re-enabled new uniprot sequence fetcher on spike branch
[jalview.git] / src / castor.properties
1 ###############################################################################
2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3 # Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4
5 # This file is part of Jalview.
6
7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8 # modify it under the terms of the GNU General Public License 
9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10 #  
11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15
16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17 # The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
18 ###############################################################################
19 # THE CASTOR PROPERTIES FILE
20 # This file specifies values for Castor run-time which may be configured
21 # by the user.
22 # $Id$
23
24 # This section defines Backwards compatibility switches.
25 #
26 # Hashtable/Map default mapping.
27 # For backward compatibility with 0.9.5.2 and earlier.
28 #
29 #org.exolab.castor.xml.saveMapKeys=false
30
31 # Defines the default XML parser to be used by Castor.
32 # The parser must implement org.xml.sax.Parser.
33 #
34 org.exolab.castor.parser=org.apache.xerces.parsers.SAXParser
35
36 # Defines the (default) XML serializer factory to use by Castor, which must
37 # implement org.exolab.castor.xml.SerializerFactory; default is 
38 # org.exolab.castor.xml.XercesXMLSerializerFactory
39
40 # When using Castor XML with JDK 5.0, you may switch to the XercesJDK5XMLSerializerFactory
41 # which will use the Xerces instance as shipped with the JDK itself; this avoids
42 # having to download another Xerces instance and installing it. 
43 org.exolab.castor.xml.serializer.factory=org.exolab.castor.xml.XercesXMLSerializerFactory
44 #org.exolab.castor.xml.serializer.factory=org.exolab.castor.xml.XercesJDK5XMLSerializerFactory
45
46 # Defines the NodeType for use with Java primitive types (int, long, boolean,
47 # etc). This value is only used by the Introspector.  Valid values are either
48 # "attribute" or "element". By default, all primitives are marshaled as
49 # attributes. Uncomment the following line to change the NodeType to element.
50 #
51 #org.exolab.castor.xml.introspector.primitive.nodetype=element
52
53 # Defines the Naming "style" or conventions to use when creating XML names
54 # from Java class or field names.
55 # Valid values are as follows:
56 # -----------------------------------------------------------------
57 # lower (default)  |  All names are lowercase with hyphens
58 #                  |  separating words.
59 #                  |
60 #                  |  Example: personInfo = person-info
61 # -----------------------------------------------------------------
62 # mixed            |  All names are mixed case, with Uppercase
63 #                  |  character as the first letter of a new word.
64 #                  |
65 #                  |  Example: personInfo = personInfo
66 #                  |  Example: FooBar     = fooBar
67 # -----------------------------------------------------------------
68 # {Any ClassName}  |  Any Class which implements
69 #                  |  org.exolab.castor.xml.XMLNaming
70 # -----------------------------------------------------------------
71 #
72 # By default, all names are treated as the "lower" option.  To preserve the
73 # Java mixed-case conventions, uncomment the following line.
74 #
75 #org.exolab.castor.xml.naming=mixed
76
77 ###############################
78 # REGULAR EXPRESSION EVALUATORS
79 #
80 # Defines the Regular Expression Evaluator to be used by Castor.
81 # The evaluator must implement org.exolab.castor.util.RegExpEvaluator.
82 #
83 # Uncomment the following to basically suppress Regular expressions evaluation:
84 #org.exolab.castor.regexp=org.exolab.castor.xml.util.AlwaysTrueRegExpEvaluator
85 #
86 # An implementation which uses the Jakarta RegExp library:
87 #org.exolab.castor.regexp=org.exolab.castor.util.JakartaRegExpEvaluator
88 #
89 # An implementation which uses the Jakarta ORO library:
90 org.exolab.castor.regexp=org.exolab.castor.util.JakartaOroEvaluator
91
92 # True if all documents should be indented on output by default.
93 # Defaults to false.
94 #
95 #org.exolab.castor.indent=true
96
97 # True if xml documents should be validated by the SAX Parser
98 # Defaults to false.
99 #
100 org.exolab.castor.parser.validation=false
101
102 # True for parser to support Namespaces.
103 # Defaults to false.
104 #
105 org.exolab.castor.parser.namespaces=false
106
107 # True if all documents should be validated by the marshaling framework
108 # Defaults to true.
109 #
110 org.exolab.castor.marshalling.validation=true
111
112 # Comma separated list of SAX 2 features that should be enabled for the
113 # default parser.
114 #
115 #org.exolab.castor.sax.features=
116
117 # Comma separated list of SAX 2 features that should be disabled for the
118 # default parser.
119 #
120 #org.exolab.castor.sax.features-to-disable
121
122 # True if debugging output should be generated.
123 # Defaults to false.
