src/jalview/analysis/AAFrequency.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.analysis;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import jalview.datamodel.*;
  23
  24 /**
  25  * Takes in a vector or array of sequences and column start and column end and
  26  * returns a new Hashtable[] of size maxSeqLength, if Hashtable not supplied.
  27  * This class is used extensively in calculating alignment colourschemes that
  28  * depend on the amount of conservation in each alignment column.
  29  *
  30  * @author $author$
  31  * @version $Revision$
  32  */
  33 public class AAFrequency
  34 {
  35   // No need to store 1000s of strings which are not
  36   // visible to the user.
  37   public static final String MAXCOUNT = "C";
  38
  39   public static final String MAXRESIDUE = "R";
  40
  41   public static final String PID_GAPS = "G";
  42
  43   public static final String PID_NOGAPS = "N";
  44
  45   public static final String PROFILE = "P";
  46
  47   public static final Hashtable[] calculate(Vector sequences, int start,
  48           int end)
  49   {
  50     return calculate(sequences, start, end, false);
  51   }
  52
  53   public static final Hashtable[] calculate(Vector sequences, int start,
  54           int end, boolean profile)
  55   {
  56     SequenceI[] seqs = new SequenceI[sequences.size()];
  57     int width = 0;
  58     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
  59     {
  60       seqs[i] = (SequenceI) sequences.elementAt(i);
  61       if (seqs[i].getLength() > width)
  62       {
  63         width = seqs[i].getLength();
  64       }
  65     }
  66
  67     Hashtable[] reply = new Hashtable[width];
  68
  69     if (end >= width)
  70     {
  71       end = width;
  72     }
  73
  74     calculate(seqs, start, end, reply, profile);
  75
  76     return reply;
  77   }
  78
  79   public static final void calculate(SequenceI[] sequences, int start,
  80           int end, Hashtable[] result)
  81   {
  82     calculate(sequences, start, end, result, false);
  83   }
  84
  85   public static final void calculate(SequenceI[] sequences, int start,
  86           int end, Hashtable[] result, boolean profile)
  87   {
  88     Hashtable residueHash;
  89     int maxCount, nongap, i, j, v, jSize = sequences.length;
  90     String maxResidue;
  91     char c;
  92     float percentage;
  93
  94     int[] values = new int[255];
  95
  96     char[] seq;
  97
  98     for (i = start; i < end; i++)
  99     {
 100       residueHash = new Hashtable();
 101       maxCount = 0;
 102       maxResidue = "";
 103       nongap = 0;
 104       values = new int[255];
 105
 106       for (j = 0; j < jSize; j++)
 107       {
 108         if (sequences[j]==null)
 109         {
 110           System.err.println("WARNING: Consensus skipping null sequence - possible race condition.");
 111           continue;
 112         }
 113         seq = sequences[j].getSequence();
 114         if (seq.length > i)
 115         {
 116           c = seq[i];
 117
 118           if (c == '.' || c == ' ')
 119           {
 120             c = '-';
 121           }
 122
 123           if (c == '-')
 124           {
 125             values['-']++;
 126             continue;
 127           }
 128           else if ('a' <= c && c <= 'z')
 129           {
 130             c -= 32; // ('a' - 'A');
 131           }
 132
 133           nongap++;
 134           values[c]++;
 135
 136         }
 137         else
 138         {
 139           values['-']++;
 140         }
 141       }
 142
 143       for (v = 'A'; v < 'Z'; v++)
 144       {
 145         if (values[v] < 2 || values[v] < maxCount)
 146         {
 147           continue;
 148         }
 149
 150         if (values[v] > maxCount)
 151         {
 152           maxResidue = String.valueOf((char) v);
 153         }
 154         else if (values[v] == maxCount)
 155         {
 156           maxResidue += String.valueOf((char) v);
 157         }
 158         maxCount = values[v];
 159       }
 160
 161       if (maxResidue.length() == 0)
 162       {
 163         maxResidue = "-";
 164       }
 165       if (profile)
 166       {
 167         residueHash.put(PROFILE, new int[][]
 168         { values, new int[]
 169         { jSize, nongap } });
 170       }
 171       residueHash.put(MAXCOUNT, new Integer(maxCount));
 172       residueHash.put(MAXRESIDUE, maxResidue);
 173
 174       percentage = ((float) maxCount * 100) / (float) jSize;
 175       residueHash.put(PID_GAPS, new Float(percentage));
 176
 177       percentage = ((float) maxCount * 100) / (float) nongap;
 178       residueHash.put(PID_NOGAPS, new Float(percentage));
 179       result[i] = residueHash;
 180     }
 181   }
 182
 183   /**
 184    * Compute all or part of the annotation row from the given consensus
 185    * hashtable
 186    *
 187    * @param consensus
 188    *          - pre-allocated annotation row
 189    * @param hconsensus
 190    * @param iStart
 191    * @param width
 192    * @param ignoreGapsInConsensusCalculation
 193    * @param includeAllConsSymbols
 194    */
 195   public static void completeConsensus(AlignmentAnnotation consensus,
