Sets the buffer size in bytes for fetching LOBs (this is dependent upon\r
 183 # the JDBC driver implementation).  The value below == 5k.\r
 184 #\r
 185 org.exolab.castor.jdo.lobBufferSize=5120\r
 186 \r
 187 # True if database configuration should be initalization\r
 188 # when loading it (default: true).\r
 189 #\r
 190 #org.exolab.castor.jdo.DatabaseInitializeAtLoad=true\r
 191 \r
 192 # True if proxy classes should be used for JDBC connections and\r
 193 # prepared statements.\r
 194 # Defaults to true.\r
 195 #\r
 196 org.exolab.castor.persist.useProxies=false\r
 197 \r
 198 # MappingLoader implementations:\r
 199 #\r
 200 org.castor.mapping.loaderFactories=\\r
 201   org.castor.mapping.JDOMappingLoaderFactory,\\r
 202   org.castor.mapping.XMLMappingLoaderFactory\r
 203 \r
 204 # Cache implementations:\r
 205 #\r
 206 org.castor.cache.Factories=\\r
 207   org.castor.cache.simple.NoCacheFactory,\\r
 208   org.castor.cache.simple.TimeLimitedFactory,\\r
 209   org.castor.cache.simple.CountLimitedFactory,\\r
 210   org.castor.cache.simple.UnlimitedFactory,\\r
 211   org.castor.cache.distributed.FKCacheFactory,\\r
 212   org.castor.cache.distributed.JcsCacheFactory,\\r
 213   org.castor.cache.distributed.JCacheFactory,\\r
 214   org.castor.cache.distributed.CoherenceCacheFactory,\\r
 215   org.castor.cache.distributed.OsCacheFactory,\\r
 216   org.castor.cache.hashbelt.FIFOHashbeltFactory,\\r
 217   org.castor.cache.hashbelt.LRUHashbeltFactory,\\r
 218   org.castor.cache.distributed.EHCacheFactory,\\r
 219   org.castor.cache.distributed.GigaspacesCacheFactory\r
 220 \r
 221 # TransactionManagerFactory implementations:\r
 222 #\r
 223 org.castor.transactionmanager.Factories=\\r
 224   org.castor.transactionmanager.WebSphereTransactionManagerFactory,\\r
 225   org.castor.transactionmanager.WebSphere5TransactionManagerFactory,\\r
 226   org.castor.transactionmanager.WebSphere51TransactionManagerFactory,\\r
 227   org.castor.transactionmanager.LocalTransactionManagerFactory,\\r
 228   org.castor.transactionmanager.JNDIENCTransactionManagerFactory,\\r
 229   org.castor.transactionmanager.JOTMTransactionManagerFactory\r
 230 \r
 231 # Selects whether the TransactionManager should be initialized at registration,\r
 232 # or lazily when requested for the first time.\r
 233 # Defaults to false.\r
 234 #\r
 235 org.castor.transactionmanager.InitializeAtRegistration=false\r
 236 \r
 237 # Instructs Castor JDO to use the JDBC 3.0-specific features to obtain\r
 238 # the generated value of an identity column.\r
 239 # Defaults to false.\r
 240 #\r
 241 org.castor.jdo.use.jdbc30=false\r
 242 \r
 243 # Specifies whether to use ANSI-compliant SQL for MS SQL Server.\r
 244 # Defaults to false.\r
 245 #\r
 246 org.exolab.castor.jdo.sqlserver.ansi-compliant=false\r
 247 \r
 248 # Specifyies whether the ClassDescriptorResolver should (automatically) search\r
 249 # for and consult with package mapping files (.castor.xml) to retrieve class\r
 250 # descriptor information; on by default.\r
 251 # Defaults to true.\r
 252 #\r
 253 #org.exolab.castor.xml.loadPackageMappings=false\r