src/castor.properties

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   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3 # Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 # The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18 ###############################################################################
  19 # THE CASTOR PROPERTIES FILE\r
  20 # This file specifies values for Castor run-time which may be configured\r
  21 # by the user.\r
  22 # $Id$\r
  23 \r
  24 # This section defines Backwards compatibility switches.\r
  25 #\r
  26 # Hashtable/Map default mapping.\r
  27 # For backward compatibility with 0.9.5.2 and earlier.\r
  28 #\r
  29 #org.exolab.castor.xml.saveMapKeys=false\r
  30 \r
  31 # Defines the default XML parser to be used by Castor.\r
  32 # The parser must implement org.xml.sax.Parser.\r
  33 #\r
  34 org.exolab.castor.parser=org.apache.xerces.parsers.SAXParser\r
  35 \r
  36 # Defines the (default) XML serializer factory to use by Castor, which must\r
  37 # implement org.exolab.castor.xml.SerializerFactory; default is \r
  38 # org.exolab.castor.xml.XercesXMLSerializerFactory\r
  39 # \r
  40 # When using Castor XML with JDK 5.0, you may switch to the XercesJDK5XMLSerializerFactory\r
  41 # which will use the Xerces instance as shipped with the JDK itself; this avoids\r
  42 # having to download another Xerces instance and installing it. \r
  43 org.exolab.castor.xml.serializer.factory=org.exolab.castor.xml.XercesXMLSerializerFactory\r
  44 #org.exolab.castor.xml.serializer.factory=org.exolab.castor.xml.XercesJDK5XMLSerializerFactory\r
  45 \r
  46 # Defines the NodeType for use with Java primitive types (int, long, boolean,\r
  47 # etc). This value is only used by the Introspector.  Valid values are either\r
  48 # "attribute" or "element". By default, all primitives are marshaled as\r
  49 # attributes. Uncomment the following line to change the NodeType to element.\r
  50 #\r
  51 #org.exolab.castor.xml.introspector.primitive.nodetype=element\r
  52 \r
  53 # Defines the Naming "style" or conventions to use when creating XML names\r
  54 # from Java class or field names.\r
  55 # Valid values are as follows:\r
  56 # -----------------------------------------------------------------\r
  57 # lower (default)  |  All names are lowercase with hyphens\r
  58 #                  |  separating words.\r
  59 #                  |\r
  60 #                  |  Example: personInfo = person-info\r
  61 # -----------------------------------------------------------------\r
  62 # mixed            |  All names are mixed case, with Uppercase\r
  63 #                  |  character as the first letter of a new word.\r
  64 #                  |\r
  65 #                  |  Example: personInfo = personInfo\r
  66 #                  |  Example: FooBar     = fooBar\r
  67 # -----------------------------------------------------------------\r
  68 # {Any ClassName}  |  Any Class which implements\r
  69 #                  |  org.exolab.castor.xml.XMLNaming\r
  70 # -----------------------------------------------------------------\r
  71 #\r
  72 # By default, all names are treated as the "lower" option.  To preserve the\r
  73 # Java mixed-case conventions, uncomment the following line.\r
  74 #\r
  75 #org.exolab.castor.xml.naming=mixed\r
  76 \r
  77 ###############################\r
  78 # REGULAR EXPRESSION EVALUATORS\r
  79 #\r
  80 # Defines the Regular Expression Evaluator to be used by Castor.\r
  81 # The evaluator must implement org.exolab.castor.util.RegExpEvaluator.\r
  82 #\r
  83 # Uncomment the following to basically suppress Regular expressions evaluation:\r
