src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraManager.java

   1 /* vim: set ts=2: */
   2 /**
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  30  * EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  31  *
  32  */
  33 package ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2;
  34
  35 import jalview.ws.HttpClientUtils;
  36
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.io.BufferedReader;
  39 import java.io.File;
  40 import java.io.IOException;
  41 import java.io.InputStream;
  42 import java.io.InputStreamReader;
  43 import java.nio.file.Paths;
  44 import java.util.ArrayList;
  45 import java.util.Collection;
  46 import java.util.HashMap;
  47 import java.util.List;
  48 import java.util.Map;
  49
  50 import org.apache.http.NameValuePair;
  51 import org.apache.http.message.BasicNameValuePair;
  52 import org.slf4j.Logger;
  53 import org.slf4j.LoggerFactory;
  54
  55 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
  56 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.port.ListenerThreads;
  57
  58 /**
  59  * This object maintains the Chimera communication information.
  60  */
  61 public class ChimeraManager
  62 {
  63   private static final int REST_REPLY_TIMEOUT_MS = 15000;
  64
  65   private static final int CONNECTION_TIMEOUT_MS = 100;
  66
  67   private static final boolean debug = false;
  68
  69   private int chimeraRestPort;
  70
  71   private Process chimera;
  72
  73   private ListenerThreads chimeraListenerThread;
  74
  75   private Map<Integer, ChimeraModel> currentModelsMap;
  76
  77   private Logger logger = LoggerFactory
  78           .getLogger(ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraManager.class);
  79
  80   private StructureManager structureManager;
  81
  82   public ChimeraManager(StructureManager structureManager)
  83   {
  84     this.structureManager = structureManager;
  85     chimera = null;
  86     chimeraListenerThread = null;
  87     currentModelsMap = new HashMap<>();
  88
  89   }
  90
  91   public List<ChimeraModel> getChimeraModels(String modelName)
  92   {
  93     List<ChimeraModel> models = getChimeraModels(modelName,
  94             ModelType.PDB_MODEL);
  95     models.addAll(getChimeraModels(modelName, ModelType.SMILES));
  96     return models;
  97   }
  98
  99   public List<ChimeraModel> getChimeraModels(String modelName,
 100           ModelType modelType)
 101   {
 102     List<ChimeraModel> models = new ArrayList<>();
 103     for (ChimeraModel model : currentModelsMap.values())
 104     {
 105       if (modelName.equals(model.getModelName())
 106               && modelType.equals(model.getModelType()))
 107       {
 108         models.add(model);
 109       }
 110     }
 111     return models;
 112   }
 113
 114   public Map<String, List<ChimeraModel>> getChimeraModelsMap()
 115   {
 116     Map<String, List<ChimeraModel>> models = new HashMap<>();
 117     for (ChimeraModel model : currentModelsMap.values())
 118     {
 119       String modelName = model.getModelName();
 120       if (!models.containsKey(modelName))
 121       {
 122         models.put(modelName, new ArrayList<ChimeraModel>());
 123       }
 124       if (!models.get(modelName).contains(model))
 125       {
 126         models.get(modelName).add(model);
 127       }
 128     }
 129     return models;
 130   }
 131
 132   public ChimeraModel getChimeraModel(Integer modelNumber,
 133           Integer subModelNumber)
 134   {
 135     Integer key = ChimUtils.makeModelKey(modelNumber, subModelNumber);
 136     if (currentModelsMap.containsKey(key))
 137     {
 138       return currentModelsMap.get(key);
 139     }
 140     return null;
 141   }
 142
 143   public ChimeraModel getChimeraModel()
 144   {
 145     return currentModelsMap.values().iterator().next();
 146   }
 147
 148   public Collection<ChimeraModel> getChimeraModels()
 149   {
 150     // this method is invoked by the model navigator dialog
 151     return currentModelsMap.values();
 152   }
 153
 154   public int getChimeraModelsCount(boolean smiles)
 155   {
