src/jalview/analysis/AAFrequency.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.analysis;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Takes in a vector or array of sequences and column start and column end\r
  28  * and returns a new Hashtable[] of size maxSeqLength, if Hashtable not supplied.\r
  29  * This class is used extensively in calculating alignment colourschemes\r
  30  * that depend on the amount of conservation in each alignment column.\r
  31  * @author $author$\r
  32  * @version $Revision$\r
  33  */\r
  34 public class AAFrequency\r
  35 {\r
  36   //No need to store 1000s of strings which are not\r
  37   //visible to the user.\r
  38   public static final String MAXCOUNT = "C";\r
  39   public static final String MAXRESIDUE="R";\r
  40   public static final String PID_GAPS = "G";\r
  41   public static final String PID_NOGAPS="N";\r
  42 \r
  43    public static final Hashtable [] calculate(Vector sequences, int start, int end)\r
  44    {\r
  45      SequenceI [] seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
  46      int width = 0;\r
  47      for(int i=0; i<sequences.size(); i++)\r
  48      {\r
  49        seqs[i] = (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
  50        if(seqs[i].getLength()>width)\r
  51          width = seqs[i].getLength();\r
  52      }\r
  53 \r
  54      Hashtable [] reply = new Hashtable[width];\r
  55 \r
  56      calculate(seqs, start, end, reply);\r
  57 \r
  58      return reply;\r
  59    }\r
  60 \r
  61 public static final void calculate(SequenceI[] sequences,\r
  62                                   int start, int end,\r
  63                                   Hashtable [] result)\r
  64 {\r
  65   Hashtable residueHash;\r
  66   int maxCount, nongap, i, j, v, jSize = sequences.length;\r
  67   String maxResidue;\r
  68   char c;\r
  69   float percentage;\r
  70 \r
  71   int[] values = new int[132];\r
  72 \r
  73   String seq;\r
  74 \r
  75   for (i = start; i < end; i++)\r
  76   {\r
  77     residueHash = new Hashtable();\r
  78     maxCount = 0;\r
  79     maxResidue = "";\r
  80     nongap = 0;\r
  81     values = new int[132];\r
  82 \r
  83     for (j = 0; j < jSize; j++)\r
  84     {\r
  85       seq = sequences[j].getSequence();\r
  86       if (seq.length() > i)\r
  87       {\r
  88         c = seq.charAt(i);\r
  89 \r
  90         if(c == '.' || c==' ')\r
  91           c = '-';\r
  92 \r
  93         if(c=='-')\r
  94         {\r
  95           values['-']++;\r
  96           continue;\r
  97         }\r
  98         else if ('a' <= c && c <= 'z')\r
  99         {\r
 100           c -= 32 ;//('a' - 'A');\r
 101         }\r
 102 \r
 103         nongap++;\r
 104         values[c]++;\r
 105 \r
 106       }\r
 107       else\r
 108       {\r
 109         values['-']++;\r
 110       }\r
 111     }\r
 112 \r
 113     for (v = 'A'; v < 'Z'; v++)\r
 114     {\r
 115       if (values[v] < 2 || values[v] < maxCount)\r
 116         continue;\r
 117 \r
 118       if (values[v] > maxCount)\r
 119       {\r
 120         maxResidue = String.valueOf( (char) v);\r
 121       }\r
 122       else if (values[v] == maxCount)\r
 123       {\r
 124         maxResidue += String.valueOf( (char) v);\r
 125       }\r
 126       maxCount = values[v];\r
 127     }\r
 128 \r
 129     if(maxResidue.length()==0)\r
 130       maxResidue = "-";\r
 131 \r
 132     residueHash.put(MAXCOUNT, new Integer(maxCount));\r
 133     residueHash.put(MAXRESIDUE, maxResidue);\r
 134 \r
 135     percentage = ( (float) maxCount * 100) / (float) jSize;\r
 136     residueHash.put(PID_GAPS, new Float(percentage));\r
 137 \r
 138     percentage = ( (float) maxCount * 100) / (float) nongap;\r
 139     residueHash.put(PID_NOGAPS, new Float(percentage));\r
 140     result[i] = residueHash;\r
 141   }\r
 142 }\r
 143 }\r
 144 \r
 145 \r