src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraManager.java

   1 package ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4 import java.io.BufferedReader;
   5 import java.io.File;
   6 import java.io.IOException;
   7 import java.io.InputStream;
   8 import java.io.InputStreamReader;
   9 import java.util.ArrayList;
  10 import java.util.Collection;
  11 import java.util.HashMap;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.Map;
  14
  15 import org.apache.http.NameValuePair;
  16 import org.apache.http.message.BasicNameValuePair;
  17 import org.slf4j.Logger;
  18 import org.slf4j.LoggerFactory;
  19
  20 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
  21 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.port.ListenerThreads;
  22
  23 import jalview.ws.HttpClientUtils;
  24
  25 /**
  26  * This object maintains the Chimera communication information.
  27  */
  28 public class ChimeraManager
  29 {
  30   private static final boolean debug = false;
  31
  32   private int chimeraRestPort;
  33
  34   private Process chimera;
  35
  36   private ListenerThreads chimeraListenerThread;
  37
  38   private Map<Integer, ChimeraModel> currentModelsMap;
  39
  40   private Logger logger = LoggerFactory
  41           .getLogger(ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraManager.class);
  42
  43   private StructureManager structureManager;
  44
  45   public ChimeraManager(StructureManager structureManager)
  46   {
  47     this.structureManager = structureManager;
  48     chimera = null;
  49     chimeraListenerThread = null;
  50     currentModelsMap = new HashMap<Integer, ChimeraModel>();
  51
  52   }
  53
  54   public List<ChimeraModel> getChimeraModels(String modelName)
  55   {
  56     List<ChimeraModel> models = getChimeraModels(modelName,
  57             ModelType.PDB_MODEL);
  58     models.addAll(getChimeraModels(modelName, ModelType.SMILES));
  59     return models;
  60   }
  61
  62   public List<ChimeraModel> getChimeraModels(String modelName,
  63           ModelType modelType)
  64   {
  65     List<ChimeraModel> models = new ArrayList<ChimeraModel>();
  66     for (ChimeraModel model : currentModelsMap.values())
  67     {
  68       if (modelName.equals(model.getModelName())
  69               && modelType.equals(model.getModelType()))
  70       {
  71         models.add(model);
  72       }
  73     }
  74     return models;
  75   }
  76
  77   public Map<String, List<ChimeraModel>> getChimeraModelsMap()
  78   {
  79     Map<String, List<ChimeraModel>> models = new HashMap<String, List<ChimeraModel>>();
  80     for (ChimeraModel model : currentModelsMap.values())
  81     {
  82       String modelName = model.getModelName();
  83       if (!models.containsKey(modelName))
  84       {
  85         models.put(modelName, new ArrayList<ChimeraModel>());
  86       }
  87       if (!models.get(modelName).contains(model))
  88       {
  89         models.get(modelName).add(model);
  90       }
  91     }
  92     return models;
  93   }
  94
  95   public ChimeraModel getChimeraModel(Integer modelNumber,
  96           Integer subModelNumber)
  97   {
  98     Integer key = ChimUtils.makeModelKey(modelNumber, subModelNumber);
  99     if (currentModelsMap.containsKey(key))
 100     {
 101       return currentModelsMap.get(key);
 102     }
 103     return null;
 104   }
 105
 106   public ChimeraModel getChimeraModel()
 107   {
 108     return currentModelsMap.values().iterator().next();
 109   }
 110
 111   public Collection<ChimeraModel> getChimeraModels()
 112   {
 113     // this method is invoked by the model navigator dialog
 114     return currentModelsMap.values();
 115   }
 116
 117   public int getChimeraModelsCount(boolean smiles)
 118   {
 119     // this method is invokes by the model navigator dialog
 120     int counter = currentModelsMap.size();