 156     // this method is invokes by the model navigator dialog
 157     int counter = currentModelsMap.size();
 158     if (smiles)
 159     {
 160       return counter;
 161     }
 162
 163     for (ChimeraModel model : currentModelsMap.values())
 164     {
 165       if (model.getModelType() == ModelType.SMILES)
 166       {
 167         counter--;
 168       }
 169     }
 170     return counter;
 171   }
 172
 173   public boolean hasChimeraModel(Integer modelNubmer)
 174   {
 175     return hasChimeraModel(modelNubmer, 0);
 176   }
 177
 178   public boolean hasChimeraModel(Integer modelNubmer, Integer subModelNumber)
 179   {
 180     return currentModelsMap.containsKey(ChimUtils.makeModelKey(modelNubmer,
 181             subModelNumber));
 182   }
 183
 184   public void addChimeraModel(Integer modelNumber, Integer subModelNumber,
 185           ChimeraModel model)
 186   {
 187     currentModelsMap.put(
 188             ChimUtils.makeModelKey(modelNumber, subModelNumber), model);
 189   }
 190
 191   public void removeChimeraModel(Integer modelNumber, Integer subModelNumber)
 192   {
 193     int modelKey = ChimUtils.makeModelKey(modelNumber, subModelNumber);
 194     if (currentModelsMap.containsKey(modelKey))
 195     {
 196       currentModelsMap.remove(modelKey);
 197     }
 198   }
 199
 200   public List<ChimeraModel> openModel(String modelPath, ModelType type)
 201   {
 202     return openModel(modelPath, getFileNameFromPath(modelPath), type);
 203   }
 204
 205   /**
 206    * Overloaded method to allow Jalview to pass in a model name.
 207    *
 208    * @param modelPath
 209    * @param modelName
 210    * @param type
 211    * @return
 212    */
 213   public List<ChimeraModel> openModel(String modelPath, String modelName,
 214           ModelType type)
 215   {
 216     logger.info("chimera open " + modelPath);
 217     // stopListening();
 218     List<ChimeraModel> modelList = getModelList();
 219     List<String> response = null;
 220     // TODO: [Optional] Handle modbase models
 221     if (type == ModelType.MODBASE_MODEL)
 222     {
 223       response = sendChimeraCommand("open modbase:" + modelPath, true);
 224       // } else if (type == ModelType.SMILES) {
 225       // response = sendChimeraCommand("open smiles:" + modelName, true);
 226       // modelName = "smiles:" + modelName;
 227     }
 228     else
 229     {
 230       response = sendChimeraCommand("open " + modelPath, true);
 231     }
 232     if (response == null)
 233     {
 234       // something went wrong
 235       logger.warn("Could not open " + modelPath);
 236       return null;
 237     }
 238
 239     // patch for Jalview - set model name in Chimera
 240     // TODO: find a variant that works for sub-models
 241     for (ChimeraModel newModel : getModelList())
 242     {
 243       if (!modelList.contains(newModel))
 244       {
 245         newModel.setModelName(modelName);
 246         sendChimeraCommand(
 247                 "setattr M name " + modelName + " #"
 248                         + newModel.getModelNumber(), false);
 249         modelList.add(newModel);
 250       }
 251     }
 252
 253     // assign color and residues to open models
 254     for (ChimeraModel chimeraModel : modelList)
 255     {
 256       // get model color
 257       Color modelColor = isChimeraX() ? null : getModelColor(chimeraModel);
 258       if (modelColor != null)
 259       {
 260         chimeraModel.setModelColor(modelColor);
 261       }
 262
 263       // Get our properties (default color scheme, etc.)
 264       // Make the molecule look decent
 265       // chimeraSend("repr stick "+newModel.toSpec());
 266
 267       // Create the information we need for the navigator
 268       if (type != ModelType.SMILES && !isChimeraX())
 269       {
 270         addResidues(chimeraModel);
 271       }
 272     }
 273
 274     sendChimeraCommand("focus", false);
 275     // startListening(); // see ChimeraListener
 276     return modelList;
 277   }
 278
 279   /**
 280    * Refactored method to extract the last (or only) element delimited by file
 281    * path separator.
