JAL-2135 bugfix for error preventing processing of secondary structure annotation...
[jalview.git] / src / ext / vamsas / JpredSoapBindingStub.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package ext.vamsas;
22
23 public class JpredSoapBindingStub extends org.apache.axis.client.Stub
24         implements ext.vamsas.Jpred
25 {
26   private java.util.Vector cachedSerClasses = new java.util.Vector();
27
28   private java.util.Vector cachedSerQNames = new java.util.Vector();
29
30   private java.util.Vector cachedSerFactories = new java.util.Vector();
31
32   private java.util.Vector cachedDeserFactories = new java.util.Vector();
33
34   static org.apache.axis.description.OperationDesc[] _operations;
35
36   static
37   {
38     _operations = new org.apache.axis.description.OperationDesc[4];
39     _initOperationDesc1();
40   }
41
42   private static void _initOperationDesc1()
43   {
44     org.apache.axis.description.OperationDesc oper;
45     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
46     oper.setName("predict");
47     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "seq"),
48             new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
49                     "Sequence"), vamsas.objects.simple.Sequence.class,
50             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
51     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
52             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"));
53     oper.setReturnClass(java.lang.String.class);
54     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "predictReturn"));
55     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
56     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
57     _operations[0] = oper;
58
59     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
60     oper.setName("predictOnMsa");
61     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "msf"),
62             new javax.xml.namespace.QName("http://simple.objects.vamsas",
63                     "Msfalignment"),
64             vamsas.objects.simple.Msfalignment.class,
65             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
66     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
67             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"));
68     oper.setReturnClass(java.lang.String.class);
69     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("",
70             "predictOnMsaReturn"));
71     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
72     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
73     _operations[1] = oper;
74
75     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
76     oper.setName("getpredict");
77     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "job_id"),
78             new javax.xml.namespace.QName(
79                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
80             java.lang.String.class,
81             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
82     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
83             "http://simple.objects.vamsas", "Secstructpred"));
84     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.Secstructpred.class);
85     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("",
86             "getpredictReturn"));
87     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
88     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
89     _operations[2] = oper;
90
91     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
92     oper.setName("getresult");
93     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "job_id"),
94             new javax.xml.namespace.QName(
95                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
96             java.lang.String.class,
97             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
98     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
99             "http://simple.objects.vamsas", "JpredResult"));
100     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.JpredResult.class);
101     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "getresultReturn"));
102     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
103     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
104     _operations[3] = oper;
105
106   }
107
108   public JpredSoapBindingStub() throws org.apache.axis.AxisFault
109   {
110     this(null);
111   }
112
113   public JpredSoapBindingStub(java.net.URL endpointURL,
114           javax.xml.rpc.Service service) throws org.apache.axis.AxisFault
115   {
116     this(service);
117     super.cachedEndpoint = endpointURL;
118   }
119
