src/com/stevesoft/pat/wrap/RandomAccessFileWrap.java

   1 //
   2 // This software is now distributed according to
   3 // the Lesser Gnu Public License.  Please see
   4 // http://www.gnu.org/copyleft/lesser.txt for
   5 // the details.
   6 //    -- Happy Computing!
   7 //
   8 package com.stevesoft.pat.wrap;
   9
  10 import jalview.util.MessageManager;
  11
  12 import java.io.*;
  13
  14 import com.stevesoft.pat.*;
  15
  16 /**
  17  * Provides a wrapper for a RandomAccessFile so that it can be searched by
  18  * Regex.
  19  */
  20 public class RandomAccessFileWrap implements StringLike
  21 {
  22
  23   long offset = 0;
  24
  25   public void setOffset(long o)
  26   {
  27     offset = o;
  28     i0 = iend = 0;
  29   }
  30
  31   public long getOffset()
  32   {
  33     return offset;
  34   }
  35
  36   RandomAccessFile raf;
  37
  38   int i0 = 0, iend = 0;
  39
  40   byte[] buf = new byte[1024];
  41
  42   public int getBufferSize()
  43   {
  44     return buf.length;
  45   }
  46
  47   public void setBufferSize(int bs)
  48   {
  49     buf = new byte[bs];
  50     i0 = iend = 0;
  51   }
  52
  53   public RandomAccessFileWrap(String file) throws IOException
  54   {
  55     this.raf = new RandomAccessFile(file, "r");
  56   }
  57
  58   public RandomAccessFileWrap(RandomAccessFile raf)
  59   {
  60     this.raf = raf;
  61   }
  62
  63   public char charAt(int i)
  64   {
  65     if (i >= i0 && i < iend)
  66     {
  67       return (char) buf[i - i0];
  68     }
  69
  70     try
  71     {
  72       i0 = i - 5;
  73       // if(i0+offset<0) i0=(int)(-offset);
  74       if (i0 < 0)
  75       {
  76         i0 = 0;
  77       }
  78       raf.seek(i0 + offset);
  79       iend = i0 + raf.read(buf, 0, buf.length);
  80
  81       if (i >= i0 && i < iend)
  82       {
  83         return (char) buf[i - i0];
  84       }
  85     } catch (Throwable t)
  86     {
  87     }
  88
  89     throw new ArrayIndexOutOfBoundsException(MessageManager.formatMessage("exception.out_of_bounds_for_file", new String[]{
  90                 Integer.valueOf(i).toString(),
  91                 Integer.valueOf(i0).toString(),
  92                 Integer.valueOf(iend).toString()
  93     }));
  94   }
  95
  96   public String toString()
  97   {
  98     throw new Error(MessageManager.getString("error.not_implemented"));
  99   }
 100
 101   public int length()
 102   {
 103     try
 104     {
 105       long len = raf.length() - offset;
 106       if (len > Integer.MAX_VALUE)
 107       {
 108         return Integer.MAX_VALUE;
 109       }
 110       return (int) len;
 111     } catch (IOException ioe)
 112     {
 113       return 0;
 114     }
 115   }
 116
 117   public String substring(int i1, int i2)
 118   {
 119     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 120     for (int i = i1; i < i2; i++)
 121     {
 122       sb.append(charAt(i));
 123     }
 124     return sb.toString();
 125   }
 126
 127   public Object unwrap()
 128   {
 129     return raf;
 130   }
 131
 132   public static void main(String[] files) throws IOException
 133   {
 134     for (int i = 0; i < files.length; i++)
 135     {
 136       RandomAccessFileWrap fw = new RandomAccessFileWrap(
 137               new RandomAccessFile(files[i], "r"));
 138       Regex r = new Regex("toString\\(\\) *(?@{})");
 139       r.setGFlag(true);
 140       r.optimize();
 141       System.out.print(files[i] + " ");
 142       int j = 0;
 143       do
 144       {
 145         if (r.searchFrom(fw, j))
 146         {
 147           System.out.println("Matched at index: " + r.matchedFrom());
 148           j = r.matchedTo();
 149         }
 150         else
 151         {
 152           System.out.println("not found");
 153         }
 154         System.out.println(r.stringMatched());
 155       } while (r.didMatch());
 156     }
 157   }
 158
 159   public BasicStringBufferLike newStringBufferLike()
 160   {
 161     return new StringBufferWrap();
 162   }
 163
 164   public int indexOf(char c)
 165   {
 166     for (int i = 0; i < length(); i++)
 167     {
 168       if (charAt(i) == c)
 169       {
 170         return i;
 171       }
 172     }
 173     return -1;
 174   }
 175 }