 282    *
 283    * @param modelPath
 284    * @return
 285    */
 286   private String getFileNameFromPath(String modelPath)
 287   {
 288     String modelName = modelPath;
 289     if (modelPath == null)
 290     {
 291       return null;
 292     }
 293     // TODO: [Optional] Convert path to name in a better way
 294     if (modelPath.lastIndexOf(File.separator) > 0)
 295     {
 296       modelName = modelPath
 297               .substring(modelPath.lastIndexOf(File.separator) + 1);
 298     }
 299     else if (modelPath.lastIndexOf("/") > 0)
 300     {
 301       modelName = modelPath.substring(modelPath.lastIndexOf("/") + 1);
 302     }
 303     return modelName;
 304   }
 305
 306   public void closeModel(ChimeraModel model)
 307   {
 308     // int model = structure.modelNumber();
 309     // int subModel = structure.subModelNumber();
 310     // Integer modelKey = makeModelKey(model, subModel);
 311     stopListening();
 312     logger.info("chimera close model " + model.getModelName());
 313     if (currentModelsMap.containsKey(ChimUtils.makeModelKey(
 314             model.getModelNumber(), model.getSubModelNumber())))
 315     {
 316       sendChimeraCommand("close " + model.toSpec(), false);
 317       // currentModelNamesMap.remove(model.getModelName());
 318       currentModelsMap.remove(ChimUtils.makeModelKey(
 319               model.getModelNumber(), model.getSubModelNumber()));
 320       // selectionList.remove(chimeraModel);
 321     }
 322     else
 323     {
 324       logger.warn("Could not find model " + model.getModelName()
 325               + " to close.");
 326     }
 327     startListening();
 328   }
 329
 330   public void startListening()
 331   {
 332     sendChimeraCommand("listen start models; listen start selection", false);
 333   }
 334
 335   public void stopListening()
 336   {
 337     sendChimeraCommand("listen stop models ; listen stop selection ", false);
 338   }
 339
 340   /**
 341    * Tell Chimera we are listening on the given URI
 342    *
 343    * @param uri
 344    */
 345   public void startListening(String uri)
 346   {
 347     sendChimeraCommand("listen start models url " + uri
 348             + ";listen start select prefix SelectionChanged url " + uri,
 349             false);
 350   }
 351
 352   /**
 353    * Select something in Chimera
 354    *
 355    * @param command
 356    *          the selection command to pass to Chimera
 357    */
 358   public void select(String command)
 359   {
 360     sendChimeraCommand("listen stop selection; " + command
 361             + "; listen start selection", false);
 362   }
 363
 364   public void focus()
 365   {
 366     sendChimeraCommand("focus", false);
 367   }
 368
 369   public void clearOnChimeraExit()
 370   {
 371     chimera = null;
 372     currentModelsMap.clear();
 373     this.chimeraRestPort = 0;
 374     structureManager.clearOnChimeraExit();
 375   }
 376
 377   public void exitChimera()
 378   {
 379     if (isChimeraLaunched() && chimera != null)
 380     {
 381       sendChimeraCommand("stop really", false);
 382       try
 383       {
 384         // TODO is this too violent? could it force close the process
 385         // before it has done an orderly shutdown?
