src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package ext.vamsas;
  19
  20 public class MuscleWSSoapBindingStub extends org.apache.axis.client.Stub
  21         implements ext.vamsas.MuscleWS
  22 {
  23   static org.apache.axis.description.OperationDesc[] _operations;
  24
  25   static
  26   {
  27     _operations = new org.apache.axis.description.OperationDesc[4];
  28     _initOperationDesc1();
  29   }
  30
  31   private java.util.Vector cachedSerClasses = new java.util.Vector();
  32
  33   private java.util.Vector cachedSerQNames = new java.util.Vector();
  34
  35   private java.util.Vector cachedSerFactories = new java.util.Vector();
  36
  37   private java.util.Vector cachedDeserFactories = new java.util.Vector();
  38
  39   public MuscleWSSoapBindingStub() throws org.apache.axis.AxisFault
  40   {
  41     this(null);
  42   }
  43
  44   public MuscleWSSoapBindingStub(java.net.URL endpointURL,
  45           javax.xml.rpc.Service service) throws org.apache.axis.AxisFault
  46   {
  47     this(service);
  48     super.cachedEndpoint = endpointURL;
  49   }
  50
  51   public MuscleWSSoapBindingStub(javax.xml.rpc.Service service)
  52           throws org.apache.axis.AxisFault
  53   {
  54     if (service == null)
  55     {
  56       super.service = new org.apache.axis.client.Service();
  57     }
  58     else
  59     {
  60       super.service = service;
  61     }
  62
  63     java.lang.Class cls;
  64     javax.xml.namespace.QName qName;
  65     java.lang.Class beansf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanSerializerFactory.class;
  66     java.lang.Class beandf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanDeserializerFactory.class;
  67     // java.lang.Class enumsf =
  68     // org.apache.axis.encoding.ser.EnumSerializerFactory.class;
  69     // java.lang.Class enumdf =
  70     // org.apache.axis.encoding.ser.EnumDeserializerFactory.class;
  71     java.lang.Class arraysf = org.apache.axis.encoding.ser.ArraySerializerFactory.class;
  72     java.lang.Class arraydf = org.apache.axis.encoding.ser.ArrayDeserializerFactory.class;
  73     // java.lang.Class simplesf =
  74     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleSerializerFactory.class;
  75     // java.lang.Class simpledf =
  76     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleDeserializerFactory.class;
  77     // java.lang.Class simplelistsf =
  78     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListSerializerFactory.class;
  79     // java.lang.Class simplelistdf =
  80     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListDeserializerFactory.class;
  81     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
  82             "Sequence");
  83     cachedSerQNames.add(qName);
  84     cls = vamsas.objects.simple.Sequence.class;
  85     cachedSerClasses.add(cls);
  86     cachedSerFactories.add(beansf);
  87     cachedDeserFactories.add(beandf);
  88
  89     qName = new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "ArrayOf_tns1_Sequence");
  90     cachedSerQNames.add(qName);
  91     cls = vamsas.objects.simple.Sequence[].class;
  92     cachedSerClasses.add(cls);
  93     cachedSerFactories.add(arraysf);
  94     cachedDeserFactories.add(arraydf);
  95
  96     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
  97             "MsaResult");
  98     cachedSerQNames.add(qName);
  99     cls = vamsas.objects.simple.MsaResult.class;
 100     cachedSerClasses.add(cls);
 101     cachedSerFactories.add(beansf);
 102     cachedDeserFactories.add(beandf);
 103
 104     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 105             "SequenceSet");
 106     cachedSerQNames.add(qName);
 107     cls = vamsas.objects.simple.SequenceSet.class;
 108     cachedSerClasses.add(cls);
 109     cachedSerFactories.add(beansf);
 110     cachedDeserFactories.add(beandf);
 111
 112     qName = new javax.xml.namespace.QName("http://simple.objects.vamsas",
 113             "Object");
 114     cachedSerQNames.add(qName);
 115     cls = vamsas.objects.simple.Object.class;
 116     cachedSerClasses.add(cls);
 117     cachedSerFactories.add(beansf);
 118     cachedDeserFactories.add(beandf);
 119
 120     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 121             "Alignment");
 122     cachedSerQNames.add(qName);
 123     cls = vamsas.objects.simple.Alignment.class;
 124     cachedSerClasses.add(cls);
 125     cachedSerFactories.add(beansf);
 126     cachedDeserFactories.add(beandf);
 127
 128     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 129             "WsJobId");
 130     cachedSerQNames.add(qName);
 131     cls = vamsas.objects.simple.WsJobId.class;
 132     cachedSerClasses.add(cls);
 133     cachedSerFactories.add(beansf);
 134     cachedDeserFactories.add(beandf);
 135
 136     qName = new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "ArrayOf_xsd_string");
 137     cachedSerQNames.add(qName);
 138     cls = java.lang.String[].class;
 139     cachedSerClasses.add(cls);
 140     cachedSerFactories.add(arraysf);
 141     cachedDeserFactories.add(arraydf);
 142
 143     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas", "Result");
 144     cachedSerQNames.add(qName);
 145     cls = vamsas.objects.simple.Result.class;
