JAL-2629 can now filter by sequence e-value or bit score
[jalview.git] / src / com / stevesoft / pat / Pthings.java
1 //
2 // This software is now distributed according to
3 // the Lesser Gnu Public License.  Please see
4 // http://www.gnu.org/copyleft/lesser.txt for
5 // the details.
6 //    -- Happy Computing!
7 //
8 package com.stevesoft.pat;
9
10 import java.util.BitSet;
11
12 /**
13  * Things that need to be kept track of during a match. Passed along with
14  * Pattern.matchInternal.
15  */
16 public class Pthings
17 {
18   /** The current text we are attempting to match. */
19   public StringLike src;
20
21   /**
22    * Whether we should ignore the case of letters in this match.
23    */
24   public boolean ignoreCase;
25
26   public boolean mFlag;
27
28   /** The mask to use when dontMatchInQuotes is set. */
29   public BitSet cbits;
30
31   /** Used to keep track of backreferences. */
32   // public Hashtable marks;
33   public int[] marks;
34
35   public int nMarks;
36
37   /**
38    * Used to set the behavior of "." By default, it now fails to match the '\n'
39    * character.
40    */
41   public boolean dotDoesntMatchCR;
42
43   /** Determine if Skipped strings need to be checked. */
44   public boolean no_check;
45
46   int lastPos;
47 }