src/ext/vamsas/Jpred.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package ext.vamsas;
  22
  23 public interface Jpred extends java.rmi.Remote
  24 {
  25   public java.lang.String predict(vamsas.objects.simple.Sequence seq)
  26           throws java.rmi.RemoteException;
  27
  28   public java.lang.String predictOnMsa(
  29           vamsas.objects.simple.Msfalignment msf)
  30           throws java.rmi.RemoteException;
  31
  32   public vamsas.objects.simple.Secstructpred getpredict(
  33           java.lang.String job_id) throws java.rmi.RemoteException;
  34
  35   public vamsas.objects.simple.JpredResult getresult(java.lang.String job_id)
  36           throws java.rmi.RemoteException;
  37 }