src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraManager.java

   1 package ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4 import java.io.BufferedReader;
   5 import java.io.File;
   6 import java.io.IOException;
   7 import java.io.InputStream;
   8 import java.io.InputStreamReader;
   9 import java.util.ArrayList;
  10 import java.util.Collection;
  11 import java.util.HashMap;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.Map;
  14
  15 import org.apache.http.NameValuePair;
  16 import org.apache.http.message.BasicNameValuePair;
  17 import org.slf4j.Logger;
  18 import org.slf4j.LoggerFactory;
  19
  20 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
  21 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.port.ListenerThreads;
  22
  23 import jalview.ws.HttpClientUtils;
  24
  25 /**
  26  * This object maintains the Chimera communication information.
  27  */
  28 public class ChimeraManager
  29 {
  30   private static final boolean debug = false;
  31
  32   private int chimeraRestPort;
  33
  34   private Process chimera;
  35
  36   private ListenerThreads chimeraListenerThread;
  37
  38   private Map<Integer, ChimeraModel> currentModelsMap;
  39
  40   private Logger logger = LoggerFactory
  41           .getLogger(ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraManager.class);
  42
  43   private StructureManager structureManager;
  44
  45   public ChimeraManager(StructureManager structureManager)
  46   {
  47     this.structureManager = structureManager;
  48     chimera = null;
  49     chimeraListenerThread = null;
  50     currentModelsMap = new HashMap<Integer, ChimeraModel>();
  51
  52   }
  53
  54   public List<ChimeraModel> getChimeraModels(String modelName)
  55   {
  56     List<ChimeraModel> models = getChimeraModels(modelName,
  57             ModelType.PDB_MODEL);
  58     models.addAll(getChimeraModels(modelName, ModelType.SMILES));
  59     return models;
  60   }
  61
  62   public List<ChimeraModel> getChimeraModels(String modelName,
  63           ModelType modelType)
  64   {
  65     List<ChimeraModel> models = new ArrayList<ChimeraModel>();
  66     for (ChimeraModel model : currentModelsMap.values())
  67     {
  68       if (modelName.equals(model.getModelName())
  69               && modelType.equals(model.getModelType()))
  70       {
  71         models.add(model);
  72       }
  73     }
  74     return models;
  75   }
  76
  77   public Map<String, List<ChimeraModel>> getChimeraModelsMap()
  78   {
  79     Map<String, List<ChimeraModel>> models = new HashMap<String, List<ChimeraModel>>();
  80     for (ChimeraModel model : currentModelsMap.values())
  81     {
  82       String modelName = model.getModelName();
  83       if (!models.containsKey(modelName))
  84       {
  85         models.put(modelName, new ArrayList<ChimeraModel>());
  86       }
  87       if (!models.get(modelName).contains(model))
  88       {
  89         models.get(modelName).add(model);
  90       }
  91     }
  92     return models;
  93   }
  94
  95   public ChimeraModel getChimeraModel(Integer modelNumber,
  96           Integer subModelNumber)
  97   {
  98     Integer key = ChimUtils.makeModelKey(modelNumber, subModelNumber);
  99     if (currentModelsMap.containsKey(key))
 100     {
 101       return currentModelsMap.get(key);
 102     }
 103     return null;
 104   }
 105
 106   public ChimeraModel getChimeraModel()
 107   {
 108     return currentModelsMap.values().iterator().next();
 109   }
 110
 111   public Collection<ChimeraModel> getChimeraModels()
 112   {
 113     // this method is invoked by the model navigator dialog
 114     return currentModelsMap.values();
 115   }
 116
 117   public int getChimeraModelsCount(boolean smiles)
 118   {
 119     // this method is invokes by the model navigator dialog
 120     int counter = currentModelsMap.size();
 121     if (smiles)
 122     {
 123       return counter;
 124     }
 125
 126     for (ChimeraModel model : currentModelsMap.values())