 386         chimera.destroy();
 387       } catch (Exception ex)
 388       {
 389         // ignore
 390       }
 391     }
 392     clearOnChimeraExit();
 393   }
 394
 395   public Map<Integer, ChimeraModel> getSelectedModels()
 396   {
 397     Map<Integer, ChimeraModel> selectedModelsMap = new HashMap<>();
 398     List<String> chimeraReply = sendChimeraCommand(
 399             "list selection level molecule", true);
 400     if (chimeraReply != null)
 401     {
 402       for (String modelLine : chimeraReply)
 403       {
 404         ChimeraModel chimeraModel = new ChimeraModel(modelLine);
 405         Integer modelKey = ChimUtils.makeModelKey(
 406                 chimeraModel.getModelNumber(),
 407                 chimeraModel.getSubModelNumber());
 408         selectedModelsMap.put(modelKey, chimeraModel);
 409       }
 410     }
 411     return selectedModelsMap;
 412   }
 413
 414   /**
 415    * Sends a 'list selection level residue' command to Chimera and returns the
 416    * list of selected atomspecs
 417    *
 418    * @return
 419    */
 420   public List<String> getSelectedResidueSpecs()
 421   {
 422     List<String> selectedResidues = new ArrayList<>();
 423     List<String> chimeraReply = sendChimeraCommand(
 424             "list selection level residue", true);
 425     if (chimeraReply != null)
 426     {
 427       /*
 428        * expect 0, 1 or more lines of the format
 429        * residue id #0:43.A type GLY
 430        * where we are only interested in the atomspec #0.43.A
 431        */
 432       for (String inputLine : chimeraReply)
 433       {
 434         String[] inputLineParts = inputLine.split("\\s+");
 435         if (inputLineParts.length == 5)
 436         {
 437           selectedResidues.add(inputLineParts[2]);
 438         }
 439       }
 440     }
 441     return selectedResidues;
 442   }
 443
 444   public void getSelectedResidues(
 445           Map<Integer, ChimeraModel> selectedModelsMap)
 446   {
 447     List<String> chimeraReply = sendChimeraCommand(
 448             "list selection level residue", true);
 449     if (chimeraReply != null)
 450     {
 451       for (String inputLine : chimeraReply)
 452       {
 453         ChimeraResidue r = new ChimeraResidue(inputLine);
 454         Integer modelKey = ChimUtils.makeModelKey(r.getModelNumber(),
 455                 r.getSubModelNumber());
 456         if (selectedModelsMap.containsKey(modelKey))
 457         {
 458           ChimeraModel model = selectedModelsMap.get(modelKey);
 459           model.addResidue(r);
 460         }
 461       }
 462     }
 463   }
 464
 465   /**
 466    * Return the list of ChimeraModels currently open. Warning: if smiles model
 467    * name too long, only part of it with "..." is printed.
 468    *
 469    *
 470    * @return List of ChimeraModel's
 471    */
 472   // TODO: [Optional] Handle smiles names in a better way in Chimera?
 473   public List<ChimeraModel> getModelList()
 474   {
 475     List<ChimeraModel> modelList = new ArrayList<>();
 476     modelList.add(new ChimeraModel("4zhp", ModelType.PDB_MODEL, 1, 0));
 477     return modelList; // ChimeraX doesn't have 'list models' command
 478     // List<String> list = sendChimeraCommand("list models type molecule",
 479     // true);
 480     // if (list != null)
 481     // {
 482     // for (String modelLine : list)
 483     // {
 484     // ChimeraModel chimeraModel = new ChimeraModel(modelLine);
 485     // modelList.add(chimeraModel);
 486     // }
 487     // }
 488     // return modelList;
 489   }
 490
 491   /**
 492    * Return the list of depiction presets available from within Chimera. Chimera
 493    * will return the list as a series of lines with the format: Preset type
 494    * number "description"
 495    *
 496    * @return list of presets
 497    */
 498   public List<String> getPresets()
 499   {
 500     ArrayList<String> presetList = new ArrayList<>();
 501     List<String> output = sendChimeraCommand("preset list", true);
 502     if (output != null)
 503     {
 504       for (String preset : output)
 505       {
 506         preset = preset.substring(7); // Skip over the "Preset"
 507         preset = preset.replaceFirst("\"", "(");
 508         preset = preset.replaceFirst("\"", ")");
 509         // string now looks like: type number (description)
 510         presetList.add(preset);
 511       }
 512     }
 513     return presetList;
 514   }
 515
 516   public boolean isChimeraLaunched()
 517   {
 518     boolean launched = false;
 519     if (chimera != null)
 520     {
 521       try
 522       {
 523         chimera.exitValue();
 524         // if we get here, process has ended
 525       } catch (IllegalThreadStateException e)
 526       {
 527         // ok - not yet terminated
 528         launched = true;
 529       }
 530     }
 531     return launched;
 532   }
 533
 534   /**
 535    * Launch Chimera, unless an instance linked to this object is already
 536    * running. Returns true if chimera is successfully launched, or already
 537    * running, else false.
