src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java

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  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
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  36  */
  37 package ext.vamsas;
  38
  39 public class MuscleWSSoapBindingStub
  40     extends org.apache.axis.client.Stub implements ext.vamsas.MuscleWS
  41 {
  42   static org.apache.axis.description.OperationDesc[] _operations;
  43
  44   static
  45   {
  46     _operations = new org.apache.axis.description.OperationDesc[4];
  47     _initOperationDesc1();
  48   }
  49
  50   private java.util.Vector cachedSerClasses = new java.util.Vector();
  51   private java.util.Vector cachedSerQNames = new java.util.Vector();
  52   private java.util.Vector cachedSerFactories = new java.util.Vector();
  53   private java.util.Vector cachedDeserFactories = new java.util.Vector();
  54
  55   public MuscleWSSoapBindingStub()
  56       throws org.apache.axis.AxisFault
  57   {
  58     this(null);
  59   }
  60
  61   public MuscleWSSoapBindingStub(java.net.URL endpointURL,
  62                                  javax.xml.rpc.Service service)
  63       throws org.apache.axis.AxisFault
  64   {
  65     this(service);
  66     super.cachedEndpoint = endpointURL;
  67   }
  68
  69   public MuscleWSSoapBindingStub(javax.xml.rpc.Service service)
  70       throws org.apache.axis.AxisFault
  71   {
  72     if (service == null)
  73     {
  74       super.service = new org.apache.axis.client.Service();
  75     }
  76     else
  77     {
  78       super.service = service;
  79     }
  80
  81     java.lang.Class cls;
  82     javax.xml.namespace.QName qName;
  83     java.lang.Class beansf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanSerializerFactory.class;
  84     java.lang.Class beandf = org.apache.axis.encoding.ser.
  85         BeanDeserializerFactory.class;
  86     //java.lang.Class enumsf = org.apache.axis.encoding.ser.EnumSerializerFactory.class;
  87     //java.lang.Class enumdf = org.apache.axis.encoding.ser.EnumDeserializerFactory.class;
  88     java.lang.Class arraysf = org.apache.axis.encoding.ser.
  89         ArraySerializerFactory.class;
  90     java.lang.Class arraydf = org.apache.axis.encoding.ser.
  91         ArrayDeserializerFactory.class;
  92     //java.lang.Class simplesf = org.apache.axis.encoding.ser.SimpleSerializerFactory.class;
  93     // java.lang.Class simpledf = org.apache.axis.encoding.ser.SimpleDeserializerFactory.class;
  94     //java.lang.Class simplelistsf = org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListSerializerFactory.class;
  95     //java.lang.Class simplelistdf = org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListDeserializerFactory.class;
  96     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
  97                                           "Sequence");
  98     cachedSerQNames.add(qName);
  99     cls = vamsas.objects.simple.Sequence.class;
 100     cachedSerClasses.add(cls);
 101     cachedSerFactories.add(beansf);
 102     cachedDeserFactories.add(beandf);
 103
 104     qName = new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "ArrayOf_tns1_Sequence");
 105     cachedSerQNames.add(qName);
 106     cls = vamsas.objects.simple.Sequence[].class;
 107     cachedSerClasses.add(cls);
 108     cachedSerFactories.add(arraysf);
 109     cachedDeserFactories.add(arraydf);
 110
 111     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 112                                           "MsaResult");
 113     cachedSerQNames.add(qName);
 114     cls = vamsas.objects.simple.MsaResult.class;
 115     cachedSerClasses.add(cls);
 116     cachedSerFactories.add(beansf);
 117     cachedDeserFactories.add(beandf);
 118
 119     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 120                                           "SequenceSet");
 121     cachedSerQNames.add(qName);
 122     cls = vamsas.objects.simple.SequenceSet.class;
 123     cachedSerClasses.add(cls);
 124     cachedSerFactories.add(beansf);
 125     cachedDeserFactories.add(beandf);
 126
 127     qName = new javax.xml.namespace.QName("http://simple.objects.vamsas",
 128                                           "Object");
 129     cachedSerQNames.add(qName);
 130     cls = vamsas.objects.simple.Object.class;
 131     cachedSerClasses.add(cls);
 132     cachedSerFactories.add(beansf);
 133     cachedDeserFactories.add(beandf);
 134
 135     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 136                                           "Alignment");
 137     cachedSerQNames.add(qName);
 138     cls = vamsas.objects.simple.Alignment.class;
 139     cachedSerClasses.add(cls);
 140     cachedSerFactories.add(beansf);
 141     cachedDeserFactories.add(beandf);
 142
 143     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas", "WsJobId");
 144     cachedSerQNames.add(qName);
 145     cls = vamsas.objects.simple.WsJobId.class;
 146     cachedSerClasses.add(cls);
 147     cachedSerFactories.add(beansf);
 148     cachedDeserFactories.add(beandf);
 149
 150     qName = new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "ArrayOf_xsd_string");
 151     cachedSerQNames.add(qName);
 152     cls = java.lang.String[].class;
 153     cachedSerClasses.add(cls);
 154     cachedSerFactories.add(arraysf);
 155     cachedDeserFactories.add(arraydf);
 156
 157     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas", "Result");
 158     cachedSerQNames.add(qName);