 127     {
 128       if (model.getModelType() == ModelType.SMILES)
 129       {
 130         counter--;
 131       }
 132     }
 133     return counter;
 134   }
 135
 136   public boolean hasChimeraModel(Integer modelNubmer)
 137   {
 138     return hasChimeraModel(modelNubmer, 0);
 139   }
 140
 141   public boolean hasChimeraModel(Integer modelNubmer, Integer subModelNumber)
 142   {
 143     return currentModelsMap.containsKey(ChimUtils.makeModelKey(modelNubmer,
 144             subModelNumber));
 145   }
 146
 147   public void addChimeraModel(Integer modelNumber, Integer subModelNumber,
 148           ChimeraModel model)
 149   {
 150     currentModelsMap.put(
 151             ChimUtils.makeModelKey(modelNumber, subModelNumber), model);
 152   }
 153
 154   public void removeChimeraModel(Integer modelNumber, Integer subModelNumber)
 155   {
 156     int modelKey = ChimUtils.makeModelKey(modelNumber, subModelNumber);
 157     if (currentModelsMap.containsKey(modelKey))
 158     {
 159       currentModelsMap.remove(modelKey);
 160     }
 161   }
 162
 163   public List<ChimeraModel> openModel(String modelPath, ModelType type)
 164   {
 165     return openModel(modelPath, getFileNameFromPath(modelPath), type);
 166   }
 167
 168   /**
 169    * Overloaded method to allow Jalview to pass in a model name.
 170    *
 171    * @param modelPath
 172    * @param modelName
 173    * @param type
 174    * @return
 175    */
 176   public List<ChimeraModel> openModel(String modelPath, String modelName,
 177           ModelType type)
 178   {
 179     logger.info("chimera open " + modelPath);
 180     // stopListening();
 181     List<String> response = null;
 182     // TODO: [Optional] Handle modbase models
 183     if (type == ModelType.MODBASE_MODEL)
 184     {
 185       response = sendChimeraCommand("open modbase:" + modelPath, true);
 186       // } else if (type == ModelType.SMILES) {
 187       // response = sendChimeraCommand("open smiles:" + modelName, true);
 188       // modelName = "smiles:" + modelName;
 189     }
 190     else
 191     {
 192       response = sendChimeraCommand("open " + modelPath, true);
 193     }
 194     if (response == null)
 195     {
 196       // something went wrong
 197       logger.warn("Could not open " + modelPath);
 198       return null;
 199     }
 200     List<ChimeraModel> models = new ArrayList<ChimeraModel>();
 201     int[] modelNumbers = null;
 202     if (type == ModelType.PDB_MODEL)
 203     {
 204       for (String line : response)
 205       {
 206         if (line.startsWith("#"))
 207         {
 208           modelNumbers = ChimUtils.parseOpenedModelNumber(line);
 209           if (modelNumbers != null)
 210           {
 211             int modelNumber = ChimUtils.makeModelKey(modelNumbers[0],
 212                     modelNumbers[1]);
 213             if (currentModelsMap.containsKey(modelNumber))
 214             {
 215               continue;
 216             }
 217             ChimeraModel newModel = new ChimeraModel(modelName, type,
 218                     modelNumbers[0], modelNumbers[1]);
 219             currentModelsMap.put(modelNumber, newModel);
 220             models.add(newModel);
 221
 222             //
 223             // patch for Jalview - set model name in Chimera
 224             //
 225             sendChimeraCommand("setattr M name " + modelName + " #"
 226                     + modelNumbers[0], false);
 227             // end patch for Jalview
 228
 229             modelNumbers = null;
 230           }
 231         }
 232       }
 233     }
 234     else
 235     {
 236       // TODO: [Optional] Open smiles from file would fail. Do we need it?
 237       // If parsing fails, iterate over all open models to get the right one
 238       List<ChimeraModel> openModels = getModelList();
 239       for (ChimeraModel openModel : openModels)
 240       {
 241         String openModelName = openModel.getModelName();
 242         if (openModelName.endsWith("..."))