124 #
125 org.exolab.castor.debug=false
126
127 # List of collection handlers for Java 1.1 and Java 1.2 run-times:
128 #
129 org.exolab.castor.mapping.collections=\
130   org.exolab.castor.mapping.loader.J1CollectionHandlers,\
131   org.exolab.castor.mapping.loader.J2CollectionHandlers
132
133 # List of persistence factories for the supported database servers:
134 #
135 org.exolab.castor.jdo.engines=\
136   org.exolab.castor.jdo.drivers.OracleFactory,\
137   org.exolab.castor.jdo.drivers.PostgreSQLFactory,\
138   org.exolab.castor.jdo.drivers.SybaseFactory,\
139   org.exolab.castor.jdo.drivers.SQLServerFactory,\
140   org.exolab.castor.jdo.drivers.DB2Factory,\
141   org.exolab.castor.jdo.drivers.InformixFactory,\
142   org.exolab.castor.jdo.drivers.HsqlFactory,\
143   org.exolab.castor.jdo.drivers.InstantDBFactory,\
144   org.exolab.castor.jdo.drivers.InterbaseFactory,\
145   org.exolab.castor.jdo.drivers.MySQLFactory,\
146   org.exolab.castor.jdo.drivers.SapDbFactory,\
147   org.exolab.castor.jdo.drivers.GenericFactory,\
148   org.exolab.castor.jdo.drivers.DerbyFactory,\
149   org.castor.jdo.drivers.PointbaseFactory,\
150   org.castor.jdo.drivers.ProgressFactory
151
152 # List of key generator factories:
153 #
154 org.exolab.castor.jdo.keyGeneratorFactories=\
155   org.exolab.castor.jdo.keygen.MaxKeyGeneratorFactory,\
156   org.exolab.castor.jdo.keygen.HighLowKeyGeneratorFactory,\
157   org.exolab.castor.jdo.keygen.IdentityKeyGeneratorFactory,\
158   org.exolab.castor.jdo.keygen.SequenceKeyGeneratorFactory,\
159   org.exolab.castor.jdo.keygen.UUIDKeyGeneratorFactory
160
161 # Collection handlers for the source code generator:
162 #
163 org.exolab.castor.builder.type.j2=\
164   org.exolab.castor.builder.FieldInfoFactoryJ2
165 org.exolab.castor.builder.type.j1=\
166   org.exolab.castor.builder.FieldInfoFactory
167 org.exolab.castor.builder.type.odmg=\
168   org.exolab.castor.builder.FieldInfoFactoryODMG30
169
170 # Configures the default time zone to apply to dates/times fetched from
171 # database fields (if not already part of the data).  Specify same format as
172 # in java.util.TimeZone.getTimeZone, or the empty string to use the computer's
173 # local time zone. Please see http://de.wikipedia.org/wiki/Zeitzone for
174 # detailed information about time zones.
175 #
176 org.exolab.castor.jdo.defaultTimeZone=
177 #org.exolab.castor.jdo.defaultTimeZone=GMT-8:00
178
179 # List of TxSynchronizeable implementations:
180 #
181 #org.exolab.castor.persist.TxSynchronizable=
182
183 # Sets the buffer size in bytes for fetching LOBs (this is dependent upon
184 # the JDBC driver implementation).  The value below == 5k.
185 #
186 org.exolab.castor.jdo.lobBufferSize=5120
187
188 # True if database configuration should be initalization
189 # when loading it (default: true).
190 #
191 #org.exolab.castor.jdo.DatabaseInitializeAtLoad=true
192
193 # True if proxy classes should be used for JDBC connections and
194 # prepared statements.
195 # Defaults to true.
196 #
197 org.exolab.castor.persist.useProxies=false
198
199 # MappingLoader implementations:
200 #
201 org.castor.mapping.loaderFactories=\
202   org.castor.mapping.JDOMappingLoaderFactory,\
203   org.castor.mapping.XMLMappingLoaderFactory
204
205 # Cache implementations:
206 #
207 org.castor.cache.Factories=\
208   org.castor.cache.simple.NoCacheFactory,\
209   org.castor.cache.simple.TimeLimitedFactory,\
210   org.castor.cache.simple.CountLimitedFactory,\
211   org.castor.cache.simple.UnlimitedFactory,\
212   org.castor.cache.distributed.FKCacheFactory,\
213   org.castor.cache.distributed.JcsCacheFactory,\
214   org.castor.cache.distributed.JCacheFactory,\
215   org.castor.cache.distributed.CoherenceCacheFactory,\
216   org.castor.cache.distributed.OsCacheFactory,\
217   org.castor.cache.hashbelt.FIFOHashbeltFactory,\
218   org.castor.cache.hashbelt.LRUHashbeltFactory,\
219   org.castor.cache.distributed.EHCacheFactory,\
220   org.castor.cache.distributed.GigaspacesCacheFactory
221
222 # TransactionManagerFactory implementations:
223 #
224 org.castor.transactionmanager.Factories=\
225   org.castor.transactionmanager.WebSphereTransactionManagerFactory,\
226   org.castor.transactionmanager.WebSphere5TransactionManagerFactory,\
227   org.castor.transactionmanager.WebSphere51TransactionManagerFactory,\
228   org.castor.transactionmanager.LocalTransactionManagerFactory,\
229   org.castor.transactionmanager.JNDIENCTransactionManagerFactory,\
230   org.castor.transactionmanager.JOTMTransactionManagerFactory
231
232 # Selects whether the TransactionManager should be initialized at registration,
233 # or lazily when requested for the first time.
234 # Defaults to false.
235 #
236 org.castor.transactionmanager.InitializeAtRegistration=false
237
238 # Instructs Castor JDO to use the JDBC 3.0-specific features to obtain
239 # the generated value of an identity column.
240 # Defaults to false.
241 #
242 org.castor.jdo.use.jdbc30=false
243
244 # Specifies whether to use ANSI-compliant SQL for MS SQL Server.
245 # Defaults to false.
246 #
247 org.exolab.castor.jdo.sqlserver.ansi-compliant=false
248
249 # Specifyies whether the ClassDescriptorResolver should (automatically) search
250 # for and consult with package mapping files (.castor.xml) to retrieve class
251 # descriptor information; on by default.
252 # Defaults to true.
253 #
254 #org.exolab.castor.xml.loadPackageMappings=false