  84 #org.exolab.castor.regexp=org.exolab.castor.xml.util.AlwaysTrueRegExpEvaluator\r
  85 #\r
  86 # An implementation which uses the Jakarta RegExp library:\r
  87 #org.exolab.castor.regexp=org.exolab.castor.util.JakartaRegExpEvaluator\r
  88 #\r
  89 # An implementation which uses the Jakarta ORO library:\r
  90 org.exolab.castor.regexp=org.exolab.castor.util.JakartaOroEvaluator\r
  91 \r
  92 # True if all documents should be indented on output by default.\r
  93 # Defaults to false.\r
  94 #\r
  95 #org.exolab.castor.indent=true\r
  96 \r
  97 # True if xml documents should be validated by the SAX Parser\r
  98 # Defaults to false.\r
  99 #\r
 100 org.exolab.castor.parser.validation=false\r
 101 \r
 102 # True for parser to support Namespaces.\r
 103 # Defaults to false.\r
 104 #\r
 105 org.exolab.castor.parser.namespaces=false\r
 106 \r
 107 # True if all documents should be validated by the marshaling framework\r
 108 # Defaults to true.\r
 109 #\r
 110 org.exolab.castor.marshalling.validation=true\r
 111 \r
 112 # Comma separated list of SAX 2 features that should be enabled for the\r
 113 # default parser.\r
 114 #\r
 115 #org.exolab.castor.sax.features=\r
 116 \r
 117 # Comma separated list of SAX 2 features that should be disabled for the\r
 118 # default parser.\r
 119 #\r
 120 #org.exolab.castor.sax.features-to-disable\r
 121 \r
 122 # True if debugging output should be generated.\r
 123 # Defaults to false.\r
 124 #\r
 125 org.exolab.castor.debug=false\r
 126 \r
 127 # List of collection handlers for Java 1.1 and Java 1.2 run-times:\r
 128 #\r
 129 org.exolab.castor.mapping.collections=\\r
 130   org.exolab.castor.mapping.loader.J1CollectionHandlers,\\r
 131   org.exolab.castor.mapping.loader.J2CollectionHandlers\r
 132 \r
 133 # List of persistence factories for the supported database servers:\r
 134 #\r
 135 org.exolab.castor.jdo.engines=\\r
 136   org.exolab.castor.jdo.drivers.OracleFactory,\\r
 137   org.exolab.castor.jdo.drivers.PostgreSQLFactory,\\r
 138   org.exolab.castor.jdo.drivers.SybaseFactory,\\r
 139   org.exolab.castor.jdo.drivers.SQLServerFactory,\\r
 140   org.exolab.castor.jdo.drivers.DB2Factory,\\r
 141   org.exolab.castor.jdo.drivers.InformixFactory,\\r
 142   org.exolab.castor.jdo.drivers.HsqlFactory,\\r
 143   org.exolab.castor.jdo.drivers.InstantDBFactory,\\r
 144   org.exolab.castor.jdo.drivers.InterbaseFactory,\\r
 145   org.exolab.castor.jdo.drivers.MySQLFactory,\\r
 146   org.exolab.castor.jdo.drivers.SapDbFactory,\\r
 147   org.exolab.castor.jdo.drivers.GenericFactory,\\r
 148   org.exolab.castor.jdo.drivers.DerbyFactory,\\r
 149   org.castor.jdo.drivers.PointbaseFactory,\\r
 150   org.castor.jdo.drivers.ProgressFactory\r
 151 \r
 152 # List of key generator factories:\r
 153 #\r
 154 org.exolab.castor.jdo.keyGeneratorFactories=\\r
 155   org.exolab.castor.jdo.keygen.MaxKeyGeneratorFactory,\\r
 156   org.exolab.castor.jdo.keygen.HighLowKeyGeneratorFactory,\\r
 157   org.exolab.castor.jdo.keygen.IdentityKeyGeneratorFactory,\\r
 158   org.exolab.castor.jdo.keygen.SequenceKeyGeneratorFactory,\\r
 159   org.exolab.castor.jdo.keygen.UUIDKeyGeneratorFactory\r
 160 \r
 161 # Collection handlers for the source code generator:\r
 162 #\r
 163 org.exolab.castor.builder.type.j2=\\r
 164   org.exolab.castor.builder.FieldInfoFactoryJ2\r
 165 org.exolab.castor.builder.type.j1=\\r
 166   org.exolab.castor.builder.FieldInfoFactory\r
 167 org.exolab.castor.builder.type.odmg=\\r
 168   org.exolab.castor.builder.FieldInfoFactoryODMG30\r
 169 \r
 170 # Configures the default time zone to apply to dates/times fetched from\r