 121     if (smiles)
 122     {
 123       return counter;
 124     }
 125
 126     for (ChimeraModel model : currentModelsMap.values())
 127     {
 128       if (model.getModelType() == ModelType.SMILES)
 129       {
 130         counter--;
 131       }
 132     }
 133     return counter;
 134   }
 135
 136   public boolean hasChimeraModel(Integer modelNubmer)
 137   {
 138     return hasChimeraModel(modelNubmer, 0);
 139   }
 140
 141   public boolean hasChimeraModel(Integer modelNubmer, Integer subModelNumber)
 142   {
 143     return currentModelsMap.containsKey(ChimUtils.makeModelKey(modelNubmer,
 144             subModelNumber));
 145   }
 146
 147   public void addChimeraModel(Integer modelNumber, Integer subModelNumber,
 148           ChimeraModel model)
 149   {
 150     currentModelsMap.put(
 151             ChimUtils.makeModelKey(modelNumber, subModelNumber), model);
 152   }
 153
 154   public void removeChimeraModel(Integer modelNumber, Integer subModelNumber)
 155   {
 156     int modelKey = ChimUtils.makeModelKey(modelNumber, subModelNumber);
 157     if (currentModelsMap.containsKey(modelKey))
 158     {
 159       currentModelsMap.remove(modelKey);
 160     }
 161   }
 162
 163   public List<ChimeraModel> openModel(String modelPath, ModelType type)
 164   {
 165     return openModel(modelPath, getFileNameFromPath(modelPath), type);
 166   }
 167
 168   /**
 169    * Overloaded method to allow Jalview to pass in a model name.
 170    *
 171    * @param modelPath
 172    * @param modelName
 173    * @param type
 174    * @return
 175    */
 176   public List<ChimeraModel> openModel(String modelPath, String modelName,
 177           ModelType type)
 178   {
 179     logger.info("chimera open " + modelPath);
 180     // stopListening();
 181     List<String> response = null;
 182     // TODO: [Optional] Handle modbase models
 183     if (type == ModelType.MODBASE_MODEL)
 184     {
 185       response = sendChimeraCommand("open modbase:" + modelPath, true);
 186       // } else if (type == ModelType.SMILES) {
 187       // response = sendChimeraCommand("open smiles:" + modelName, true);
 188       // modelName = "smiles:" + modelName;
 189     }
 190     else
 191     {
 192       response = sendChimeraCommand("open " + modelPath, true);
 193     }
 194     if (response == null)
 195     {
 196       // something went wrong
 197       logger.warn("Could not open " + modelPath);
 198       return null;
 199     }
 200     List<ChimeraModel> models = new ArrayList<ChimeraModel>();
 201     int[] modelNumbers = null;
 202     if (type == ModelType.PDB_MODEL)
 203     {
 204       for (String line : response)
 205       {
 206         if (line.startsWith("#"))
 207         {
 208           modelNumbers = ChimUtils.parseOpenedModelNumber(line);
 209           if (modelNumbers != null)
 210           {
 211             int modelNumber = ChimUtils.makeModelKey(modelNumbers[0],
 212                     modelNumbers[1]);
 213             if (currentModelsMap.containsKey(modelNumber))
 214             {
 215               continue;
 216             }
 217             ChimeraModel newModel = new ChimeraModel(modelName, type,
 218                     modelNumbers[0], modelNumbers[1]);
 219             currentModelsMap.put(modelNumber, newModel);
 220             models.add(newModel);
 221
 222             //
 223             // patch for Jalview - set model name in Chimera
 224             // TODO: find a variant that works for sub-models
 225             sendChimeraCommand("setattr M name " + modelName + " #"
 226                     + modelNumbers[0], false);
 227             // end patch for Jalview
 228
 229             modelNumbers = null;
 230           }
 231         }
 232       }
 233     }
 234     else
 235     {
 236       // TODO: [Optional] Open smiles from file would fail. Do we need it?