 159     cls = vamsas.objects.simple.Result.class;
 160     cachedSerClasses.add(cls);
 161     cachedSerFactories.add(beansf);
 162     cachedDeserFactories.add(beandf);
 163   }
 164
 165   private static void _initOperationDesc1()
 166   {
 167     org.apache.axis.description.OperationDesc oper;
 168     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 169     oper.setName("align");
 170     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "seqSet"),
 171                       new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 172         "SequenceSet"),
 173                       vamsas.objects.simple.SequenceSet.class,
 174                       org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 175     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 176         "simple.objects.vamsas", "WsJobId"));
 177     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 178     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "alignReturn"));
 179     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 180     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 181     _operations[0] = oper;
 182
 183     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 184     oper.setName("getalign");
 185     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "job_id"),
 186                       new javax.xml.namespace.QName(
 187         "http://www.w3.org/2001/XMLSchema",
 188         "string"), java.lang.String.class,
 189                       org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 190     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 191         "simple.objects.vamsas", "Alignment"));
 192     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.Alignment.class);
 193     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "getalignReturn"));
 194     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 195     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 196     _operations[1] = oper;
 197
 198     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 199     oper.setName("getResult");
 200     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "job_id"),
 201                       new javax.xml.namespace.QName(
 202         "http://www.w3.org/2001/XMLSchema",
 203         "string"), java.lang.String.class,
 204                       org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 205     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 206         "simple.objects.vamsas", "MsaResult"));
 207     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.MsaResult.class);
 208     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "getResultReturn"));
 209     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 210     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 211     _operations[2] = oper;
 212
 213     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 214     oper.setName("cancel");
 215     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "jobId"),
 216                       new javax.xml.namespace.QName(
 217         "http://www.w3.org/2001/XMLSchema",
 218         "string"), java.lang.String.class,
 219                       org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 220     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 221         "simple.objects.vamsas", "WsJobId"));
 222     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 223     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "cancelReturn"));
 224     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 225     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 226     _operations[3] = oper;
 227   }
 228
 229   protected org.apache.axis.client.Call createCall()
 230       throws java.rmi.RemoteException
 231   {
 232     try
 233     {
 234       org.apache.axis.client.Call _call = (org.apache.axis.client.Call)super.
 235           service.createCall();
 236
 237       if (super.maintainSessionSet)
 238       {
 239         _call.setMaintainSession(super.maintainSession);
 240       }
 241
 242       if (super.cachedUsername != null)
 243       {
 244         _call.setUsername(super.cachedUsername);
 245       }
 246
 247       if (super.cachedPassword != null)
 248       {
 249         _call.setPassword(super.cachedPassword);
 250       }
 251
 252       if (super.cachedEndpoint != null)
 253       {
 254         _call.setTargetEndpointAddress(super.cachedEndpoint);
 255       }
 256
 257       if (super.cachedTimeout != null)
 258       {
 259         _call.setTimeout(super.cachedTimeout);
 260       }
 261
 262       if (super.cachedPortName != null)
 263       {
 264         _call.setPortName(super.cachedPortName);
 265       }
 266
 267       java.util.Enumeration keys = super.cachedProperties.keys();
 268
 269       while (keys.hasMoreElements())
 270       {
 271         java.lang.String key = (java.lang.String) keys.nextElement();
 272         _call.setProperty(key, super.cachedProperties.get(key));
 273       }
 274
 275       // All the type mapping information is registered
 276       // when the first call is made.
 277       // The type mapping information is actually registered in
 278       // the TypeMappingRegistry of the service, which
 279       // is the reason why registration is only needed for the first call.
 280       synchronized (this)
 281       {
 282         if (firstCall())
 283         {
 284           // must set encoding style before registering serializers
 285           _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.