 243         {
 244           openModelName = openModelName.substring(0,
 245                   openModelName.length() - 3);
 246         }
 247         if (modelPath.startsWith(openModelName))
 248         {
 249           openModel.setModelName(modelPath);
 250           int modelNumber = ChimUtils
 251                   .makeModelKey(openModel.getModelNumber(),
 252                           openModel.getSubModelNumber());
 253           if (!currentModelsMap.containsKey(modelNumber))
 254           {
 255             currentModelsMap.put(modelNumber, openModel);
 256             models.add(openModel);
 257           }
 258         }
 259       }
 260     }
 261
 262     // assign color and residues to open models
 263     for (ChimeraModel newModel : models)
 264     {
 265       // get model color
 266       Color modelColor = getModelColor(newModel);
 267       if (modelColor != null)
 268       {
 269         newModel.setModelColor(modelColor);
 270       }
 271
 272       // Get our properties (default color scheme, etc.)
 273       // Make the molecule look decent
 274       // chimeraSend("repr stick "+newModel.toSpec());
 275
 276       // Create the information we need for the navigator
 277       if (type != ModelType.SMILES)
 278       {
 279         addResidues(newModel);
 280       }
 281     }
 282
 283     sendChimeraCommand("focus", false);
 284     // startListening(); // see ChimeraListener
 285     return models;
 286   }
 287
 288   /**
 289    * Refactored method to extract the last (or only) element delimited by file
 290    * path separator.
 291    *
 292    * @param modelPath
 293    * @return
 294    */
 295   private String getFileNameFromPath(String modelPath)
 296   {
 297     String modelName = modelPath;
 298     if (modelPath == null)
 299     {
 300       return null;
 301     }
 302     // TODO: [Optional] Convert path to name in a better way
 303     if (modelPath.lastIndexOf(File.separator) > 0)
 304     {
 305       modelName = modelPath.substring(modelPath
 306               .lastIndexOf(File.separator) + 1);
 307     }
 308     else if (modelPath.lastIndexOf("/") > 0)
 309     {
 310       modelName = modelPath
 311               .substring(modelPath.lastIndexOf("/") + 1);
 312     }
 313     return modelName;
 314   }
 315
 316   public void closeModel(ChimeraModel model)
 317   {
 318     // int model = structure.modelNumber();
 319     // int subModel = structure.subModelNumber();
 320     // Integer modelKey = makeModelKey(model, subModel);
 321     stopListening();
 322     logger.info("chimera close model " + model.getModelName());
 323     if (currentModelsMap.containsKey(ChimUtils.makeModelKey(
 324             model.getModelNumber(), model.getSubModelNumber())))
 325     {
 326       sendChimeraCommand("close " + model.toSpec(), false);
 327       // currentModelNamesMap.remove(model.getModelName());
 328       currentModelsMap.remove(ChimUtils.makeModelKey(
 329               model.getModelNumber(), model.getSubModelNumber()));
 330       // selectionList.remove(chimeraModel);
 331     }
 332     else
 333     {
 334       logger.warn("Could not find model " + model.getModelName()
 335               + " to close.");
 336     }
 337     startListening();
 338   }
 339
 340   public void startListening()
 341   {
 342     sendChimeraCommand("listen start models; listen start selection", false);
 343   }
 344
 345   public void stopListening()
 346   {
 347     sendChimeraCommand("listen stop models; listen stop selection", false);
 348   }
 349
 350   /**
 351    * Tell Chimera we are listening on the given URI
 352    *
 353    * @param uri
 354    */
 355   public void startListening(String uri)
 356   {
 357     sendChimeraCommand("listen start models url " + uri, false);
 358     sendChimeraCommand("listen start select prefix SelectionChanged url "
 359             + uri, false);
 360   }
 361