 237       // If parsing fails, iterate over all open models to get the right one
 238       List<ChimeraModel> openModels = getModelList();
 239       for (ChimeraModel openModel : openModels)
 240       {
 241         String openModelName = openModel.getModelName();
 242         if (openModelName.endsWith("..."))
 243         {
 244           openModelName = openModelName.substring(0,
 245                   openModelName.length() - 3);
 246         }
 247         if (modelPath.startsWith(openModelName))
 248         {
 249           openModel.setModelName(modelPath);
 250           int modelNumber = ChimUtils
 251                   .makeModelKey(openModel.getModelNumber(),
 252                           openModel.getSubModelNumber());
 253           if (!currentModelsMap.containsKey(modelNumber))
 254           {
 255             currentModelsMap.put(modelNumber, openModel);
 256             models.add(openModel);
 257           }
 258         }
 259       }
 260     }
 261
 262     // assign color and residues to open models
 263     for (ChimeraModel newModel : models)
 264     {
 265       // get model color
 266       Color modelColor = getModelColor(newModel);
 267       if (modelColor != null)
 268       {
 269         newModel.setModelColor(modelColor);
 270       }
 271
 272       // Get our properties (default color scheme, etc.)
 273       // Make the molecule look decent
 274       // chimeraSend("repr stick "+newModel.toSpec());
 275
 276       // Create the information we need for the navigator
 277       if (type != ModelType.SMILES)
 278       {
 279         addResidues(newModel);
 280       }
 281     }
 282
 283     sendChimeraCommand("focus", false);
 284     // startListening(); // see ChimeraListener
 285     return models;
 286   }
 287
 288   /**
 289    * Refactored method to extract the last (or only) element delimited by file
 290    * path separator.
 291    *
 292    * @param modelPath
 293    * @return
 294    */
 295   private String getFileNameFromPath(String modelPath)
 296   {
 297     String modelName = modelPath;
 298     if (modelPath == null)
 299     {
 300       return null;
 301     }
 302     // TODO: [Optional] Convert path to name in a better way
 303     if (modelPath.lastIndexOf(File.separator) > 0)
 304     {
 305       modelName = modelPath.substring(modelPath
 306               .lastIndexOf(File.separator) + 1);
 307     }
 308     else if (modelPath.lastIndexOf("/") > 0)
 309     {
 310       modelName = modelPath
 311               .substring(modelPath.lastIndexOf("/") + 1);
 312     }
 313     return modelName;
 314   }
 315
 316   public void closeModel(ChimeraModel model)
 317   {
 318     // int model = structure.modelNumber();
 319     // int subModel = structure.subModelNumber();
 320     // Integer modelKey = makeModelKey(model, subModel);
 321     stopListening();
 322     logger.info("chimera close model " + model.getModelName());
 323     if (currentModelsMap.containsKey(ChimUtils.makeModelKey(
 324             model.getModelNumber(), model.getSubModelNumber())))
 325     {
 326       sendChimeraCommand("close " + model.toSpec(), false);
 327       // currentModelNamesMap.remove(model.getModelName());
 328       currentModelsMap.remove(ChimUtils.makeModelKey(
 329               model.getModelNumber(), model.getSubModelNumber()));
 330       // selectionList.remove(chimeraModel);
 331     }
 332     else
 333     {
 334       logger.warn("Could not find model " + model.getModelName()
 335               + " to close.");
 336     }
 337     startListening();
 338   }
 339
 340   public void startListening()
 341   {
 342     sendChimeraCommand("listen start models; listen start selection", false);
 343   }
 344
 345   public void stopListening()
 346   {
 347     sendChimeraCommand("listen stop models ; listen stop selection ", false);
 348   }
 349
 350   /**
