src/com/stevesoft/pat/wrap/RandomAccessFileWrap.java

   1 //
   2 // This software is now distributed according to
   3 // the Lesser Gnu Public License.  Please see
   4 // http://www.gnu.org/copyleft/lesser.txt for
   5 // the details.
   6 //    -- Happy Computing!
   7 //
   8 package com.stevesoft.pat.wrap;
   9
  10 import jalview.util.MessageManager;
  11
  12 import java.io.IOException;
  13 import java.io.RandomAccessFile;
  14
  15 import com.stevesoft.pat.BasicStringBufferLike;
  16 import com.stevesoft.pat.Regex;
  17 import com.stevesoft.pat.StringLike;
  18
  19 /**
  20  * Provides a wrapper for a RandomAccessFile so that it can be searched by
  21  * Regex.
  22  */
  23 public class RandomAccessFileWrap implements StringLike
  24 {
  25
  26   long offset = 0;
  27
  28   public void setOffset(long o)
  29   {
  30     offset = o;
  31     i0 = iend = 0;
  32   }
  33
  34   public long getOffset()
  35   {
  36     return offset;
  37   }
  38
  39   RandomAccessFile raf;
  40
  41   int i0 = 0, iend = 0;
  42
  43   byte[] buf = new byte[1024];
  44
  45   public int getBufferSize()
  46   {
  47     return buf.length;
  48   }
  49
  50   public void setBufferSize(int bs)
  51   {
  52     buf = new byte[bs];
  53     i0 = iend = 0;
  54   }
  55
  56   public RandomAccessFileWrap(String file) throws IOException
  57   {
  58     this.raf = new RandomAccessFile(file, "r");
  59   }
  60
  61   public RandomAccessFileWrap(RandomAccessFile raf)
  62   {
  63     this.raf = raf;
  64   }
  65
  66   public char charAt(int i)
  67   {
  68     if (i >= i0 && i < iend)
  69     {
  70       return (char) buf[i - i0];
  71     }
  72
  73     try
  74     {
  75       i0 = i - 5;
  76       // if(i0+offset<0) i0=(int)(-offset);
  77       if (i0 < 0)
  78       {
  79         i0 = 0;
  80       }
  81       raf.seek(i0 + offset);
  82       iend = i0 + raf.read(buf, 0, buf.length);
  83
  84       if (i >= i0 && i < iend)
  85       {
  86         return (char) buf[i - i0];
  87       }
  88     } catch (Throwable t)
  89     {
  90     }
  91
  92     throw new ArrayIndexOutOfBoundsException(MessageManager.formatMessage(
  93             "exception.out_of_bounds_for_file", new String[] {
  94                 Integer.valueOf(i).toString(),
  95                 Integer.valueOf(i0).toString(),
  96                 Integer.valueOf(iend).toString() }));
  97   }
  98
  99   public String toString()
 100   {
 101     throw new Error(MessageManager.getString("error.not_implemented"));
 102   }
 103
 104   public int length()
 105   {
 106     try
 107     {
 108       long len = raf.length() - offset;
 109       if (len > Integer.MAX_VALUE)
 110       {
 111         return Integer.MAX_VALUE;
 112       }
 113       return (int) len;
 114     } catch (IOException ioe)
 115     {
 116       return 0;
 117     }
 118   }
 119
 120   public String substring(int i1, int i2)
 121   {
 122     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 123     for (int i = i1; i < i2; i++)
 124     {
 125       sb.append(charAt(i));
 126     }
 127     return sb.toString();
 128   }
 129
 130   public Object unwrap()
 131   {
 132     return raf;
 133   }
 134
 135   public static void main(String[] files) throws IOException
 136   {
 137     for (int i = 0; i < files.length; i++)
 138     {
 139       RandomAccessFileWrap fw = new RandomAccessFileWrap(
 140               new RandomAccessFile(files[i], "r"));
 141       Regex r = new Regex("toString\\(\\) *(?@{})");
 142       r.setGFlag(true);
 143       r.optimize();
 144       System.out.print(files[i] + " ");
 145       int j = 0;
 146       do
 147       {
 148         if (r.searchFrom(fw, j))
 149         {
 150           System.out.println("Matched at index: " + r.matchedFrom());
 151           j = r.matchedTo();
 152         }
 153         else
 154         {
 155           System.out.println("not found");
 156         }
 157         System.out.println(r.stringMatched());
 158       } while (r.didMatch());
 159     }
 160   }
 161
 162   public BasicStringBufferLike newStringBufferLike()
 163   {
 164     return new StringBufferWrap();
 165   }
 166
 167   public int indexOf(char c)
 168   {
 169     for (int i = 0; i < length(); i++)
 170     {
 171       if (charAt(i) == c)
 172       {
 173         return i;
 174       }
 175     }
 176     return -1;
 177   }
 178 }