 171 # database fields (if not already part of the data).  Specify same format as\r
 172 # in java.util.TimeZone.getTimeZone, or the empty string to use the computer's\r
 173 # local time zone. Please see http://de.wikipedia.org/wiki/Zeitzone for\r
 174 # detailed information about time zones.\r
 175 #\r
 176 org.exolab.castor.jdo.defaultTimeZone=\r
 177 #org.exolab.castor.jdo.defaultTimeZone=GMT-8:00\r
 178 \r
 179 # List of TxSynchronizeable implementations:\r
 180 #\r
 181 #org.exolab.castor.persist.TxSynchronizable=\r
 182 \r
 183 # Sets the buffer size in bytes for fetching LOBs (this is dependent upon\r
 184 # the JDBC driver implementation).  The value below == 5k.\r
 185 #\r
 186 org.exolab.castor.jdo.lobBufferSize=5120\r
 187 \r
 188 # True if database configuration should be initalization\r
 189 # when loading it (default: true).\r
 190 #\r
 191 #org.exolab.castor.jdo.DatabaseInitializeAtLoad=true\r
 192 \r
 193 # True if proxy classes should be used for JDBC connections and\r
 194 # prepared statements.\r
 195 # Defaults to true.\r
 196 #\r
 197 org.exolab.castor.persist.useProxies=false\r
 198 \r
 199 # MappingLoader implementations:\r
 200 #\r
 201 org.castor.mapping.loaderFactories=\\r
 202   org.castor.mapping.JDOMappingLoaderFactory,\\r
 203   org.castor.mapping.XMLMappingLoaderFactory\r
 204 \r
 205 # Cache implementations:\r
 206 #\r
 207 org.castor.cache.Factories=\\r
 208   org.castor.cache.simple.NoCacheFactory,\\r
 209   org.castor.cache.simple.TimeLimitedFactory,\\r
 210   org.castor.cache.simple.CountLimitedFactory,\\r
 211   org.castor.cache.simple.UnlimitedFactory,\\r
 212   org.castor.cache.distributed.FKCacheFactory,\\r
 213   org.castor.cache.distributed.JcsCacheFactory,\\r
 214   org.castor.cache.distributed.JCacheFactory,\\r
 215   org.castor.cache.distributed.CoherenceCacheFactory,\\r
 216   org.castor.cache.distributed.OsCacheFactory,\\r
 217   org.castor.cache.hashbelt.FIFOHashbeltFactory,\\r
 218   org.castor.cache.hashbelt.LRUHashbeltFactory,\\r
 219   org.castor.cache.distributed.EHCacheFactory,\\r
 220   org.castor.cache.distributed.GigaspacesCacheFactory\r
 221 \r
 222 # TransactionManagerFactory implementations:\r
 223 #\r
 224 org.castor.transactionmanager.Factories=\\r
 225   org.castor.transactionmanager.WebSphereTransactionManagerFactory,\\r
 226   org.castor.transactionmanager.WebSphere5TransactionManagerFactory,\\r
 227   org.castor.transactionmanager.WebSphere51TransactionManagerFactory,\\r
 228   org.castor.transactionmanager.LocalTransactionManagerFactory,\\r
 229   org.castor.transactionmanager.JNDIENCTransactionManagerFactory,\\r
 230   org.castor.transactionmanager.JOTMTransactionManagerFactory\r
 231 \r
 232 # Selects whether the TransactionManager should be initialized at registration,\r
 233 # or lazily when requested for the first time.\r
 234 # Defaults to false.\r
 235 #\r
 236 org.castor.transactionmanager.InitializeAtRegistration=false\r
 237 \r
 238 # Instructs Castor JDO to use the JDBC 3.0-specific features to obtain\r
 239 # the generated value of an identity column.\r
 240 # Defaults to false.\r
 241 #\r
 242 org.castor.jdo.use.jdbc30=false\r
 243 \r
 244 # Specifies whether to use ANSI-compliant SQL for MS SQL Server.\r
 245 # Defaults to false.\r
 246 #\r
 247 org.exolab.castor.jdo.sqlserver.ansi-compliant=false\r
 248 \r
 249 # Specifyies whether the ClassDescriptorResolver should (automatically) search\r
 250 # for and consult with package mapping files (.castor.xml) to retrieve class\r
 251 # descriptor information; on by default.\r
 252 # Defaults to true.\r
 253 #\r
 254 #org.exolab.castor.xml.loadPackageMappings=false\r