 351    * Tell Chimera we are listening on the given URI
 352    *
 353    * @param uri
 354    */
 355   public void startListening(String uri)
 356   {
 357     sendChimeraCommand("listen start models url " + uri
 358     + ";listen start select prefix SelectionChanged url " + uri, false);
 359   }
 360
 361   /**
 362    * Select something in Chimera
 363    *
 364    * @param command
 365    *          the selection command to pass to Chimera
 366    */
 367   public void select(String command)
 368   {
 369     sendChimeraCommand("listen stop selection; " + command
 370             + "; listen start selection", false);
 371   }
 372
 373   public void focus()
 374   {
 375     sendChimeraCommand("focus", false);
 376   }
 377
 378   public void clearOnChimeraExit()
 379   {
 380     chimera = null;
 381     currentModelsMap.clear();
 382       this.chimeraRestPort = 0;
 383     structureManager.clearOnChimeraExit();
 384   }
 385
 386   public void exitChimera()
 387   {
 388     if (isChimeraLaunched() && chimera != null)
 389     {
 390       sendChimeraCommand("stop really", false);
 391       try
 392       {
 393         chimera.destroy();
 394       } catch (Exception ex)
 395       {
 396         // ignore
 397       }
 398     }
 399     clearOnChimeraExit();
 400   }
 401
 402   public Map<Integer, ChimeraModel> getSelectedModels()
 403   {
 404     Map<Integer, ChimeraModel> selectedModelsMap = new HashMap<Integer, ChimeraModel>();
 405     List<String> chimeraReply = sendChimeraCommand(
 406             "list selection level molecule", true);
 407     if (chimeraReply != null)
 408     {
 409       for (String modelLine : chimeraReply)
 410       {
 411         ChimeraModel chimeraModel = new ChimeraModel(modelLine);
 412         Integer modelKey = ChimUtils.makeModelKey(
 413                 chimeraModel.getModelNumber(),
 414                 chimeraModel.getSubModelNumber());
 415         selectedModelsMap.put(modelKey, chimeraModel);
 416       }
 417     }
 418     return selectedModelsMap;
 419   }
 420
 421   /**
 422    * Sends a 'list selection level residue' command to Chimera and returns the
 423    * list of selected atomspecs
 424    *
 425    * @return
 426    */
 427   public List<String> getSelectedResidueSpecs()
 428   {
 429     List<String> selectedResidues = new ArrayList<String>();
 430     List<String> chimeraReply = sendChimeraCommand(
 431             "list selection level residue", true);
 432     if (chimeraReply != null)
 433     {
 434       for (String inputLine : chimeraReply)
 435       {
 436         String[] inputLineParts = inputLine.split("\\s+");
 437         if (inputLineParts.length == 5)
 438         {
 439           selectedResidues.add(inputLineParts[2]);
 440         }
 441       }
 442     }
 443     return selectedResidues;
 444   }
 445
 446   public void getSelectedResidues(
 447           Map<Integer, ChimeraModel> selectedModelsMap)
 448   {
 449     List<String> chimeraReply = sendChimeraCommand(
 450             "list selection level residue", true);
 451     if (chimeraReply != null)
 452     {
 453       for (String inputLine : chimeraReply)
 454       {
 455         ChimeraResidue r = new ChimeraResidue(inputLine);
 456         Integer modelKey = ChimUtils.makeModelKey(r.getModelNumber(),
 457                 r.getSubModelNumber());
 458         if (selectedModelsMap.containsKey(modelKey))
 459         {
 460           ChimeraModel model = selectedModelsMap.get(modelKey);
 461           model.addResidue(r);
 462         }
 463       }
 464     }
 465   }
 466
 467   /**
 468    * Return the list of ChimeraModels currently open. Warning: if smiles model
 469    * name too long, only part of it with "..." is printed.
 470    *
 471    *
 472    * @return List of ChimeraModel's
 473    */
 474   // TODO: [Optional] Handle smiles names in a better way in Chimera?