120   public JpredSoapBindingStub(javax.xml.rpc.Service service)
121           throws org.apache.axis.AxisFault
122   {
123     if (service == null)
124     {
125       super.service = new org.apache.axis.client.Service();
126     }
127     else
128     {
129       super.service = service;
130     }
131     java.lang.Class cls;
132     javax.xml.namespace.QName qName;
133     java.lang.Class beansf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanSerializerFactory.class;
134     java.lang.Class beandf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanDeserializerFactory.class;
135     /*
136      * java.lang.Class enumsf =
137      * org.apache.axis.encoding.ser.EnumSerializerFactory.class; java.lang.Class
138      * enumdf = org.apache.axis.encoding.ser.EnumDeserializerFactory.class;
139      * java.lang.Class arraysf =
140      * org.apache.axis.encoding.ser.ArraySerializerFactory.class;
141      * java.lang.Class arraydf =
142      * org.apache.axis.encoding.ser.ArrayDeserializerFactory.class;
143      * java.lang.Class simplesf =
144      * org.apache.axis.encoding.ser.SimpleSerializerFactory.class;
145      * java.lang.Class simpledf =
146      * org.apache.axis.encoding.ser.SimpleDeserializerFactory.class;
147      * java.lang.Class simplelistsf =
148      * org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListSerializerFactory.class;
149      * java.lang.Class simplelistdf =
150      * org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListDeserializerFactory.class;
151      */
152     qName = new javax.xml.namespace.QName("http://simple.objects.vamsas",
153             "JpredResult");
154     cachedSerQNames.add(qName);
155     cls = vamsas.objects.simple.JpredResult.class;
156     cachedSerClasses.add(cls);
157     cachedSerFactories.add(beansf);
158     cachedDeserFactories.add(beandf);
159
160     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas", "Result");
161     cachedSerQNames.add(qName);
162     cls = vamsas.objects.simple.Result.class;
163     cachedSerClasses.add(cls);
164     cachedSerFactories.add(beansf);
165     cachedDeserFactories.add(beandf);
166
167     qName = new javax.xml.namespace.QName("http://simple.objects.vamsas",
168             "Secstructpred");
169     cachedSerQNames.add(qName);
170     cls = vamsas.objects.simple.Secstructpred.class;
171     cachedSerClasses.add(cls);
172     cachedSerFactories.add(beansf);
173     cachedDeserFactories.add(beandf);
174
175     qName = new javax.xml.namespace.QName("http://simple.objects.vamsas",
176             "Msfalignment");
177     cachedSerQNames.add(qName);
178     cls = vamsas.objects.simple.Msfalignment.class;
179     cachedSerClasses.add(cls);
180     cachedSerFactories.add(beansf);
181     cachedDeserFactories.add(beandf);
182
183     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
184             "Sequence");
185     cachedSerQNames.add(qName);
186     cls = vamsas.objects.simple.Sequence.class;
187     cachedSerClasses.add(cls);
188     cachedSerFactories.add(beansf);
189     cachedDeserFactories.add(beandf);
190
191   }
192
193   protected org.apache.axis.client.Call createCall()
194           throws java.rmi.RemoteException
195   {
196     try
197     {
198       org.apache.axis.client.Call _call = (org.apache.axis.client.Call) super.service
199               .createCall();
200       if (super.maintainSessionSet)
201       {
202         _call.setMaintainSession(super.maintainSession);
203       }
204       if (super.cachedUsername != null)
205       {
206         _call.setUsername(super.cachedUsername);
207       }
208       if (super.cachedPassword != null)
209       {
210         _call.setPassword(super.cachedPassword);
211       }
212       if (super.cachedEndpoint != null)
213       {
214         _call.setTargetEndpointAddress(super.cachedEndpoint);
215       }
216       if (super.cachedTimeout != null)
217       {
218         _call.setTimeout(super.cachedTimeout);
219       }
220       if (super.cachedPortName != null)
221       {
222         _call.setPortName(super.cachedPortName);
223       }
224       java.util.Enumeration keys = super.cachedProperties.keys();
225       while (keys.hasMoreElements())
226       {
227         java.lang.String key = (java.lang.String) keys.nextElement();
228         _call.setProperty(key, super.cachedProperties.get(key));
229       }
230       // All the type mapping information is registered
231       // when the first call is made.
232       // The type mapping information is actually registered in
233       // the TypeMappingRegistry of the service, which
234       // is the reason why registration is only needed for the first call.
