JAL-1159 Merging 2.8.1 patches and Anne Menards work from 2012 into development branch
[jalview.git] / src / ext / vamsas / Jpred.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  *  
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package ext.vamsas;
19
20 public interface Jpred extends java.rmi.Remote
21 {
22   public java.lang.String predict(vamsas.objects.simple.Sequence seq)
23           throws java.rmi.RemoteException;
24
25   public java.lang.String predictOnMsa(
26           vamsas.objects.simple.Msfalignment msf)
27           throws java.rmi.RemoteException;
28
29   public vamsas.objects.simple.Secstructpred getpredict(
30           java.lang.String job_id) throws java.rmi.RemoteException;
31
32   public vamsas.objects.simple.JpredResult getresult(java.lang.String job_id)
33           throws java.rmi.RemoteException;
34 }