 475   public List<ChimeraModel> getModelList()
 476   {
 477     List<ChimeraModel> modelList = new ArrayList<ChimeraModel>();
 478     List<String> list = sendChimeraCommand("list models type molecule",
 479             true);
 480     if (list != null)
 481     {
 482       for (String modelLine : list)
 483       {
 484         ChimeraModel chimeraModel = new ChimeraModel(modelLine);
 485         modelList.add(chimeraModel);
 486       }
 487     }
 488     return modelList;
 489   }
 490
 491   /**
 492    * Return the list of depiction presets available from within Chimera. Chimera
 493    * will return the list as a series of lines with the format: Preset type
 494    * number "description"
 495    *
 496    * @return list of presets
 497    */
 498   public List<String> getPresets()
 499   {
 500     ArrayList<String> presetList = new ArrayList<String>();
 501     List<String> output = sendChimeraCommand("preset list", true);
 502     if (output != null)
 503     {
 504       for (String preset : output)
 505       {
 506         preset = preset.substring(7); // Skip over the "Preset"
 507         preset = preset.replaceFirst("\"", "(");
 508         preset = preset.replaceFirst("\"", ")");
 509         // string now looks like: type number (description)
 510         presetList.add(preset);
 511       }
 512     }
 513     return presetList;
 514   }
 515
 516   public boolean isChimeraLaunched()
 517   {
 518     boolean launched = false;
 519     if (chimera != null)
 520     {
 521       try
 522       {
 523         chimera.exitValue();
 524         // if we get here, process has ended
 525       } catch (IllegalThreadStateException e)
 526       {
 527         // ok - not yet terminated
 528         launched = true;
 529       }
 530     }
 531     return launched;
 532   }
 533
 534   /**
 535    * Launch Chimera, unless an instance linked to this object is already
 536    * running. Returns true if chimera is successfully launched, or already
 537    * running, else false.
 538    *
 539    * @param chimeraPaths
 540    * @return
 541    */
 542   public boolean launchChimera(List<String> chimeraPaths)
 543   {
 544     // Do nothing if Chimera is already launched
 545     if (isChimeraLaunched())
 546     {
 547       return true;
 548     }
 549
 550     // Try to launch Chimera (eventually using one of the possible paths)
 551     String error = "Error message: ";
 552     String workingPath = "";
 553     // iterate over possible paths for starting Chimera
 554     for (String chimeraPath : chimeraPaths)
 555     {
 556       File path = new File(chimeraPath);
 557       if (!path.canExecute())
 558       {
 559         error += "File '" + path + "' does not exist.\n";
 560         continue;
 561       }
 562       try
 563       {
 564         List<String> args = new ArrayList<String>();
 565         args.add(chimeraPath);
 566         args.add("--start");
 567         args.add("RESTServer");
 568         ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder(args);
 569         chimera = pb.start();
 570         error = "";
 571         workingPath = chimeraPath;
 572         break;
 573       } catch (Exception e)
 574       {
 575         // Chimera could not be started
 576         error += e.getMessage();
 577       }
 578     }
 579     // If no error, then Chimera was launched successfully
 580     if (error.length() == 0)
 581     {
 582       this.chimeraRestPort = getPortNumber();
 583       System.out.println("Chimera REST API started on port "
 584               + chimeraRestPort);
 585       // structureManager.initChimTable();
 586       structureManager.setChimeraPathProperty(workingPath);
 587       // TODO: [Optional] Check Chimera version and show a warning if below 1.8
 588       // Ask Chimera to give us updates
 589       // startListening(); // later - see ChimeraListener
 590       return true;
 591     }
 592
 593     // Tell the user that Chimera could not be started because of an error
 594     logger.warn(error);
 595     return false;
 596   }
 597
 598   /**
 599    * Read and return the port number returned in the reply to --start RESTServer
 600    */
 601   private int getPortNumber()
 602   {
 603     int port = 0;
 604     InputStream readChan = chimera.getInputStream();
 605     BufferedReader lineReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 606             readChan));
 607     String response = null;
 608     try
 609     {
 610       // expect: REST server on host 127.0.0.1 port port_number
 611       response = lineReader.readLine();
 612       String [] tokens = response.split(" ");
 613       if (tokens.length == 7 && "port".equals(tokens[5])) {
 614         port = Integer.parseInt(tokens[6]);
 615         logger.info("Chimera REST service listening on port "
 616                 + chimeraRestPort);
 617       }
 618     } catch (Exception e)
 619     {
 620       logger.error("Failed to get REST port number from " + response + ": "
 621               + e.getMessage());
 622     } finally
 623     {
 624       try
 625       {
 626         lineReader.close();
 627       } catch (IOException e2)
 628       {
 629       }
 630     }
 631     return port;
 632   }
 633
 634   /**
 635    * Determine the color that Chimera is using for this model.