 362   /**
 363    * Tell Chimera we have stopped listening on the given URI
 364    *
 365    * @param uri
 366    */
 367   public void stopListening(String uri)
 368   {
 369     sendChimeraCommand("listen stop models url " + uri, false);
 370     sendChimeraCommand("listen stop selection url " + uri, false);
 371   }
 372
 373   /**
 374    * Select something in Chimera
 375    *
 376    * @param command
 377    *          the selection command to pass to Chimera
 378    */
 379   public void select(String command)
 380   {
 381     sendChimeraCommand("listen stop selection; " + command
 382             + "; listen start selection", false);
 383   }
 384
 385   public void focus()
 386   {
 387     sendChimeraCommand("focus", false);
 388   }
 389
 390   public void clearOnChimeraExit()
 391   {
 392     chimera = null;
 393     currentModelsMap.clear();
 394       this.chimeraRestPort = 0;
 395     structureManager.clearOnChimeraExit();
 396   }
 397
 398   public void exitChimera()
 399   {
 400     if (isChimeraLaunched() && chimera != null)
 401     {
 402       sendChimeraCommand("stop really", false);
 403       try
 404       {
 405         chimera.destroy();
 406       } catch (Exception ex)
 407       {
 408         // ignore
 409       }
 410     }
 411     clearOnChimeraExit();
 412   }
 413
 414   public Map<Integer, ChimeraModel> getSelectedModels()
 415   {
 416     Map<Integer, ChimeraModel> selectedModelsMap = new HashMap<Integer, ChimeraModel>();
 417     List<String> chimeraReply = sendChimeraCommand(
 418             "list selection level molecule", true);
 419     if (chimeraReply != null)
 420     {
 421       for (String modelLine : chimeraReply)
 422       {
 423         ChimeraModel chimeraModel = new ChimeraModel(modelLine);
 424         Integer modelKey = ChimUtils.makeModelKey(
 425                 chimeraModel.getModelNumber(),
 426                 chimeraModel.getSubModelNumber());
 427         selectedModelsMap.put(modelKey, chimeraModel);
 428       }
 429     }
 430     return selectedModelsMap;
 431   }
 432
 433   /**
 434    * Sends a 'list selection level residue' command to Chimera and returns the
 435    * list of selected atomspecs
 436    *
 437    * @return
 438    */
 439   public List<String> getSelectedResidueSpecs()
 440   {
 441     List<String> selectedResidues = new ArrayList<String>();
 442     List<String> chimeraReply = sendChimeraCommand(
 443             "list selection level residue", true);
 444     if (chimeraReply != null)
 445     {
 446       for (String inputLine : chimeraReply)
 447       {
 448         String[] inputLineParts = inputLine.split("\\s+");
 449         if (inputLineParts.length == 5)
 450         {
 451           selectedResidues.add(inputLineParts[2]);
 452         }
 453       }
 454     }
 455     return selectedResidues;
 456   }
 457
 458   public void getSelectedResidues(
 459           Map<Integer, ChimeraModel> selectedModelsMap)
 460   {
 461     List<String> chimeraReply = sendChimeraCommand(
 462             "list selection level residue", true);
 463     if (chimeraReply != null)
 464     {
 465       for (String inputLine : chimeraReply)
 466       {
 467         ChimeraResidue r = new ChimeraResidue(inputLine);
 468         Integer modelKey = ChimUtils.makeModelKey(r.getModelNumber(),
 469                 r.getSubModelNumber());
 470         if (selectedModelsMap.containsKey(modelKey))
 471         {
 472           ChimeraModel model = selectedModelsMap.get(modelKey);
 473           model.addResidue(r);
 474         }
 475       }
 476     }
 477   }
 478
 479   /**
 480    * Return the list of ChimeraModels currently open. Warning: if smiles model
 481    * name too long, only part of it with "..." is printed.
 482    *
 483    *
 484    * @return List of ChimeraModel's
 485    */
 486   // TODO: [Optional] Handle smiles names in a better way in Chimera?
