src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignedCodon;
  24 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.Mapping;
  28 import jalview.datamodel.SearchResults;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  32 import jalview.util.MapList;
  33
  34 import java.util.ArrayList;
  35 import java.util.Arrays;
  36 import java.util.HashMap;
  37 import java.util.HashSet;
  38 import java.util.Iterator;
  39 import java.util.LinkedHashMap;
  40 import java.util.List;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.Map.Entry;
  43 import java.util.Set;
  44 import java.util.TreeMap;
  45
  46 /**
  47  * grab bag of useful alignment manipulation operations Expect these to be
  48  * refactored elsewhere at some point.
  49  *
  50  * @author jimp
  51  *
  52  */
  53 public class AlignmentUtils
  54 {
  55
  56   /**
  57    * given an existing alignment, create a new alignment including all, or up to
  58    * flankSize additional symbols from each sequence's dataset sequence
  59    *
  60    * @param core
  61    * @param flankSize
  62    * @return AlignmentI
  63    */
  64   public static AlignmentI expandContext(AlignmentI core, int flankSize)
  65   {
  66     List<SequenceI> sq = new ArrayList<SequenceI>();
  67     int maxoffset = 0;
  68     for (SequenceI s : core.getSequences())
  69     {
  70       SequenceI newSeq = s.deriveSequence();
  71       if (newSeq.getStart() > maxoffset
  72               && newSeq.getDatasetSequence().getStart() < s.getStart())
  73       {
  74         maxoffset = newSeq.getStart();
  75       }
  76       sq.add(newSeq);
  77     }
  78     if (flankSize > -1)
  79     {
  80       maxoffset = flankSize;
  81     }
  82     // now add offset to create a new expanded alignment
  83     for (SequenceI s : sq)
  84     {
  85       SequenceI ds = s;
  86       while (ds.getDatasetSequence() != null)
  87       {
  88         ds = ds.getDatasetSequence();
  89       }
  90       int s_end = s.findPosition(s.getStart() + s.getLength());
  91       // find available flanking residues for sequence
  92       int ustream_ds = s.getStart() - ds.getStart(), dstream_ds = ds
  93               .getEnd() - s_end;
  94
  95       // build new flanked sequence
  96
  97       // compute gap padding to start of flanking sequence
  98       int offset = maxoffset - ustream_ds;
  99
 100       // padding is gapChar x ( maxoffset - min(ustream_ds, flank)
 101       if (flankSize >= 0)
 102       {
 103         if (flankSize < ustream_ds)
 104         {
 105           // take up to flankSize residues
 106           offset = maxoffset - flankSize;
 107           ustream_ds = flankSize;
 108         }
 109         if (flankSize < dstream_ds)
 110         {
 111           dstream_ds = flankSize;
 112         }
 113       }
 114       char[] upstream = new String(ds.getSequence(s.getStart() - 1
 115               - ustream_ds, s.getStart() - 1)).toLowerCase().toCharArray();
 116       char[] downstream = new String(ds.getSequence(s_end - 1, s_end + 1
 117               + dstream_ds)).toLowerCase().toCharArray();
 118       char[] coreseq = s.getSequence();
 119       char[] nseq = new char[offset + upstream.length + downstream.length
 120               + coreseq.length];
 121       char c = core.getGapCharacter();
 122       // TODO could lowercase the flanking regions
 123       int p = 0;
 124       for (; p < offset; p++)
 125       {
 126         nseq[p] = c;
 127       }
 128       // s.setSequence(new String(upstream).toLowerCase()+new String(coreseq) +
 129       // new String(downstream).toLowerCase());
 130       System.arraycopy(upstream, 0, nseq, p, upstream.length);
 131       System.arraycopy(coreseq, 0, nseq, p + upstream.length,
 132               coreseq.length);
 133       System.arraycopy(downstream, 0, nseq, p + coreseq.length
 134               + upstream.length, downstream.length);
 135       s.setSequence(new String(nseq));
 136       s.setStart(s.getStart() - ustream_ds);
 137       s.setEnd(s_end + downstream.length);
 138     }
 139     AlignmentI newAl = new jalview.datamodel.Alignment(
 140             sq.toArray(new SequenceI[0]));
 141     for (SequenceI s : sq)
 142     {
 143       if (s.getAnnotation() != null)
 144       {
 145         for (AlignmentAnnotation aa : s.getAnnotation())
 146         {
 147           newAl.addAnnotation(aa);
 148         }
 149       }
 150     }
 151     newAl.setDataset(core.getDataset());
 152     return newAl;
 153   }
 154
 155   /**
 156    * Returns the index (zero-based position) of a sequence in an alignment, or
 157    * -1 if not found.
