src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java

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  20  */
  21 package ext.vamsas;
  22
  23 public class MuscleWSSoapBindingStub extends org.apache.axis.client.Stub
  24         implements ext.vamsas.MuscleWS
  25 {
  26   static org.apache.axis.description.OperationDesc[] _operations;
  27
  28   static
  29   {
  30     _operations = new org.apache.axis.description.OperationDesc[4];
  31     _initOperationDesc1();
  32   }
  33
  34   private java.util.Vector cachedSerClasses = new java.util.Vector();
  35
  36   private java.util.Vector cachedSerQNames = new java.util.Vector();
  37
  38   private java.util.Vector cachedSerFactories = new java.util.Vector();
  39
  40   private java.util.Vector cachedDeserFactories = new java.util.Vector();
  41
  42   public MuscleWSSoapBindingStub() throws org.apache.axis.AxisFault
  43   {
  44     this(null);
  45   }
  46
  47   public MuscleWSSoapBindingStub(java.net.URL endpointURL,
  48           javax.xml.rpc.Service service) throws org.apache.axis.AxisFault
  49   {
  50     this(service);
  51     super.cachedEndpoint = endpointURL;
  52   }
  53
  54   public MuscleWSSoapBindingStub(javax.xml.rpc.Service service)
  55           throws org.apache.axis.AxisFault
  56   {
  57     if (service == null)
  58     {
  59       super.service = new org.apache.axis.client.Service();
  60     }
  61     else
  62     {
  63       super.service = service;
  64     }
  65
  66     java.lang.Class cls;
  67     javax.xml.namespace.QName qName;
  68     java.lang.Class beansf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanSerializerFactory.class;
  69     java.lang.Class beandf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanDeserializerFactory.class;
  70     // java.lang.Class enumsf =
  71     // org.apache.axis.encoding.ser.EnumSerializerFactory.class;
  72     // java.lang.Class enumdf =
  73     // org.apache.axis.encoding.ser.EnumDeserializerFactory.class;
  74     java.lang.Class arraysf = org.apache.axis.encoding.ser.ArraySerializerFactory.class;
  75     java.lang.Class arraydf = org.apache.axis.encoding.ser.ArrayDeserializerFactory.class;
  76     // java.lang.Class simplesf =
  77     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleSerializerFactory.class;
  78     // java.lang.Class simpledf =
  79     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleDeserializerFactory.class;
  80     // java.lang.Class simplelistsf =
  81     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListSerializerFactory.class;
  82     // java.lang.Class simplelistdf =
  83     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListDeserializerFactory.class;
  84     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
  85             "Sequence");
  86     cachedSerQNames.add(qName);
  87     cls = vamsas.objects.simple.Sequence.class;
  88     cachedSerClasses.add(cls);
  89     cachedSerFactories.add(beansf);
  90     cachedDeserFactories.add(beandf);
  91
  92     qName = new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "ArrayOf_tns1_Sequence");
  93     cachedSerQNames.add(qName);
  94     cls = vamsas.objects.simple.Sequence[].class;
  95     cachedSerClasses.add(cls);
  96     cachedSerFactories.add(arraysf);
  97     cachedDeserFactories.add(arraydf);
  98
  99     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 100             "MsaResult");
 101     cachedSerQNames.add(qName);
 102     cls = vamsas.objects.simple.MsaResult.class;
 103     cachedSerClasses.add(cls);
 104     cachedSerFactories.add(beansf);
 105     cachedDeserFactories.add(beandf);
 106
 107     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 108             "SequenceSet");
 109     cachedSerQNames.add(qName);
 110     cls = vamsas.objects.simple.SequenceSet.class;
 111     cachedSerClasses.add(cls);
 112     cachedSerFactories.add(beansf);
 113     cachedDeserFactories.add(beandf);
 114
 115     qName = new javax.xml.namespace.QName("http://simple.objects.vamsas",
 116             "Object");
 117     cachedSerQNames.add(qName);
 118     cls = vamsas.objects.simple.Object.class;
 119     cachedSerClasses.add(cls);
 120     cachedSerFactories.add(beansf);
 121     cachedDeserFactories.add(beandf);
 122
 123     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 124             "Alignment");
 125     cachedSerQNames.add(qName);
 126     cls = vamsas.objects.simple.Alignment.class;
 127     cachedSerClasses.add(cls);
 128     cachedSerFactories.add(beansf);
 129     cachedDeserFactories.add(beandf);
 130
 131     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 132             "WsJobId");
 133     cachedSerQNames.add(qName);
 134     cls = vamsas.objects.simple.WsJobId.class;
 135     cachedSerClasses.add(cls);
 136     cachedSerFactories.add(beansf);
 137     cachedDeserFactories.add(beandf);
 138
 139     qName = new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "ArrayOf_xsd_string");
 140     cachedSerQNames.add(qName);
 141     cls = java.lang.String[].class;
 142     cachedSerClasses.add(cls);
 143     cachedSerFactories.add(arraysf);
 144     cachedDeserFactories.add(arraydf);
 145
 146     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas", "Result");
 147     cachedSerQNames.add(qName);
