src/ext/vamsas/Jpred.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package ext.vamsas;
  19
  20 public interface Jpred extends java.rmi.Remote
  21 {
  22   public java.lang.String predict(vamsas.objects.simple.Sequence seq)
  23           throws java.rmi.RemoteException;
  24
  25   public java.lang.String predictOnMsa(
  26           vamsas.objects.simple.Msfalignment msf)
  27           throws java.rmi.RemoteException;
  28
  29   public vamsas.objects.simple.Secstructpred getpredict(
  30           java.lang.String job_id) throws java.rmi.RemoteException;
  31
  32   public vamsas.objects.simple.JpredResult getresult(java.lang.String job_id)
  33           throws java.rmi.RemoteException;
  34 }