 146     cachedSerClasses.add(cls);
 147     cachedSerFactories.add(beansf);
 148     cachedDeserFactories.add(beandf);
 149   }
 150
 151   private static void _initOperationDesc1()
 152   {
 153     org.apache.axis.description.OperationDesc oper;
 154     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 155     oper.setName("align");
 156     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "seqSet"),
 157             new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 158                     "SequenceSet"),
 159             vamsas.objects.simple.SequenceSet.class,
 160             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 161     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 162             "simple.objects.vamsas", "WsJobId"));
 163     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 164     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "alignReturn"));
 165     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 166     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 167     _operations[0] = oper;
 168
 169     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 170     oper.setName("getalign");
 171     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "job_id"),
 172             new javax.xml.namespace.QName(
 173                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 174             java.lang.String.class,
 175             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 176     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 177             "simple.objects.vamsas", "Alignment"));
 178     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.Alignment.class);
 179     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "getalignReturn"));
 180     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 181     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 182     _operations[1] = oper;
 183
 184     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 185     oper.setName("getResult");
 186     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "job_id"),
 187             new javax.xml.namespace.QName(
 188                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 189             java.lang.String.class,
 190             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 191     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 192             "simple.objects.vamsas", "MsaResult"));
 193     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.MsaResult.class);
 194     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "getResultReturn"));
 195     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 196     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 197     _operations[2] = oper;
 198
 199     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 200     oper.setName("cancel");
 201     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "jobId"),
 202             new javax.xml.namespace.QName(
 203                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 204             java.lang.String.class,
 205             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 206     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 207             "simple.objects.vamsas", "WsJobId"));
 208     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 209     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "cancelReturn"));
 210     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 211     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 212     _operations[3] = oper;
 213   }
 214
 215   protected org.apache.axis.client.Call createCall()
 216           throws java.rmi.RemoteException
 217   {
 218     try
 219     {
 220       org.apache.axis.client.Call _call = (org.apache.axis.client.Call) super.service
 221               .createCall();
 222
 223       if (super.maintainSessionSet)
 224       {
 225         _call.setMaintainSession(super.maintainSession);
 226       }
 227
 228       if (super.cachedUsername != null)
 229       {
 230         _call.setUsername(super.cachedUsername);
 231       }
 232
 233       if (super.cachedPassword != null)
 234       {
 235         _call.setPassword(super.cachedPassword);
 236       }
 237
 238       if (super.cachedEndpoint != null)
 239       {
 240         _call.setTargetEndpointAddress(super.cachedEndpoint);
 241       }
 242
 243       if (super.cachedTimeout != null)
 244       {
 245         _call.setTimeout(super.cachedTimeout);
 246       }
 247
 248       if (super.cachedPortName != null)
 249       {
 250         _call.setPortName(super.cachedPortName);
 251       }
 252
 253       java.util.Enumeration keys = super.cachedProperties.keys();
 254
 255       while (keys.hasMoreElements())
 256       {
 257         java.lang.String key = (java.lang.String) keys.nextElement();
 258         _call.setProperty(key, super.cachedProperties.get(key));
 259       }
 260
 261       // All the type mapping information is registered
 262       // when the first call is made.
 263       // The type mapping information is actually registered in
 264       // the TypeMappingRegistry of the service, which
 265       // is the reason why registration is only needed for the first call.
