all alignment sequences associated with a dataset sequence must have start-end update...
[jalview.git] / src / ext / vamsas / Jpred.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
8  * of the License, or (at your option) any later version.
9  * 
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13  * GNU General Public License for more details.
14  * 
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
18  */
19 package ext.vamsas;
20
21 public interface Jpred extends java.rmi.Remote
22 {
23   public java.lang.String predict(vamsas.objects.simple.Sequence seq)
24           throws java.rmi.RemoteException;
25
26   public java.lang.String predictOnMsa(
27           vamsas.objects.simple.Msfalignment msf)
28           throws java.rmi.RemoteException;
29
30   public vamsas.objects.simple.Secstructpred getpredict(
31           java.lang.String job_id) throws java.rmi.RemoteException;
32
33   public vamsas.objects.simple.JpredResult getresult(java.lang.String job_id)
34           throws java.rmi.RemoteException;
35 }