 538    *
 539    * @param chimeraPaths
 540    * @return
 541    */
 542   public boolean launchChimera(List<String> chimeraPaths)
 543   {
 544     // Do nothing if Chimera is already launched
 545     if (isChimeraLaunched())
 546     {
 547       return true;
 548     }
 549
 550     // Try to launch Chimera (eventually using one of the possible paths)
 551     String error = "Error message: ";
 552     String workingPath = "";
 553     // iterate over possible paths for starting Chimera
 554     for (String chimeraPath : chimeraPaths)
 555     {
 556       try
 557       {
 558         // ensure symbolic links are resolved
 559         chimeraPath = Paths.get(chimeraPath).toRealPath().toString();
 560         isChimeraX = chimeraPath.toLowerCase().contains("chimerax");
 561         File path = new File(chimeraPath);
 562         // uncomment the next line to simulate Chimera not installed
 563         // path = new File(chimeraPath + "x");
 564         if (!path.canExecute())
 565         {
 566           error += "File '" + path + "' does not exist.\n";
 567           continue;
 568         }
 569         List<String> args = new ArrayList<>();
 570         args.add(chimeraPath);
 571         // shows Chimera output window but suppresses REST responses:
 572         // args.add("--debug");
 573         if (isChimeraX())
 574         {
 575           args.add("--cmd");
 576           args.add("remote rest start");
 577         }
 578         else
 579         {
 580           args.add("--start");
 581           args.add("RESTServer");
 582         }
 583         ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder(args);
 584         chimera = pb.start();
 585         error = "";
 586         workingPath = chimeraPath;
 587         break;
 588       } catch (Exception e)
 589       {
 590         // Chimera could not be started using this path
 591         error += e.getMessage();
 592       }
 593     }
 594     // If no error, then Chimera was launched successfully
 595     if (error.length() == 0)
 596     {
 597       this.chimeraRestPort = getPortNumber();
 598       System.out.println("Chimera REST API started on port "
 599               + chimeraRestPort);
 600       // structureManager.initChimTable();
 601       structureManager.setChimeraPathProperty(workingPath);
 602       // TODO: [Optional] Check Chimera version and show a warning if below 1.8
 603       // Ask Chimera to give us updates
 604       // startListening(); // later - see ChimeraListener
 605       return (chimeraRestPort > 0);
 606     }
 607
 608     // Tell the user that Chimera could not be started because of an error
 609     logger.warn(error);
 610     return false;
 611   }
 612
 613   /**
 614    * Read and return the port number returned in the reply to --start RESTServer
 615    */
 616   private int getPortNumber()
 617   {
 618     int port = 0;
 619     InputStream readChan = chimera.getInputStream();
 620     BufferedReader lineReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 621             readChan));
 622     StringBuilder responses = new StringBuilder();
 623     try
 624     {
 625       String response = lineReader.readLine();
 626       while (response != null)
 627       {
 628         responses.append("\n" + response);
 629         // expect: REST server on host 127.0.0.1 port port_number
 630         // ChimeraX is the same except "REST server started on host..."
 631         if (response.startsWith("REST server"))
 632         {
 633           String[] tokens = response.split(" ");
 634           for (int i = 0; i < tokens.length - 1; i++)
 635           {
 636             if ("port".equals(tokens[i]))
 637             {
 638               port = Integer.parseInt(tokens[i + 1]);
 639               break;
 640             }
 641           }
 642         }
 643         if (port > 0)
 644         {
 645           break; // hack for hanging readLine()
 646         }
 647         response = lineReader.readLine();
 648       }
 649     } catch (Exception e)
 650     {
 651       logger.error("Failed to get REST port number from " + responses
 652               + ": " + e.getMessage());
 653     } finally
 654     {
 655       try
 656       {
 657         lineReader.close();
 658       } catch (IOException e2)
 659       {
 660       }
 661     }
 662     if (port == 0)
 663     {
 664       System.err
 665               .println("Failed to start Chimera with REST service, response was: "
 666                       + responses);
 667     }
 668     logger.info("Chimera REST service listening on port " + chimeraRestPort);
 669     return port;
 670   }
 671
 672   /**
 673    * Determine the color that Chimera is using for this model.
