JAL-2629 can now filter by sequence e-value or bit score
[jalview.git] / src / com / stevesoft / pat / SubMark.java
1 //
2 // This software is now distributed according to
3 // the Lesser Gnu Public License.  Please see
4 // http://www.gnu.org/copyleft/lesser.txt for
5 // the details.
6 //    -- Happy Computing!
7 //
8 package com.stevesoft.pat;
9
10 /** OrMark and SubMark together implement ( ... ) */
11 class SubMark extends Pattern
12 {
13   int end_pos, start_pos;
14
15   OrMark om;
16
17   public String toString()
18   {
19     return "";
20   }
21
22   public int matchInternal(int i, Pthings pt)
23   {
24     pt.marks[om.id + pt.nMarks] = i;
25     int ret = nextMatch(i, pt);
26     if (ret < 0)
27     {
28       pt.marks[om.id + pt.nMarks] = -1;
29     }
30     return ret;
31   }
32 }