 196           Hashtable[] hconsensus, int iStart, int width,
 197           boolean ignoreGapsInConsensusCalculation,
 198           boolean includeAllConsSymbols)
 199   {
 200     completeConsensus(consensus, hconsensus, iStart, width,
 201             ignoreGapsInConsensusCalculation, includeAllConsSymbols, null); // new
 202                                                                             // char[]
 203     // { 'A', 'C', 'G', 'T', 'U' });
 204   }
 205
 206   public static void completeConsensus(AlignmentAnnotation consensus,
 207           Hashtable[] hconsensus, int iStart, int width,
 208           boolean ignoreGapsInConsensusCalculation,
 209           boolean includeAllConsSymbols, char[] alphabet)
 210   {
 211     float tval, value;
 212     if (consensus == null || consensus.annotations == null
 213             || consensus.annotations.length < width)
 214     {
 215       // called with a bad alignment annotation row - wait for it to be
 216       // initialised properly
 217       return;
 218     }
 219     for (int i = iStart; i < width; i++)
 220     {
 221       if (i >= hconsensus.length)
 222       {
 223         // happens if sequences calculated over were shorter than alignment
 224         // width
 225         consensus.annotations[i] = null;
 226         continue;
 227       }
 228       value = 0;
 229       if (ignoreGapsInConsensusCalculation)
 230       {
 231         value = ((Float) hconsensus[i].get(AAFrequency.PID_NOGAPS))
 232                 .floatValue();
 233       }
 234       else
 235       {
 236         value = ((Float) hconsensus[i].get(AAFrequency.PID_GAPS))
 237                 .floatValue();
 238       }
 239
 240       String maxRes = hconsensus[i].get(AAFrequency.MAXRESIDUE).toString();
 241       String mouseOver = hconsensus[i].get(AAFrequency.MAXRESIDUE) + " ";
 242       if (maxRes.length() > 1)
 243       {
 244         mouseOver = "[" + maxRes + "] ";
 245         maxRes = "+";
 246       }
 247       int[][] profile = (int[][]) hconsensus[i].get(AAFrequency.PROFILE);
 248       if (profile != null && includeAllConsSymbols)
 249       {
 250         mouseOver = "";
 251         if (alphabet != null)
 252         {
 253           for (int c = 0; c < alphabet.length; c++)
 254           {
 255             tval = ((float) profile[0][alphabet[c]])
 256                     * 100f
 257                     / (float) profile[1][ignoreGapsInConsensusCalculation ? 1
 258                             : 0];
 259             mouseOver += ((c == 0) ? "" : "; ") + alphabet[c] + " "
 260                     + ((int) tval) + "%";
 261           }
 262         }
 263         else
 264         {
 265           Object[] ca = new Object[profile[0].length];
 266           float[] vl = new float[profile[0].length];
 267           for (int c = 0; c < ca.length; c++)
 268           {
 269             ca[c] = new char[]
 270             { (char) c };
 271             vl[c] = (float) profile[0][c];
 272           }
 273           ;
 274           jalview.util.QuickSort.sort(vl, ca);
 275           for (int p = 0, c = ca.length - 1; profile[0][((char[]) ca[c])[0]] > 0; c--)
 276           {
 277             if (((char[]) ca[c])[0] != '-')
 278             {
 279               tval = ((float) profile[0][((char[]) ca[c])[0]])
 280                       * 100f
 281                       / (float) profile[1][ignoreGapsInConsensusCalculation ? 1
 282                               : 0];
 283               mouseOver += ((p == 0) ? "" : "; ") + ((char[]) ca[c])[0]
 284                       + " " + ((int) tval) + "%";
 285               p++;
 286
 287             }
 288           }
 289
 290         }
 291       }
 292       else
 293       {
 294         mouseOver += ((int) value + "%");
 295       }
 296       consensus.annotations[i] = new Annotation(maxRes, mouseOver, ' ',
 297               value);
 298     }
 299   }
 300
 301   /**
 302    * get the sorted profile for the given position of the consensus
 303    *
 304    * @param hconsensus
 305    * @return
 306    */
 307   public static int[] extractProfile(Hashtable hconsensus,
 308           boolean ignoreGapsInConsensusCalculation)
 309   {
 310     int[] rtnval = new int[64];
 311     int[][] profile = (int[][]) hconsensus.get(AAFrequency.PROFILE);
 312     if (profile == null)
 313       return null;
 314     Object[] ca = new Object[profile[0].length];
 315     float[] vl = new float[profile[0].length];
 316     for (int c = 0; c < ca.length; c++)
 317     {
 318       ca[c] = new char[]
 319       { (char) c };
 320       vl[c] = (float) profile[0][c];
 321     }
 322     ;
 323     jalview.util.QuickSort.sort(vl, ca);
 324     rtnval[0] = 2;
 325     rtnval[1]=0;
 326     for (int c = ca.length - 1; profile[0][((char[]) ca[c])[0]] > 0; c--)
 327     {
 328       if (((char[]) ca[c])[0] != '-')
 329       {
 330         rtnval[rtnval[0]++] = ((char[]) ca[c])[0];
 331         rtnval[rtnval[0]] = (int) (((float) profile[0][((char[]) ca[c])[0]]) * 100f / (float) profile[1][ignoreGapsInConsensusCalculation ? 1
 332                 : 0]);
 333         rtnval[1]+=rtnval[rtnval[0]++];
 334       }
 335     }
 336     return rtnval;
 337   }
 338 }