 148     cls = vamsas.objects.simple.Result.class;
 149     cachedSerClasses.add(cls);
 150     cachedSerFactories.add(beansf);
 151     cachedDeserFactories.add(beandf);
 152   }
 153
 154   private static void _initOperationDesc1()
 155   {
 156     org.apache.axis.description.OperationDesc oper;
 157     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 158     oper.setName("align");
 159     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "seqSet"),
 160             new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 161                     "SequenceSet"),
 162             vamsas.objects.simple.SequenceSet.class,
 163             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 164     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 165             "simple.objects.vamsas", "WsJobId"));
 166     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 167     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "alignReturn"));
 168     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 169     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 170     _operations[0] = oper;
 171
 172     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 173     oper.setName("getalign");
 174     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "job_id"),
 175             new javax.xml.namespace.QName(
 176                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 177             java.lang.String.class,
 178             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 179     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 180             "simple.objects.vamsas", "Alignment"));
 181     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.Alignment.class);
 182     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "getalignReturn"));
 183     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 184     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 185     _operations[1] = oper;
 186
 187     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 188     oper.setName("getResult");
 189     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "job_id"),
 190             new javax.xml.namespace.QName(
 191                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 192             java.lang.String.class,
 193             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 194     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 195             "simple.objects.vamsas", "MsaResult"));
 196     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.MsaResult.class);
 197     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "getResultReturn"));
 198     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 199     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 200     _operations[2] = oper;
 201
 202     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 203     oper.setName("cancel");
 204     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "jobId"),
 205             new javax.xml.namespace.QName(
 206                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 207             java.lang.String.class,
 208             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 209     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 210             "simple.objects.vamsas", "WsJobId"));
 211     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 212     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "cancelReturn"));
 213     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 214     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 215     _operations[3] = oper;
 216   }
 217
 218   protected org.apache.axis.client.Call createCall()
 219           throws java.rmi.RemoteException
 220   {
 221     try
 222     {
 223       org.apache.axis.client.Call _call = (org.apache.axis.client.Call) super.service
 224               .createCall();
 225
 226       if (super.maintainSessionSet)
 227       {
 228         _call.setMaintainSession(super.maintainSession);
 229       }
 230
 231       if (super.cachedUsername != null)
 232       {
 233         _call.setUsername(super.cachedUsername);
 234       }
 235
 236       if (super.cachedPassword != null)
 237       {
 238         _call.setPassword(super.cachedPassword);
 239       }
 240
 241       if (super.cachedEndpoint != null)
 242       {
 243         _call.setTargetEndpointAddress(super.cachedEndpoint);
 244       }
 245
 246       if (super.cachedTimeout != null)
 247       {
 248         _call.setTimeout(super.cachedTimeout);
 249       }
 250
 251       if (super.cachedPortName != null)
 252       {
 253         _call.setPortName(super.cachedPortName);
 254       }
 255
 256       java.util.Enumeration keys = super.cachedProperties.keys();
 257
 258       while (keys.hasMoreElements())
 259       {
 260         java.lang.String key = (java.lang.String) keys.nextElement();
 261         _call.setProperty(key, super.cachedProperties.get(key));
 262       }
 263
 264       // All the type mapping information is registered
 265       // when the first call is made.
 266       // The type mapping information is actually registered in
 267       // the TypeMappingRegistry of the service, which
 268       // is the reason why registration is only needed for the first call.