 674    *
 675    * @param model
 676    *          the ChimeraModel we want to get the Color for
 677    * @return the default model Color for this model in Chimera
 678    */
 679   public Color getModelColor(ChimeraModel model)
 680   {
 681     List<String> colorLines = sendChimeraCommand(
 682             "list model spec " + model.toSpec() + " attribute color", true);
 683     if (colorLines == null || colorLines.size() == 0)
 684     {
 685       return null;
 686     }
 687     return ChimUtils.parseModelColor(colorLines.get(0));
 688   }
 689
 690   /**
 691    *
 692    * Get information about the residues associated with a model. This uses the
 693    * Chimera listr command. We don't return the resulting residues, but we add
 694    * the residues to the model.
 695    *
 696    * @param model
 697    *          the ChimeraModel to get residue information for
 698    *
 699    */
 700   public void addResidues(ChimeraModel model)
 701   {
 702     int modelNumber = model.getModelNumber();
 703     int subModelNumber = model.getSubModelNumber();
 704     // Get the list -- it will be in the reply log
 705     List<String> reply = sendChimeraCommand(
 706             "list residues spec " + model.toSpec(), true);
 707     if (reply == null)
 708     {
 709       return;
 710     }
 711     for (String inputLine : reply)
 712     {
 713       ChimeraResidue r = new ChimeraResidue(inputLine);
 714       if (r.getModelNumber() == modelNumber
 715               || r.getSubModelNumber() == subModelNumber)
 716       {
 717         model.addResidue(r);
 718       }
 719     }
 720   }
 721
 722   public List<String> getAttrList()
 723   {
 724     List<String> attributes = new ArrayList<>();
 725     final List<String> reply = sendChimeraCommand("list resattr", true);
 726     if (reply != null)
 727     {
 728       for (String inputLine : reply)
 729       {
 730         String[] lineParts = inputLine.split("\\s");
 731         if (lineParts.length == 2 && lineParts[0].equals("resattr"))
 732         {
 733           attributes.add(lineParts[1]);
 734         }
 735       }
 736     }
 737     return attributes;
 738   }
 739
 740   public Map<ChimeraResidue, Object> getAttrValues(String aCommand,
 741           ChimeraModel model)
 742   {
 743     Map<ChimeraResidue, Object> values = new HashMap<>();
 744     final List<String> reply = sendChimeraCommand("list residue spec "
 745             + model.toSpec() + " attribute " + aCommand, true);
 746     if (reply != null)
 747     {
 748       for (String inputLine : reply)
 749       {
 750         String[] lineParts = inputLine.split("\\s");
 751         if (lineParts.length == 5)
 752         {
 753           ChimeraResidue residue = ChimUtils
 754                   .getResidue(lineParts[2], model);
 755           String value = lineParts[4];
 756           if (residue != null)
 757           {
 758             if (value.equals("None"))
 759             {
 760               continue;
 761             }
 762             if (value.equals("True") || value.equals("False"))
 763             {
 764               values.put(residue, Boolean.valueOf(value));
 765               continue;
 766             }
 767             try
 768             {
 769               Double doubleValue = Double.valueOf(value);
 770               values.put(residue, doubleValue);
 771             } catch (NumberFormatException ex)
 772             {
 773               values.put(residue, value);
 774             }
 775           }
 776         }
 777       }
 778     }
 779     return values;
 780   }
 781
 782   private volatile boolean busy = false;
 783
 784   private boolean isChimeraX;
 785
 786   /**
 787    * Send a command to Chimera.
 788    *
 789    * @param command
 790    *          Command string to be send.
 791    * @param reply
 792    *          Flag indicating whether the method should return the reply from
 793    *          Chimera or not.
 794    * @return List of Strings corresponding to the lines in the Chimera reply or
 795    *         <code>null</code>.