 487   public List<ChimeraModel> getModelList()
 488   {
 489     List<ChimeraModel> modelList = new ArrayList<ChimeraModel>();
 490     List<String> list = sendChimeraCommand("list models type molecule",
 491             true);
 492     if (list != null)
 493     {
 494       for (String modelLine : list)
 495       {
 496         ChimeraModel chimeraModel = new ChimeraModel(modelLine);
 497         modelList.add(chimeraModel);
 498       }
 499     }
 500     return modelList;
 501   }
 502
 503   /**
 504    * Return the list of depiction presets available from within Chimera. Chimera
 505    * will return the list as a series of lines with the format: Preset type
 506    * number "description"
 507    *
 508    * @return list of presets
 509    */
 510   public List<String> getPresets()
 511   {
 512     ArrayList<String> presetList = new ArrayList<String>();
 513     List<String> output = sendChimeraCommand("preset list", true);
 514     if (output != null)
 515     {
 516       for (String preset : output)
 517       {
 518         preset = preset.substring(7); // Skip over the "Preset"
 519         preset = preset.replaceFirst("\"", "(");
 520         preset = preset.replaceFirst("\"", ")");
 521         // string now looks like: type number (description)
 522         presetList.add(preset);
 523       }
 524     }
 525     return presetList;
 526   }
 527
 528   public boolean isChimeraLaunched()
 529   {
 530     boolean launched = false;
 531     if (chimera != null)
 532     {
 533       try
 534       {
 535         chimera.exitValue();
 536         // if we get here, process has ended
 537       } catch (IllegalThreadStateException e)
 538       {
 539         // ok - not yet terminated
 540         launched = true;
 541       }
 542     }
 543     return launched;
 544   }
 545
 546   public boolean launchChimera(List<String> chimeraPaths)
 547   {
 548     // Do nothing if Chimera is already launched
 549     if (isChimeraLaunched())
 550     {
 551       return true;
 552     }
 553
 554     // Try to launch Chimera (eventually using one of the possible paths)
 555     String error = "Error message: ";
 556     String workingPath = "";
 557     // iterate over possible paths for starting Chimera
 558     for (String chimeraPath : chimeraPaths)
 559     {
 560       File path = new File(chimeraPath);
 561       if (!path.canExecute())
 562       {
 563         error += "File '" + path + "' does not exist.\n";
 564         continue;
 565       }
 566       try
 567       {
 568         List<String> args = new ArrayList<String>();
 569         args.add(chimeraPath);
 570         args.add("--start");
 571         args.add("RESTServer");
 572         ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder(args);
 573         chimera = pb.start();
 574         error = "";
 575         workingPath = chimeraPath;
 576         break;
 577       } catch (Exception e)
 578       {
 579         // Chimera could not be started
 580         error += e.getMessage();
 581       }
 582     }
 583     // If no error, then Chimera was launched successfully
 584     if (error.length() == 0)
 585     {
 586       this.chimeraRestPort = getPortNumber();
 587       System.out.println("Chimera REST API started on port "
 588               + chimeraRestPort);
 589       // structureManager.initChimTable();
 590       structureManager.setChimeraPathProperty(workingPath);
 591       // TODO: [Optional] Check Chimera version and show a warning if below 1.8
 592       // Ask Chimera to give us updates
 593       // startListening(); // later - see ChimeraListener
 594       return true;
 595     }
 596
 597     // Tell the user that Chimera could not be started because of an error
 598     logger.warn(error);
 599     return false;
 600   }
 601
 602   /**
 603    * Read and return the port number returned in the reply to --start RESTServer
 604    */
 605   private int getPortNumber()
 606   {
 607     int port = 0;
 608     InputStream readChan = chimera.getInputStream();
 609     BufferedReader lineReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 610             readChan));
 611     String response = null;
 612     try
 613     {
 614       // expect: REST server on host 127.0.0.1 port port_number
 615       response = lineReader.readLine();
 616       String [] tokens = response.split(" ");
 617       if (tokens.length == 7 && "port".equals(tokens[5])) {
 618         port = Integer.parseInt(tokens[6]);
 619         logger.info("Chimera REST service listening on port "
 620                 + chimeraRestPort);
 621       }
 622     } catch (Exception e)
 623     {
 624       logger.error("Failed to get REST port number from " + response + ": "
 625               + e.getMessage());
 626     } finally
 627     {
 628       try
 629       {
 630         lineReader.close();
 631       } catch (IOException e2)
 632       {
 633       }
 634     }
 635     return port;
 636   }
 637
 638   /**
 639    * Determine the color that Chimera is using for this model.
