src/jalview/analysis/AAFrequency.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.analysis;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Takes in a vector of sequences and column start and column end\r
  28  * and returns a vector of size (end-start+1). Each element of the\r
  29  * vector contains a hashtable with the keys being residues and\r
  30  * the values being the count of each residue in that column.\r
  31  * This class is used extensively in calculating alignment colourschemes\r
  32  * that depend on the amount of conservation in each alignment column.\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class AAFrequency\r
  37 {\r
  38     /** Takes in a vector of sequences and column start and column end\r
  39     * and returns a vector of size (end-start+1). Each element of the\r
  40     * vector contains a hashtable with the keys being residues and\r
  41     * the values being the count of each residue in that column.\r
  42     * This class is used extensively in calculating alignment colourschemes\r
  43     * that depend on the amount of conservation in each alignment column. */\r
  44     public static final Vector calculate(Vector sequences, int start, int end)\r
  45     {\r
  46       Vector result = new Vector();\r
  47       Hashtable residueHash;\r
  48       int count, maxCount, nongap, i, j, jSize = sequences.size();\r
  49       String maxResidue, sequence, res;\r
  50       float percentage;\r
  51 \r
  52         for (i = start; i <= end; i++)\r
  53         {\r
  54             residueHash = new Hashtable();\r
  55             maxCount = 0;\r
  56             maxResidue = "-";\r
  57             nongap = 0;\r
  58 \r
  59             for (j = 0; j < jSize; j++)\r
  60             {\r
  61                 if (sequences.elementAt(j) instanceof Sequence)\r
  62                 {\r
  63                     sequence = ((Sequence) sequences.elementAt(j)).getSequence();\r
  64 \r
  65                     if (sequence.length() > i)\r
  66                     {\r
  67                         res = String.valueOf(Character.toUpperCase(sequence.charAt(i)));\r
  68 \r
  69                         if (jalview.util.Comparison.isGap(res.charAt(0)))\r
  70                         {\r
  71                             res = "-"; // we always use this for gaps in the property vectors\r
  72                         }\r
  73                         else\r
  74                         {   nongap++;    }\r
  75 \r
  76                         if (residueHash.containsKey(res))\r
  77                         {\r
  78                             count = ((Integer) residueHash.get(res)).intValue();\r
  79                             count++;\r
  80 \r
  81                             if (!jalview.util.Comparison.isGap(res.charAt(0)) &&\r
  82                                     (count >= maxCount))\r
  83                             {\r
  84                                 if (count > maxCount)\r
  85                                 {\r
  86                                     maxResidue = res;\r
  87                                 }\r
  88                                 else if (maxResidue.indexOf(res) == -1)\r
  89                                 {\r
  90                                     maxResidue += res;\r
  91                                 }\r
  92 \r
  93                                 maxCount = count;\r
  94                             }\r
  95 \r
  96                             residueHash.put(res, new Integer(count));\r
  97                         }\r
  98                         else\r
  99                         {\r
 100                             residueHash.put(res, new Integer(1));\r
 101                         }\r
 102                     }\r
 103                     else\r
 104                     {\r
 105                         if (residueHash.containsKey("-"))\r
 106                         {\r
 107                             count = ((Integer) residueHash.get("-")).intValue();\r
 108                             count++;\r
 109                             residueHash.put("-", new Integer(count));\r
 110                         }\r
 111                         else\r
 112                         {\r
 113                             residueHash.put("-", new Integer(1));\r
 114                         }\r
 115                     }\r
 116                 }\r
 117             }\r
 118 \r
 119             residueHash.put("maxCount", new Integer(maxCount));\r
 120             residueHash.put("maxResidue", maxResidue);\r
 121 \r
 122 \r
 123             //Size is redundant at present if we calculate percentage here\r
 124             //residueHash.put("size", new Integer(jSize));\r
 125             //residueHash.put("nogaps", new Integer(nongap));\r
 126 \r
 127             percentage = ((float)maxCount*100) / (float)jSize;\r
 128             residueHash.put("pid_gaps", new Float(percentage) );\r
 129 \r
 130             percentage = ((float)maxCount*100) / (float)nongap;\r
 131             residueHash.put("pid_nogaps", new Float(percentage) );\r
 132             result.addElement(residueHash);\r
 133         }\r
 134 \r
 135 \r
 136 \r
 137         return result;\r
 138     }\r
 139 }\r