 636    *
 637    * @param model
 638    *          the ChimeraModel we want to get the Color for
 639    * @return the default model Color for this model in Chimera
 640    */
 641   public Color getModelColor(ChimeraModel model)
 642   {
 643     List<String> colorLines = sendChimeraCommand(
 644             "list model spec " + model.toSpec() + " attribute color", true);
 645     if (colorLines == null || colorLines.size() == 0)
 646     {
 647       return null;
 648     }
 649     return ChimUtils.parseModelColor(colorLines.get(0));
 650   }
 651
 652   /**
 653    *
 654    * Get information about the residues associated with a model. This uses the
 655    * Chimera listr command. We don't return the resulting residues, but we add
 656    * the residues to the model.
 657    *
 658    * @param model
 659    *          the ChimeraModel to get residue information for
 660    *
 661    */
 662   public void addResidues(ChimeraModel model)
 663   {
 664     int modelNumber = model.getModelNumber();
 665     int subModelNumber = model.getSubModelNumber();
 666     // Get the list -- it will be in the reply log
 667     List<String> reply = sendChimeraCommand(
 668             "list residues spec " + model.toSpec(), true);
 669     if (reply == null)
 670     {
 671       return;
 672     }
 673     for (String inputLine : reply)
 674     {
 675       ChimeraResidue r = new ChimeraResidue(inputLine);
 676       if (r.getModelNumber() == modelNumber
 677               || r.getSubModelNumber() == subModelNumber)
 678       {
 679         model.addResidue(r);
 680       }
 681     }
 682   }
 683
 684   public List<String> getAttrList()
 685   {
 686     List<String> attributes = new ArrayList<String>();
 687     final List<String> reply = sendChimeraCommand("list resattr", true);
 688     if (reply != null)
 689     {
 690       for (String inputLine : reply)
 691       {
 692         String[] lineParts = inputLine.split("\\s");
 693         if (lineParts.length == 2 && lineParts[0].equals("resattr"))
 694         {
 695           attributes.add(lineParts[1]);
 696         }
 697       }
 698     }
 699     return attributes;
 700   }
 701
 702   public Map<ChimeraResidue, Object> getAttrValues(String aCommand,
 703           ChimeraModel model)
 704   {
 705     Map<ChimeraResidue, Object> values = new HashMap<ChimeraResidue, Object>();
 706     final List<String> reply = sendChimeraCommand("list residue spec "
 707             + model.toSpec() + " attribute " + aCommand, true);
 708     if (reply != null)
 709     {
 710       for (String inputLine : reply)
 711       {
 712         String[] lineParts = inputLine.split("\\s");
 713         if (lineParts.length == 5)
 714         {
 715           ChimeraResidue residue = ChimUtils
 716                   .getResidue(lineParts[2], model);
 717           String value = lineParts[4];
 718           if (residue != null)
 719           {
 720             if (value.equals("None"))
 721             {
 722               continue;
 723             }
 724             if (value.equals("True") || value.equals("False"))
 725             {
 726               values.put(residue, Boolean.valueOf(value));
 727               continue;
 728             }
 729             try
 730             {
 731               Double doubleValue = Double.valueOf(value);
 732               values.put(residue, doubleValue);
 733             } catch (NumberFormatException ex)
 734             {
 735               values.put(residue, value);
 736             }
 737           }
 738         }
 739       }
 740     }
 741     return values;
 742   }
 743
 744   private volatile boolean busy = false;
 745
 746   /**
 747    * Send a command to Chimera.