 640    *
 641    * @param model
 642    *          the ChimeraModel we want to get the Color for
 643    * @return the default model Color for this model in Chimera
 644    */
 645   public Color getModelColor(ChimeraModel model)
 646   {
 647     List<String> colorLines = sendChimeraCommand(
 648             "list model spec " + model.toSpec() + " attribute color", true);
 649     if (colorLines == null || colorLines.size() == 0)
 650     {
 651       return null;
 652     }
 653     return ChimUtils.parseModelColor(colorLines.get(0));
 654   }
 655
 656   /**
 657    *
 658    * Get information about the residues associated with a model. This uses the
 659    * Chimera listr command. We don't return the resulting residues, but we add
 660    * the residues to the model.
 661    *
 662    * @param model
 663    *          the ChimeraModel to get residue information for
 664    *
 665    */
 666   public void addResidues(ChimeraModel model)
 667   {
 668     int modelNumber = model.getModelNumber();
 669     int subModelNumber = model.getSubModelNumber();
 670     // Get the list -- it will be in the reply log
 671     List<String> reply = sendChimeraCommand(
 672             "list residues spec " + model.toSpec(), true);
 673     if (reply == null)
 674     {
 675       return;
 676     }
 677     for (String inputLine : reply)
 678     {
 679       ChimeraResidue r = new ChimeraResidue(inputLine);
 680       if (r.getModelNumber() == modelNumber
 681               || r.getSubModelNumber() == subModelNumber)
 682       {
 683         model.addResidue(r);
 684       }
 685     }
 686   }
 687
 688   public List<String> getAttrList()
 689   {
 690     List<String> attributes = new ArrayList<String>();
 691     final List<String> reply = sendChimeraCommand("list resattr", true);
 692     if (reply != null)
 693     {
 694       for (String inputLine : reply)
 695       {
 696         String[] lineParts = inputLine.split("\\s");
 697         if (lineParts.length == 2 && lineParts[0].equals("resattr"))
 698         {
 699           attributes.add(lineParts[1]);
 700         }
 701       }
 702     }
 703     return attributes;
 704   }
 705
 706   public Map<ChimeraResidue, Object> getAttrValues(String aCommand,
 707           ChimeraModel model)
 708   {
 709     Map<ChimeraResidue, Object> values = new HashMap<ChimeraResidue, Object>();
 710     final List<String> reply = sendChimeraCommand("list residue spec "
 711             + model.toSpec() + " attribute " + aCommand, true);
 712     if (reply != null)
 713     {
 714       for (String inputLine : reply)
 715       {
 716         String[] lineParts = inputLine.split("\\s");
 717         if (lineParts.length == 5)
 718         {
 719           ChimeraResidue residue = ChimUtils
 720                   .getResidue(lineParts[2], model);
 721           String value = lineParts[4];
 722           if (residue != null)
 723           {
 724             if (value.equals("None"))
 725             {
 726               continue;
 727             }
 728             if (value.equals("True") || value.equals("False"))
 729             {
 730               values.put(residue, Boolean.valueOf(value));
 731               continue;
 732             }
 733             try
 734             {
 735               Double doubleValue = Double.valueOf(value);
 736               values.put(residue, doubleValue);
 737             } catch (NumberFormatException ex)
 738             {
 739               values.put(residue, value);
 740             }
 741           }
 742         }
 743       }
 744     }
 745     return values;
 746   }
 747
 748   private volatile boolean busy = false;
 749
 750   /**
 751    * Send a command to Chimera.
