JAL-2135 bugfix for error preventing processing of secondary structure annotation...
[jalview.git] / src / ext / vamsas / SeqSearchServiceSoapBindingStub.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package ext.vamsas;
22
23 public class SeqSearchServiceSoapBindingStub extends
24         org.apache.axis.client.Stub implements ext.vamsas.SeqSearchI
25 {
26   private java.util.Vector cachedSerClasses = new java.util.Vector();
27
28   private java.util.Vector cachedSerQNames = new java.util.Vector();
29
30   private java.util.Vector cachedSerFactories = new java.util.Vector();
31
32   private java.util.Vector cachedDeserFactories = new java.util.Vector();
33
34   static org.apache.axis.description.OperationDesc[] _operations;
35
36   static
37   {
38     _operations = new org.apache.axis.description.OperationDesc[5];
39     _initOperationDesc1();
40   }
41
42   private static void _initOperationDesc1()
43   {
44     org.apache.axis.description.OperationDesc oper;
45     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
46     oper.setName("getDatabase");
47     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
48             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"));
49     oper.setReturnClass(java.lang.String.class);
50     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("",
51             "getDatabaseReturn"));
52     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
53     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
54     _operations[0] = oper;
55
56     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
57     oper.setName("getResult");
58     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "job_id"),
59             new javax.xml.namespace.QName(
60                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
61             java.lang.String.class,
62             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
63     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
64             "simple.objects.vamsas", "SeqSearchResult"));
65     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.SeqSearchResult.class);
66     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "getResultReturn"));
67     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
68     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
69     _operations[1] = oper;
70
71     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
72     oper.setName("psearch");
73     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "al"),
74             new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
75                     "Alignment"), vamsas.objects.simple.Alignment.class,
76             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
77     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "database"),
78             new javax.xml.namespace.QName(
79                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
80             java.lang.String.class,
81             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
82     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
83             "simple.objects.vamsas", "WsJobId"));
84     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
85     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "psearchReturn"));
86     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
87     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
88     _operations[2] = oper;
89
90     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
91     oper.setName("search");
92     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "s"),
93             new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
94                     "Sequence"), vamsas.objects.simple.Sequence.class,
95             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
96     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "database"),
97             new javax.xml.namespace.QName(
98                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
99             java.lang.String.class,
100             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
101     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
102             "simple.objects.vamsas", "WsJobId"));
103     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
104     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "searchReturn"));
105     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
106     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
107     _operations[3] = oper;
108
109     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
110     oper.setName("cancel");
111     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "jobId"),
112             new javax.xml.namespace.QName(
113                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
114             java.lang.String.class,
115             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
116     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
117             "simple.objects.vamsas", "WsJobId"));
118     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
119     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "cancelReturn"));
120     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
121     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
122     _operations[4] = oper;
123
124   }
125
126   public SeqSearchServiceSoapBindingStub() throws org.apache.axis.AxisFault
127   {
128     this(null);
129   }
130
131   public SeqSearchServiceSoapBindingStub(java.net.URL endpointURL,
132           javax.xml.rpc.Service service) throws org.apache.axis.AxisFault
133   {
134     this(service);
135     super.cachedEndpoint = endpointURL;
136   }
137
