JAL-2135 bugfix for error preventing processing of secondary structure annotation...
[jalview.git] / src / ext / vamsas / MuscleWS.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
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14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package ext.vamsas;
22
23 public interface MuscleWS extends java.rmi.Remote
24 {
25   public vamsas.objects.simple.WsJobId align(
26           vamsas.objects.simple.SequenceSet seqSet)
27           throws java.rmi.RemoteException;
28
29   public vamsas.objects.simple.Alignment getalign(java.lang.String job_id)
30           throws java.rmi.RemoteException;
31
32   public vamsas.objects.simple.MsaResult getResult(java.lang.String job_id)
33           throws java.rmi.RemoteException;
34
35   public vamsas.objects.simple.WsJobId cancel(java.lang.String jobId)
36           throws java.rmi.RemoteException;
37 }