JAL-2629 can now filter by sequence e-value or bit score
[jalview.git] / src / com / stevesoft / pat / Skipped.java
1 //
2 // This software is now distributed according to
3 // the Lesser Gnu Public License.  Please see
4 // http://www.gnu.org/copyleft/lesser.txt for
5 // the details.
6 //    -- Happy Computing!
7 //
8 package com.stevesoft.pat;
9
10 import java.util.Hashtable;
11
12 /**
13  * Implements the (?<number) Pattern, where number is an integer telling us
14  * how far to back up in the Pattern. Not in perl 5.
15  */
16 class Skipped extends Pattern
17 {
18   String s;
19
20   Skipped(String s)
21   {
22     this.s = s;
23   }
24
25   public String toString()
26   {
27     return s + nextString();
28   }
29
30   public int matchInternal(int pos, Pthings pt)
31   {
32     // if(pt.no_check || s.regionMatches(pt.ignoreCase,0,pt.src,pos,s.length()))
33     if (pt.no_check
34             || CaseMgr.regionMatches(s, pt.ignoreCase, 0, pt.src, pos,
35                     s.length()))
36     {
37       return nextMatch(pos + s.length(), pt);
38     }
39     return -1;
40   }
41
42   public patInt minChars()
43   {
44     return new patInt(s.length());
45   }
46
47   public patInt maxChars()
48   {
49     return new patInt(s.length());
50   }
51
52   Pattern clone1(Hashtable h)
53   {
54     return new Skipped(s);
55   }
56 };