src/com/stevesoft/pat/OrMark.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  *******************************************************************************/
  21 //
  22 // This software is now distributed according to
  23 // the Lesser Gnu Public License.  Please see
  24 // http://www.gnu.org/copyleft/lesser.txt for
  25 // the details.
  26 //    -- Happy Computing!
  27 //
  28 package com.stevesoft.pat;
  29
  30 import java.util.Hashtable;
  31
  32 /** Implements the parenthesis pattern subelement. */
  33 class OrMark extends Or
  34 {
  35   SubMark sm = new SubMark();
  36
  37   int id;
  38
  39   OrMark(int i)
  40   {
  41     sm.om = this;
  42     id = i;
  43   }
  44
  45   String leftForm()
  46   {
  47     return "(";
  48   }
  49
  50   public Pattern getNext()
  51   {
  52     return sm;
  53   }
  54
  55   public int matchInternal(int pos, Pthings pt)
  56   {
  57     sm.next = super.getNext();
  58     if (pt.marks == null)
  59     {
  60       int n2 = 2 * pt.nMarks + 2;
  61       pt.marks = new int[n2];
  62       for (int i = 0; i < n2; i++)
  63       {
  64         pt.marks[i] = -1;
  65       }
  66     }
  67     pt.marks[id] = pos;
  68     int ret = super.matchInternal(pos, pt);
  69     if (ret < 0)
  70     {
  71       pt.marks[id] = -1;
  72     }
  73     else if (pt.marks[id] > pt.marks[id + pt.nMarks])
  74     {
  75       int swap = pt.marks[id];
  76       pt.marks[id] = pt.marks[id + pt.nMarks] + 1;
  77       pt.marks[id + pt.nMarks] = swap + 1;
  78     }
  79     return ret;
  80   }
  81
  82   public Pattern clone1(Hashtable h)
  83   {
  84     OrMark om = new OrMark(id);
  85     h.put(om, om);
  86     h.put(this, om);
  87     for (int i = 0; i < v.size(); i++)
  88     {
  89       om.v.addElement(((Pattern) v.elementAt(i)).clone(h));
  90     }
  91     return om;
  92   }
  93 };