 748    *
 749    * @param command
 750    *          Command string to be send.
 751    * @param reply
 752    *          Flag indicating whether the method should return the reply from
 753    *          Chimera or not.
 754    * @return List of Strings corresponding to the lines in the Chimera reply or
 755    *         <code>null</code>.
 756    */
 757   public List<String> sendChimeraCommand(String command, boolean reply)
 758   {
 759 //    System.out.println("chimeradebug>> " + command);
 760     if (!isChimeraLaunched() || command == null
 761             || "".equals(command.trim()))
 762     {
 763       return null;
 764     }
 765     // TODO do we need a maximum wait time before aborting?
 766     while (busy)
 767     {
 768       try
 769       {
 770         Thread.sleep(25);
 771       } catch (InterruptedException q)
 772       {
 773       }
 774     }
 775     busy = true;
 776     long startTime = System.currentTimeMillis();
 777     try
 778     {
 779       return sendRestCommand(command);
 780     } finally
 781     {
 782       /*
 783        * Make sure busy flag is reset come what may!
 784        */
 785       busy = false;
 786       if (debug)
 787       {
 788         System.out.println("Chimera command took "
 789                 + (System.currentTimeMillis() - startTime) + "ms: "
 790                 + command);
 791       }
 792
 793     }
 794   }
 795
 796   /**
 797    * Sends the command to Chimera's REST API, and returns any response lines.
 798    *
 799    * @param command
 800    * @return
 801    */
 802   protected List<String> sendRestCommand(String command)
 803   {
 804     String restUrl = "http://127.0.0.1:" + this.chimeraRestPort + "/run";
 805     List<NameValuePair> commands = new ArrayList<NameValuePair>(1);
 806     commands.add(new BasicNameValuePair("command", command));
 807
 808     List<String> reply = new ArrayList<String>();
 809     BufferedReader response = null;
 810     try {
 811       response = HttpClientUtils
 812               .doHttpUrlPost(restUrl, commands, 100, 5000);
 813       String line = "";
 814       while ((line = response.readLine()) != null) {
 815         reply.add(line);
 816       }
 817     } catch (Exception e)
 818     {
 819       logger.error("REST call " + command + " failed: " + e.getMessage());
 820     } finally
 821     {
 822       if (response != null)
 823       {
 824         try
 825         {
 826           response.close();
 827         } catch (IOException e)
 828         {
 829         }
 830       }
 831     }
 832     return reply;
 833   }
 834
 835   /**
 836    * Send a command to stdin of Chimera process, and optionally read any
 837    * responses.
 838    *
 839    * @param command
 840    * @param readReply
 841    * @return
 842    */
 843   protected List<String> sendStdinCommand(String command, boolean readReply)
 844   {
 845     chimeraListenerThread.clearResponse(command);
 846     String text = command.concat("\n");
 847     try
 848     {
 849       // send the command
 850       chimera.getOutputStream().write(text.getBytes());
 851       chimera.getOutputStream().flush();
 852     } catch (IOException e)
 853     {
 854       // logger.info("Unable to execute command: " + text);
 855       // logger.info("Exiting...");
 856       logger.warn("Unable to execute command: " + text);
 857       logger.warn("Exiting...");
 858       clearOnChimeraExit();
 859       return null;
 860     }
 861     if (!readReply)
 862     {
 863       return null;
 864     }
 865     List<String> rsp = chimeraListenerThread.getResponse(command);
 866     return rsp;
 867   }
 868
 869   public StructureManager getStructureManager()
 870   {
 871     return structureManager;
 872   }
 873
 874   public boolean isBusy()
 875   {
 876     return busy;
 877   }
 878 }