138   public SeqSearchServiceSoapBindingStub(javax.xml.rpc.Service service)
139           throws org.apache.axis.AxisFault
140   {
141     if (service == null)
142     {
143       super.service = new org.apache.axis.client.Service();
144     }
145     else
146     {
147       super.service = service;
148     }
149     java.lang.Class cls;
150     javax.xml.namespace.QName qName;
151     java.lang.Class beansf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanSerializerFactory.class;
152     java.lang.Class beandf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanDeserializerFactory.class;
153     java.lang.Class enumsf = org.apache.axis.encoding.ser.EnumSerializerFactory.class;
154     java.lang.Class enumdf = org.apache.axis.encoding.ser.EnumDeserializerFactory.class;
155     java.lang.Class arraysf = org.apache.axis.encoding.ser.ArraySerializerFactory.class;
156     java.lang.Class arraydf = org.apache.axis.encoding.ser.ArrayDeserializerFactory.class;
157     java.lang.Class simplesf = org.apache.axis.encoding.ser.SimpleSerializerFactory.class;
158     java.lang.Class simpledf = org.apache.axis.encoding.ser.SimpleDeserializerFactory.class;
159     java.lang.Class simplelistsf = org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListSerializerFactory.class;
160     java.lang.Class simplelistdf = org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListDeserializerFactory.class;
161     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas", "Result");
162     cachedSerQNames.add(qName);
163     cls = vamsas.objects.simple.Result.class;
164     cachedSerClasses.add(cls);
165     cachedSerFactories.add(beansf);
166     cachedDeserFactories.add(beandf);
167
168     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
169             "WsJobId");
170     cachedSerQNames.add(qName);
171     cls = vamsas.objects.simple.WsJobId.class;
172     cachedSerClasses.add(cls);
173     cachedSerFactories.add(beansf);
174     cachedDeserFactories.add(beandf);
175
176     qName = new javax.xml.namespace.QName("http://simple.objects.vamsas",
177             "Object");
178     cachedSerQNames.add(qName);
179     cls = vamsas.objects.simple.Object.class;
180     cachedSerClasses.add(cls);
181     cachedSerFactories.add(beansf);
182     cachedDeserFactories.add(beandf);
183
184     qName = new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "ArrayOf_xsd_string");
185     cachedSerQNames.add(qName);
186     cls = java.lang.String[].class;
187     cachedSerClasses.add(cls);
188     cachedSerFactories.add(arraysf);
189     cachedDeserFactories.add(arraydf);
190
191     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
192             "Alignment");
193     cachedSerQNames.add(qName);
194     cls = vamsas.objects.simple.Alignment.class;
195     cachedSerClasses.add(cls);
196     cachedSerFactories.add(beansf);
197     cachedDeserFactories.add(beandf);
198
199     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
200             "Sequence");
201     cachedSerQNames.add(qName);
202     cls = vamsas.objects.simple.Sequence.class;
203     cachedSerClasses.add(cls);
204     cachedSerFactories.add(beansf);
205     cachedDeserFactories.add(beandf);
206
207     qName = new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "ArrayOf_tns1_Sequence");
208     cachedSerQNames.add(qName);
209     cls = vamsas.objects.simple.Sequence[].class;
210     cachedSerClasses.add(cls);
211     cachedSerFactories.add(arraysf);
212     cachedDeserFactories.add(arraydf);
213
214     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
215             "SeqSearchResult");
216     cachedSerQNames.add(qName);
217     cls = vamsas.objects.simple.SeqSearchResult.class;
218     cachedSerClasses.add(cls);
219     cachedSerFactories.add(beansf);
220     cachedDeserFactories.add(beandf);
221
222     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
223             "SequenceSet");
224     cachedSerQNames.add(qName);
225     cls = vamsas.objects.simple.SequenceSet.class;
226     cachedSerClasses.add(cls);
227     cachedSerFactories.add(beansf);
228     cachedDeserFactories.add(beandf);
229
230   }
231
232   protected org.apache.axis.client.Call createCall()
233           throws java.rmi.RemoteException
234   {
235     try
236     {
237       org.apache.axis.client.Call _call = (org.apache.axis.client.Call) super.service
238               .createCall();
239       if (super.maintainSessionSet)
240       {
241         _call.setMaintainSession(super.maintainSession);
242       }
243       if (super.cachedUsername != null)
244       {
245         _call.setUsername(super.cachedUsername);
246       }
247       if (super.cachedPassword != null)
248       {
249         _call.setPassword(super.cachedPassword);
250       }
251       if (super.cachedEndpoint != null)
252       {
253         _call.setTargetEndpointAddress(super.cachedEndpoint);
254       }
255       if (super.cachedTimeout != null)
256       {
257         _call.setTimeout(super.cachedTimeout);
258       }
259       if (super.cachedPortName != null)
260       {
261         _call.setPortName(super.cachedPortName);
262       }
263       java.util.Enumeration keys = super.cachedProperties.keys();
264       while (keys.hasMoreElements())
265       {
266         java.lang.String key = (java.lang.String) keys.nextElement();
267         _call.setProperty(key, super.cachedProperties.get(key));
268       }
269       // All the type mapping information is registered
270       // when the first call is made.
271       // The type mapping information is actually registered in
272       // the TypeMappingRegistry of the service, which
273       // is the reason why registration is only needed for the first call.