 286                                SOAP11_CONSTANTS);
 287           _call.setEncodingStyle(org.apache.axis.Constants.URI_SOAP11_ENC);
 288
 289           for (int i = 0; i < cachedSerFactories.size(); ++i)
 290           {
 291             java.lang.Class cls = (java.lang.Class) cachedSerClasses.get(i);
 292             javax.xml.namespace.QName qName = (javax.xml.namespace.QName)
 293                 cachedSerQNames.get(i);
 294             java.lang.Class sf = (java.lang.Class) cachedSerFactories.get(i);
 295             java.lang.Class df = (java.lang.Class) cachedDeserFactories.get(i);
 296             _call.registerTypeMapping(cls, qName, sf, df, false);
 297           }
 298         }
 299       }
 300
 301       return _call;
 302     }
 303     catch (java.lang.Throwable _t)
 304     {
 305       throw new org.apache.axis.AxisFault(
 306           "Failure trying to get the Call object",
 307           _t);
 308     }
 309   }
 310
 311   public vamsas.objects.simple.WsJobId align(
 312       vamsas.objects.simple.SequenceSet seqSet)
 313       throws java.rmi.RemoteException
 314   {
 315     if (super.cachedEndpoint == null)
 316     {
 317       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 318     }
 319
 320     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 321     _call.setOperation(_operations[0]);
 322     _call.setUseSOAPAction(true);
 323     _call.setSOAPActionURI("");
 324     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 325     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "align"));
 326
 327     setRequestHeaders(_call);
 328     setAttachments(_call);
 329
 330     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 331                                           {seqSet});
 332
 333     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 334     {
 335       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 336     }
 337     else
 338     {
 339       extractAttachments(_call);
 340
 341       try
 342       {
 343         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) _resp;
 344       }
 345       catch (java.lang.Exception _exception)
 346       {
 347         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) org.apache.axis.utils.JavaUtils.
 348             convert(_resp,
 349                     vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 350       }
 351     }
 352   }
 353
 354   public vamsas.objects.simple.Alignment getalign(java.lang.String job_id)
 355       throws java.rmi.RemoteException
 356   {
 357     if (super.cachedEndpoint == null)
 358     {
 359       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 360     }
 361
 362     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 363     _call.setOperation(_operations[1]);
 364     _call.setUseSOAPAction(true);
 365     _call.setSOAPActionURI("");
 366     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 367     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
 368         "getalign"));
 369
 370     setRequestHeaders(_call);
 371     setAttachments(_call);
 372
 373     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 374                                           {job_id});
 375
 376     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 377     {
 378       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 379     }
 380     else
 381     {
 382       extractAttachments(_call);
 383
 384       try
 385       {
 386         return (vamsas.objects.simple.Alignment) _resp;
 387       }
 388       catch (java.lang.Exception _exception)
 389       {
 390         return (vamsas.objects.simple.Alignment) org.apache.axis.utils.
 391             JavaUtils.convert(_resp,
 392                               vamsas.objects.simple.Alignment.class);
 393       }
 394     }
 395   }
 396
 397   public vamsas.objects.simple.MsaResult getResult(java.lang.String job_id)
 398       throws java.rmi.RemoteException
 399   {
 400     if (super.cachedEndpoint == null)
 401     {
 402       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 403     }
 404
 405     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 406     _call.setOperation(_operations[2]);
 407     _call.setUseSOAPAction(true);
 408     _call.setSOAPActionURI("");
 409     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 410     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
 411         "getResult"));
 412
 413     setRequestHeaders(_call);
 414     setAttachments(_call);
 415
 416     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 417                                           {job_id});
 418
 419     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 420     {
 421       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 422     }
 423     else
 424     {
 425       extractAttachments(_call);
 426
 427       try
 428       {
 429         return (vamsas.objects.simple.MsaResult) _resp;
 430       }
 431       catch (java.lang.Exception _exception)
 432       {
 433         return (vamsas.objects.simple.MsaResult) org.apache.axis.utils.
 434             JavaUtils.convert(_resp,
 435                               vamsas.objects.simple.MsaResult.class);
 436       }
 437     }
 438   }
 439
 440   public vamsas.objects.simple.WsJobId cancel(java.lang.String jobId)
 441       throws java.rmi.RemoteException
 442   {
 443     if (super.cachedEndpoint == null)
 444     {
 445       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 446     }
 447
 448     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 449     _call.setOperation(_operations[3]);
 450     _call.setUseSOAPAction(true);
 451     _call.setSOAPActionURI("");
 452     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 453     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "cancel"));
 454
 455     setRequestHeaders(_call);
 456     setAttachments(_call);
 457
 458     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 459                                           {jobId});
 460
 461     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 462     {
 463       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 464     }
 465     else
 466     {
 467       extractAttachments(_call);
 468
 469       try
 470       {
 471         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) _resp;
 472       }
 473       catch (java.lang.Exception _exception)
 474       {
 475         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) org.apache.axis.utils.JavaUtils.
 476             convert(_resp,
 477                     vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 478       }
 479     }
 480   }
 481 }