src/com/stevesoft/pat/Skip2.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  *******************************************************************************/
  21 //
  22 // This software is now distributed according to
  23 // the Lesser Gnu Public License.  Please see
  24 // http://www.gnu.org/copyleft/lesser.txt for
  25 // the details.
  26 //    -- Happy Computing!
  27 //
  28 package com.stevesoft.pat;
  29
  30 /**
  31  * This is the same as Skip, except it needs a minimum of two characters in the
  32  * initializing String.
  33  *
  34  * @see com.stevesoft.pat.Skip
  35  * @see com.stevesoft.pat.SkipBMH
  36  */
  37 public class Skip2 extends Skip
  38 {
  39   int c1, mask1;
  40
  41   public Skip2(String s, boolean ign, int offset)
  42   {
  43     super(s, ign, offset);
  44     c1 = s.charAt(1);
  45     m1 = 2 == s.length();
  46     if (ign)
  47     {
  48       mask1 = mkmask(c1);
  49     }
  50     else
  51     {
  52       mask1 = 0;
  53     }
  54   }
  55
  56   public int find(StringLike s, int start, int end)
  57   {
  58     if (start > end)
  59     {
  60       return -1;
  61     }
  62     start += offset;
  63     int vend = min(s.length() - 2, end + offset);
  64     for (int i = start; i <= vend; i++)
  65     {
  66       if (0 == (s.charAt(i) & mask) && 0 == (s.charAt(i + 1) & mask1))
  67       {
  68         // if(m1||s.regionMatches(ign,i,src,0,src.length()) )
  69         if (m1 || CaseMgr.regionMatches(s, ign, i, src, 0, src.length()))
  70         {
  71           return i - offset;
  72         }
  73       }
  74     }
  75     return -1;
  76   }
  77 }