235       synchronized (this)
236       {
237         if (firstCall())
238         {
239           // must set encoding style before registering serializers
240           _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
241           _call.setEncodingStyle(org.apache.axis.Constants.URI_SOAP11_ENC);
242           for (int i = 0; i < cachedSerFactories.size(); ++i)
243           {
244             java.lang.Class cls = (java.lang.Class) cachedSerClasses.get(i);
245             javax.xml.namespace.QName qName = (javax.xml.namespace.QName) cachedSerQNames
246                     .get(i);
247             java.lang.Class sf = (java.lang.Class) cachedSerFactories
248                     .get(i);
249             java.lang.Class df = (java.lang.Class) cachedDeserFactories
250                     .get(i);
251             _call.registerTypeMapping(cls, qName, sf, df, false);
252           }
253         }
254       }
255       return _call;
256     } catch (java.lang.Throwable _t)
257     {
258       throw new org.apache.axis.AxisFault(
259               "Failure trying to get the Call object", _t);
260     }
261   }
262
263   public java.lang.String predict(vamsas.objects.simple.Sequence seq)
264           throws java.rmi.RemoteException
265   {
266     if (super.cachedEndpoint == null)
267     {
268       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
269     }
270     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
271     _call.setOperation(_operations[0]);
272     _call.setUseSOAPAction(true);
273     _call.setSOAPActionURI("");
274     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
275     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
276             "predict"));
277
278     setRequestHeaders(_call);
279     setAttachments(_call);
280     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[] { seq });
281
282     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
283     {
284       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
285     }
286     else
287     {
288       extractAttachments(_call);
289       try
290       {
291         return (java.lang.String) _resp;
292       } catch (java.lang.Exception _exception)
293       {
294         return (java.lang.String) org.apache.axis.utils.JavaUtils.convert(
295                 _resp, java.lang.String.class);
296       }
297     }
298   }
299
300   public java.lang.String predictOnMsa(
301           vamsas.objects.simple.Msfalignment msf)
302           throws java.rmi.RemoteException
303   {
304     if (super.cachedEndpoint == null)
305     {
306       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
307     }
308     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
309     _call.setOperation(_operations[1]);
310     _call.setUseSOAPAction(true);
311     _call.setSOAPActionURI("");
312     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
313     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
314             "predictOnMsa"));
315
316     setRequestHeaders(_call);
317     setAttachments(_call);
318     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[] { msf });
319
320     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
321     {
322       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
323     }
324     else
325     {
326       extractAttachments(_call);
327       try
328       {
329         return (java.lang.String) _resp;
330       } catch (java.lang.Exception _exception)
331       {
332         return (java.lang.String) org.apache.axis.utils.JavaUtils.convert(
333                 _resp, java.lang.String.class);
334       }
335     }
336   }
337
338   public vamsas.objects.simple.Secstructpred getpredict(
339           java.lang.String job_id) throws java.rmi.RemoteException
340   {
341     if (super.cachedEndpoint == null)
342     {
343       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
344     }
345     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
346     _call.setOperation(_operations[2]);
347     _call.setUseSOAPAction(true);
348     _call.setSOAPActionURI("");
349     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
350     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
351             "getpredict"));
352
353     setRequestHeaders(_call);
354     setAttachments(_call);
355     java.lang.Object _resp = _call
356             .invoke(new java.lang.Object[] { job_id });
357
358     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
359     {
360       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
361     }
362     else
363     {
364       extractAttachments(_call);
365       try
366       {
367         return (vamsas.objects.simple.Secstructpred) _resp;
368       } catch (java.lang.Exception _exception)
369       {
370         return (vamsas.objects.simple.Secstructpred) org.apache.axis.utils.JavaUtils
371                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.Secstructpred.class);
372       }
373     }
374   }
375
376   public vamsas.objects.simple.JpredResult getresult(java.lang.String job_id)
377           throws java.rmi.RemoteException
378   {
379     if (super.cachedEndpoint == null)
380     {
381       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
382     }
383     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
384     _call.setOperation(_operations[3]);
385     _call.setUseSOAPAction(true);
386     _call.setSOAPActionURI("");
387     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
388     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
389             "getresult"));
390
391     setRequestHeaders(_call);
392     setAttachments(_call);
393     java.lang.Object _resp = _call
394             .invoke(new java.lang.Object[] { job_id });
395
396     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
397     {
398       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
399     }
400     else
401     {
402       extractAttachments(_call);
403       try
404       {
405         return (vamsas.objects.simple.JpredResult) _resp;
406       } catch (java.lang.Exception _exception)
407       {
408         return (vamsas.objects.simple.JpredResult) org.apache.axis.utils.JavaUtils
409                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.JpredResult.class);
410       }
411     }
412   }
413
414 }