 266       synchronized (this)
 267       {
 268         if (firstCall())
 269         {
 270           // must set encoding style before registering serializers
 271           _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 272           _call.setEncodingStyle(org.apache.axis.Constants.URI_SOAP11_ENC);
 273
 274           for (int i = 0; i < cachedSerFactories.size(); ++i)
 275           {
 276             java.lang.Class cls = (java.lang.Class) cachedSerClasses.get(i);
 277             javax.xml.namespace.QName qName = (javax.xml.namespace.QName) cachedSerQNames
 278                     .get(i);
 279             java.lang.Class sf = (java.lang.Class) cachedSerFactories
 280                     .get(i);
 281             java.lang.Class df = (java.lang.Class) cachedDeserFactories
 282                     .get(i);
 283             _call.registerTypeMapping(cls, qName, sf, df, false);
 284           }
 285         }
 286       }
 287
 288       return _call;
 289     } catch (java.lang.Throwable _t)
 290     {
 291       throw new org.apache.axis.AxisFault(
 292               "Failure trying to get the Call object", _t);
 293     }
 294   }
 295
 296   public vamsas.objects.simple.WsJobId align(
 297           vamsas.objects.simple.SequenceSet seqSet)
 298           throws java.rmi.RemoteException
 299   {
 300     if (super.cachedEndpoint == null)
 301     {
 302       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 303     }
 304
 305     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 306     _call.setOperation(_operations[0]);
 307     _call.setUseSOAPAction(true);
 308     _call.setSOAPActionURI("");
 309     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 310     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "align"));
 311
 312     setRequestHeaders(_call);
 313     setAttachments(_call);
 314
 315     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 316     { seqSet });
 317
 318     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 319     {
 320       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 321     }
 322     else
 323     {
 324       extractAttachments(_call);
 325
 326       try
 327       {
 328         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) _resp;
 329       } catch (java.lang.Exception _exception)
 330       {
 331         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 332                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 333       }
 334     }
 335   }
 336
 337   public vamsas.objects.simple.Alignment getalign(java.lang.String job_id)
 338           throws java.rmi.RemoteException
 339   {
 340     if (super.cachedEndpoint == null)
 341     {
 342       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 343     }
 344
 345     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 346     _call.setOperation(_operations[1]);
 347     _call.setUseSOAPAction(true);
 348     _call.setSOAPActionURI("");
 349     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 350     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
 351             "getalign"));
 352
 353     setRequestHeaders(_call);
 354     setAttachments(_call);
 355
 356     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 357     { job_id });
 358
 359     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 360     {
 361       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 362     }
 363     else
 364     {
 365       extractAttachments(_call);
 366
 367       try
 368       {
 369         return (vamsas.objects.simple.Alignment) _resp;
 370       } catch (java.lang.Exception _exception)
 371       {
 372         return (vamsas.objects.simple.Alignment) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 373                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.Alignment.class);
 374       }
 375     }
 376   }
 377
 378   public vamsas.objects.simple.MsaResult getResult(java.lang.String job_id)
 379           throws java.rmi.RemoteException
 380   {
 381     if (super.cachedEndpoint == null)
 382     {
 383       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 384     }
 385
 386     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 387     _call.setOperation(_operations[2]);
 388     _call.setUseSOAPAction(true);
 389     _call.setSOAPActionURI("");
 390     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 391     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
 392             "getResult"));
 393
 394     setRequestHeaders(_call);
 395     setAttachments(_call);
 396
 397     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 398     { job_id });
 399
 400     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 401     {
 402       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 403     }
 404     else
 405     {
 406       extractAttachments(_call);
 407
 408       try
 409       {
 410         return (vamsas.objects.simple.MsaResult) _resp;
 411       } catch (java.lang.Exception _exception)
 412       {
 413         return (vamsas.objects.simple.MsaResult) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 414                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.MsaResult.class);
 415       }
 416     }
 417   }
 418
 419   public vamsas.objects.simple.WsJobId cancel(java.lang.String jobId)
 420           throws java.rmi.RemoteException
 421   {
 422     if (super.cachedEndpoint == null)
 423     {
 424       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 425     }
 426
 427     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 428     _call.setOperation(_operations[3]);
 429     _call.setUseSOAPAction(true);
 430     _call.setSOAPActionURI("");
 431     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 432     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "cancel"));
 433
 434     setRequestHeaders(_call);
 435     setAttachments(_call);
 436
 437     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 438     { jobId });
 439
 440     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 441     {
 442       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 443     }
 444     else
 445     {
 446       extractAttachments(_call);
 447
 448       try
 449       {
 450         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) _resp;
 451       } catch (java.lang.Exception _exception)
 452       {
 453         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 454                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 455       }
 456     }
 457   }
 458 }