 269       synchronized (this)
 270       {
 271         if (firstCall())
 272         {
 273           // must set encoding style before registering serializers
 274           _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 275           _call.setEncodingStyle(org.apache.axis.Constants.URI_SOAP11_ENC);
 276
 277           for (int i = 0; i < cachedSerFactories.size(); ++i)
 278           {
 279             java.lang.Class cls = (java.lang.Class) cachedSerClasses.get(i);
 280             javax.xml.namespace.QName qName = (javax.xml.namespace.QName) cachedSerQNames
 281                     .get(i);
 282             java.lang.Class sf = (java.lang.Class) cachedSerFactories
 283                     .get(i);
 284             java.lang.Class df = (java.lang.Class) cachedDeserFactories
 285                     .get(i);
 286             _call.registerTypeMapping(cls, qName, sf, df, false);
 287           }
 288         }
 289       }
 290
 291       return _call;
 292     } catch (java.lang.Throwable _t)
 293     {
 294       throw new org.apache.axis.AxisFault(
 295               "Failure trying to get the Call object", _t);
 296     }
 297   }
 298
 299   public vamsas.objects.simple.WsJobId align(
 300           vamsas.objects.simple.SequenceSet seqSet)
 301           throws java.rmi.RemoteException
 302   {
 303     if (super.cachedEndpoint == null)
 304     {
 305       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 306     }
 307
 308     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 309     _call.setOperation(_operations[0]);
 310     _call.setUseSOAPAction(true);
 311     _call.setSOAPActionURI("");
 312     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 313     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "align"));
 314
 315     setRequestHeaders(_call);
 316     setAttachments(_call);
 317
 318     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 319     { seqSet });
 320
 321     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 322     {
 323       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 324     }
 325     else
 326     {
 327       extractAttachments(_call);
 328
 329       try
 330       {
 331         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) _resp;
 332       } catch (java.lang.Exception _exception)
 333       {
 334         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 335                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 336       }
 337     }
 338   }
 339
 340   public vamsas.objects.simple.Alignment getalign(java.lang.String job_id)
 341           throws java.rmi.RemoteException
 342   {
 343     if (super.cachedEndpoint == null)
 344     {
 345       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 346     }
 347
 348     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 349     _call.setOperation(_operations[1]);
 350     _call.setUseSOAPAction(true);
 351     _call.setSOAPActionURI("");
 352     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 353     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
 354             "getalign"));
 355
 356     setRequestHeaders(_call);
 357     setAttachments(_call);
 358
 359     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 360     { job_id });
 361
 362     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 363     {
 364       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 365     }
 366     else
 367     {
 368       extractAttachments(_call);
 369
 370       try
 371       {
 372         return (vamsas.objects.simple.Alignment) _resp;
 373       } catch (java.lang.Exception _exception)
 374       {
 375         return (vamsas.objects.simple.Alignment) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 376                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.Alignment.class);
 377       }
 378     }
 379   }
 380
 381   public vamsas.objects.simple.MsaResult getResult(java.lang.String job_id)
 382           throws java.rmi.RemoteException
 383   {
 384     if (super.cachedEndpoint == null)
 385     {
 386       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 387     }
 388
 389     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 390     _call.setOperation(_operations[2]);
 391     _call.setUseSOAPAction(true);
 392     _call.setSOAPActionURI("");
 393     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 394     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
 395             "getResult"));
 396
 397     setRequestHeaders(_call);
 398     setAttachments(_call);
 399
 400     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 401     { job_id });
 402
 403     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 404     {
 405       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 406     }
 407     else
 408     {
 409       extractAttachments(_call);
 410
 411       try
 412       {
 413         return (vamsas.objects.simple.MsaResult) _resp;
 414       } catch (java.lang.Exception _exception)
 415       {
 416         return (vamsas.objects.simple.MsaResult) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 417                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.MsaResult.class);
 418       }
 419     }
 420   }
 421
 422   public vamsas.objects.simple.WsJobId cancel(java.lang.String jobId)
 423           throws java.rmi.RemoteException
 424   {
 425     if (super.cachedEndpoint == null)
 426     {
 427       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 428     }
 429
 430     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 431     _call.setOperation(_operations[3]);
 432     _call.setUseSOAPAction(true);
 433     _call.setSOAPActionURI("");
 434     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 435     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "cancel"));
 436
 437     setRequestHeaders(_call);
 438     setAttachments(_call);
 439
 440     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 441     { jobId });
 442
 443     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 444     {
 445       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 446     }
 447     else
 448     {
 449       extractAttachments(_call);
 450
 451       try
 452       {
 453         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) _resp;
 454       } catch (java.lang.Exception _exception)
 455       {
 456         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 457                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 458       }
 459     }
 460   }
 461 }