src/ext/vamsas/Jpred.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package ext.vamsas;
  20
  21 public interface Jpred extends java.rmi.Remote
  22 {
  23   public java.lang.String predict(vamsas.objects.simple.Sequence seq)
  24           throws java.rmi.RemoteException;
  25
  26   public java.lang.String predictOnMsa(
  27           vamsas.objects.simple.Msfalignment msf)
  28           throws java.rmi.RemoteException;
  29
  30   public vamsas.objects.simple.Secstructpred getpredict(
  31           java.lang.String job_id) throws java.rmi.RemoteException;
  32
  33   public vamsas.objects.simple.JpredResult getresult(java.lang.String job_id)
  34           throws java.rmi.RemoteException;
  35 }