274       synchronized (this)
275       {
276         if (firstCall())
277         {
278           // must set encoding style before registering serializers
279           _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
280           _call.setEncodingStyle(org.apache.axis.Constants.URI_SOAP11_ENC);
281           for (int i = 0; i < cachedSerFactories.size(); ++i)
282           {
283             java.lang.Class cls = (java.lang.Class) cachedSerClasses.get(i);
284             javax.xml.namespace.QName qName = (javax.xml.namespace.QName) cachedSerQNames
285                     .get(i);
286             java.lang.Class sf = (java.lang.Class) cachedSerFactories
287                     .get(i);
288             java.lang.Class df = (java.lang.Class) cachedDeserFactories
289                     .get(i);
290             _call.registerTypeMapping(cls, qName, sf, df, false);
291           }
292         }
293       }
294       return _call;
295     } catch (java.lang.Throwable _t)
296     {
297       throw new org.apache.axis.AxisFault(
298               "Failure trying to get the Call object", _t);
299     }
300   }
301
302   public java.lang.String getDatabase() throws java.rmi.RemoteException
303   {
304     if (super.cachedEndpoint == null)
305     {
306       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
307     }
308     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
309     _call.setOperation(_operations[0]);
310     _call.setUseSOAPAction(true);
311     _call.setSOAPActionURI("");
312     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
313     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
314             "getDatabase"));
315
316     setRequestHeaders(_call);
317     setAttachments(_call);
318     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[] {});
319
320     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
321     {
322       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
323     }
324     else
325     {
326       extractAttachments(_call);
327       try
328       {
329         return (java.lang.String) _resp;
330       } catch (java.lang.Exception _exception)
331       {
332         return (java.lang.String) org.apache.axis.utils.JavaUtils.convert(
333                 _resp, java.lang.String.class);
334       }
335     }
336   }
337
338   public vamsas.objects.simple.SeqSearchResult getResult(
339           java.lang.String job_id) throws java.rmi.RemoteException
340   {
341     if (super.cachedEndpoint == null)
342     {
343       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
344     }
345     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
346     _call.setOperation(_operations[1]);
347     _call.setUseSOAPAction(true);
348     _call.setSOAPActionURI("");
349     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
350     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
351             "getResult"));
352
353     setRequestHeaders(_call);
354     setAttachments(_call);
355     java.lang.Object _resp = _call
356             .invoke(new java.lang.Object[] { job_id });
357
358     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
359     {
360       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
361     }
362     else
363     {
364       extractAttachments(_call);
365       try
366       {
367         return (vamsas.objects.simple.SeqSearchResult) _resp;
368       } catch (java.lang.Exception _exception)
369       {
370         return (vamsas.objects.simple.SeqSearchResult) org.apache.axis.utils.JavaUtils
371                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.SeqSearchResult.class);
372       }
373     }
374   }
375
376   public vamsas.objects.simple.WsJobId psearch(
377           vamsas.objects.simple.Alignment al, java.lang.String database)
378           throws java.rmi.RemoteException
379   {
380     if (super.cachedEndpoint == null)
381     {
382       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
383     }
384     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
385     _call.setOperation(_operations[2]);
386     _call.setUseSOAPAction(true);
387     _call.setSOAPActionURI("");
388     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
389     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
390             "psearch"));
391
392     setRequestHeaders(_call);
393     setAttachments(_call);
394     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[] { al,
395         database });
396
397     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
398     {
399       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
400     }
401     else
402     {
403       extractAttachments(_call);
404       try
405       {
406         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) _resp;
407       } catch (java.lang.Exception _exception)
408       {
409         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) org.apache.axis.utils.JavaUtils
410                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
411       }
412     }
413   }
414
415   public vamsas.objects.simple.WsJobId search(
416           vamsas.objects.simple.Sequence s, java.lang.String database)
417           throws java.rmi.RemoteException
418   {
419     if (super.cachedEndpoint == null)
420     {
421       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
422     }
423     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
424     _call.setOperation(_operations[3]);
425     _call.setUseSOAPAction(true);
426     _call.setSOAPActionURI("");
427     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
428     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "search"));
429
430     setRequestHeaders(_call);
431     setAttachments(_call);
432     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[] { s,
433         database });
434
435     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
436     {
437       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
438     }
439     else
440     {
441       extractAttachments(_call);
442       try
443       {
444         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) _resp;
445       } catch (java.lang.Exception _exception)
446       {
447         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) org.apache.axis.utils.JavaUtils
448                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
449       }
450     }
451   }
452
453   public vamsas.objects.simple.WsJobId cancel(java.lang.String jobId)
454           throws java.rmi.RemoteException
455   {
456     if (super.cachedEndpoint == null)
457     {
458       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
459     }
460     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
461     _call.setOperation(_operations[4]);
462     _call.setUseSOAPAction(true);
463     _call.setSOAPActionURI("");
464     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
465     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "cancel"));
466
467     setRequestHeaders(_call);
468     setAttachments(_call);
469     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[] { jobId });
470
471     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
472     {
473       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
474     }
475     else
476     {
477       extractAttachments(_call);
478       try
479       {
480         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) _resp;
481       } catch (java.lang.Exception _exception)
482       {
483         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) org.apache.axis.utils.JavaUtils
484                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
485       }
486     }
487   }
488
489 }