 752    *
 753    * @param command
 754    *          Command string to be send.
 755    * @param reply
 756    *          Flag indicating whether the method should return the reply from
 757    *          Chimera or not.
 758    * @return List of Strings corresponding to the lines in the Chimera reply or
 759    *         <code>null</code>.
 760    */
 761   public List<String> sendChimeraCommand(String command, boolean reply)
 762   {
 763     if (!isChimeraLaunched() || command == null
 764             || "".equals(command.trim()))
 765     {
 766       return null;
 767     }
 768     // TODO do we need a maximum wait time before aborting?
 769     while (busy)
 770     {
 771       try
 772       {
 773         Thread.sleep(25);
 774       } catch (InterruptedException q)
 775       {
 776       }
 777     }
 778     busy = true;
 779     long startTime = System.currentTimeMillis();
 780     try
 781     {
 782       return sendRestCommand(command);
 783     } finally
 784     {
 785       /*
 786        * Make sure busy flag is reset come what may!
 787        */
 788       busy = false;
 789       if (debug)
 790       {
 791         System.out.println("Chimera command took "
 792                 + (System.currentTimeMillis() - startTime) + "ms: "
 793                 + command);
 794       }
 795
 796     }
 797   }
 798
 799   /**
 800    * Sends the command to Chimera's REST API, and returns any response lines.
 801    *
 802    * @param command
 803    * @return
 804    */
 805   protected List<String> sendRestCommand(String command)
 806   {
 807     // System.out.println("Rest: " + command);
 808     // TODO start a separate thread to do this so we don't block?
 809     String restUrl = "http://127.0.0.1:" + this.chimeraRestPort + "/run";
 810     List<NameValuePair> commands = new ArrayList<NameValuePair>(1);
 811     commands.add(new BasicNameValuePair("command", command));
 812
 813     List<String> reply = new ArrayList<String>();
 814     BufferedReader response = null;
 815     try {
 816       response = HttpClientUtils
 817               .doHttpUrlPost(restUrl, commands, 100, 2000);
 818       String line = "";
 819       while ((line = response.readLine()) != null) {
 820         reply.add(line);
 821       }
 822     } catch (Exception e)
 823     {
 824       logger.error("REST call " + command + " failed: " + e.getMessage());
 825     } finally
 826     {
 827       if (response != null)
 828       {
 829         try
 830         {
 831           response.close();
 832         } catch (IOException e)
 833         {
 834         }
 835       }
 836     }
 837     return reply;
 838   }
 839
 840   /**
 841    * Send a command to stdin of Chimera process, and optionally read any
 842    * responses.
 843    *
 844    * @param command
 845    * @param readReply
 846    * @return
 847    */
 848   protected List<String> sendStdinCommand(String command, boolean readReply)
 849   {
 850     chimeraListenerThread.clearResponse(command);
 851     String text = command.concat("\n");
 852     try
 853     {
 854       // send the command
 855       chimera.getOutputStream().write(text.getBytes());
 856       chimera.getOutputStream().flush();
 857     } catch (IOException e)
 858     {
 859       // logger.info("Unable to execute command: " + text);
 860       // logger.info("Exiting...");
 861       logger.warn("Unable to execute command: " + text);
 862       logger.warn("Exiting...");
 863       clearOnChimeraExit();
 864       return null;
 865     }
 866     if (!readReply)
 867     {
 868       return null;
 869     }
 870     List<String> rsp = chimeraListenerThread.getResponse(command);
 871     return rsp;
 872   }
 873
 874   public StructureManager getStructureManager()
 875   {
 876     return structureManager;
 877   }
 878
 879   public boolean isBusy()
 880   {
 881     return busy;
 882   }
 883 }