 796    */
 797   public List<String> sendChimeraCommand(String command, boolean reply)
 798   {
 799     System.out.println("chimeradebug>> " + command);
 800     if (!isChimeraLaunched() || command == null
 801             || "".equals(command.trim()))
 802     {
 803       return null;
 804     }
 805     // TODO do we need a maximum wait time before aborting?
 806     while (busy)
 807     {
 808       try
 809       {
 810         Thread.sleep(25);
 811       } catch (InterruptedException q)
 812       {
 813       }
 814     }
 815     busy = true;
 816     long startTime = System.currentTimeMillis();
 817     try
 818     {
 819       return sendRestCommand(command);
 820     } finally
 821     {
 822       /*
 823        * Make sure busy flag is reset come what may!
 824        */
 825       busy = false;
 826       if (debug)
 827       {
 828         System.out.println("Chimera command took "
 829                 + (System.currentTimeMillis() - startTime) + "ms: "
 830                 + command);
 831       }
 832
 833     }
 834   }
 835
 836   /**
 837    * Sends the command to Chimera's REST API, and returns any response lines.
 838    *
 839    * @param command
 840    * @return
 841    */
 842   protected List<String> sendRestCommand(String command)
 843   {
 844     String restUrl = "http://127.0.0.1:" + this.chimeraRestPort + "/run";
 845     List<NameValuePair> commands = new ArrayList<>(1);
 846     String encoded = command.replace(" ", "+").replace("#", "%23")
 847             .replace("|", "%7C").replace(";", "%3B");
 848     commands.add(new BasicNameValuePair("command", encoded));
 849
 850     List<String> reply = new ArrayList<>();
 851     BufferedReader response = null;
 852     try
 853     {
 854       if (isChimeraX())
 855       {
 856         response = HttpClientUtils.doHttpGet(restUrl, commands,
 857                 CONNECTION_TIMEOUT_MS, REST_REPLY_TIMEOUT_MS);
 858       }
 859       else
 860       {
 861         response = HttpClientUtils.doHttpUrlPost(restUrl, commands,
 862                 CONNECTION_TIMEOUT_MS, REST_REPLY_TIMEOUT_MS);
 863       }
 864       String line = "";
 865       while ((line = response.readLine()) != null)
 866       {
 867         reply.add(line);
 868       }
 869     } catch (Exception e)
 870     {
 871       logger.error("REST call '" + command + "' failed: " + e.getMessage());
 872     } finally
 873     {
 874       if (response != null)
 875       {
 876         try
 877         {
 878           response.close();
 879         } catch (IOException e)
 880         {
 881         }
 882       }
 883     }
 884     return reply;
 885   }
 886
 887   /**
 888    * Send a command to stdin of Chimera process, and optionally read any
 889    * responses.
 890    *
 891    * @param command
 892    * @param readReply
 893    * @return
 894    */
 895   protected List<String> sendStdinCommand(String command, boolean readReply)
 896   {
 897     chimeraListenerThread.clearResponse(command);
 898     String text = command.concat("\n");
 899     try
 900     {
 901       // send the command
 902       chimera.getOutputStream().write(text.getBytes());
 903       chimera.getOutputStream().flush();
 904     } catch (IOException e)
 905     {
 906       // logger.info("Unable to execute command: " + text);
 907       // logger.info("Exiting...");
 908       logger.warn("Unable to execute command: " + text);
 909       logger.warn("Exiting...");
 910       clearOnChimeraExit();
 911       return null;
 912     }
 913     if (!readReply)
 914     {
 915       return null;
 916     }
 917     List<String> rsp = chimeraListenerThread.getResponse(command);
 918     return rsp;
 919   }
 920
 921   public StructureManager getStructureManager()
 922   {
 923     return structureManager;
 924   }
 925
 926   public boolean isBusy()
 927   {
 928     return busy;
 929   }
 930
 931   public Process getChimeraProcess()
 932   {
 933     return chimera;
 934   }
 935
 936   public boolean isChimeraX()
 937   {
 938     return isChimeraX;
 939   }
 940 }