 158    *
 159    * @param al
 160    * @param seq
 161    * @return
 162    */
 163   public static int getSequenceIndex(AlignmentI al, SequenceI seq)
 164   {
 165     int result = -1;
 166     int pos = 0;
 167     for (SequenceI alSeq : al.getSequences())
 168     {
 169       if (alSeq == seq)
 170       {
 171         result = pos;
 172         break;
 173       }
 174       pos++;
 175     }
 176     return result;
 177   }
 178
 179   /**
 180    * Returns a map of lists of sequences in the alignment, keyed by sequence
 181    * name. For use in mapping between different alignment views of the same
 182    * sequences.
 183    *
 184    * @see jalview.datamodel.AlignmentI#getSequencesByName()
 185    */
 186   public static Map<String, List<SequenceI>> getSequencesByName(
 187           AlignmentI al)
 188   {
 189     Map<String, List<SequenceI>> theMap = new LinkedHashMap<String, List<SequenceI>>();
 190     for (SequenceI seq : al.getSequences())
 191     {
 192       String name = seq.getName();
 193       if (name != null)
 194       {
 195         List<SequenceI> seqs = theMap.get(name);
 196         if (seqs == null)
 197         {
 198           seqs = new ArrayList<SequenceI>();
 199           theMap.put(name, seqs);
 200         }
 201         seqs.add(seq);
 202       }
 203     }
 204     return theMap;
 205   }
 206
 207   /**
 208    * Build mapping of protein to cDNA alignment. Mappings are made between
 209    * sequences where the cDNA translates to the protein sequence. Any new
 210    * mappings are added to the protein alignment. Returns true if any mappings
 211    * either already exist or were added, else false.
 212    *
 213    * @param proteinAlignment
 214    * @param cdnaAlignment
 215    * @return
 216    */
 217   public static boolean mapProteinToCdna(
 218           final AlignmentI proteinAlignment,
 219           final AlignmentI cdnaAlignment)
 220   {
 221     if (proteinAlignment == null || cdnaAlignment == null)
 222     {
 223       return false;
 224     }
 225
 226     Set<SequenceI> mappedDna = new HashSet<SequenceI>();
 227     Set<SequenceI> mappedProtein = new HashSet<SequenceI>();
 228
 229     /*
 230      * First pass - map sequences where cross-references exist. This include
 231      * 1-to-many mappings to support, for example, variant cDNA.
 232      */
 233     boolean mappingPerformed = mapProteinToCdna(proteinAlignment,
 234             cdnaAlignment, mappedDna, mappedProtein, true);
 235
 236     /*
 237      * Second pass - map sequences where no cross-references exist. This only
 238      * does 1-to-1 mappings and assumes corresponding sequences are in the same
 239      * order in the alignments.
 240      */
 241     mappingPerformed |= mapProteinToCdna(proteinAlignment, cdnaAlignment,
 242             mappedDna, mappedProtein, false);
 243     return mappingPerformed;
 244   }
 245
 246   /**
 247    * Make mappings between compatible sequences (where the cDNA translation
 248    * matches the protein).
 249    *
 250    * @param proteinAlignment
 251    * @param cdnaAlignment
 252    * @param mappedDna
 253    *          a set of mapped DNA sequences (to add to)
 254    * @param mappedProtein
 255    *          a set of mapped Protein sequences (to add to)
 256    * @param xrefsOnly
 257    *          if true, only map sequences where xrefs exist
 258    * @return
 259    */
 260   protected static boolean mapProteinToCdna(
 261           final AlignmentI proteinAlignment,
 262           final AlignmentI cdnaAlignment, Set<SequenceI> mappedDna,
 263           Set<SequenceI> mappedProtein, boolean xrefsOnly)
 264   {
 265     boolean mappingPerformed = false;
 266     List<SequenceI> thisSeqs = proteinAlignment.getSequences();
 267     for (SequenceI aaSeq : thisSeqs)
 268     {
 269       boolean proteinMapped = false;
 270       AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 271
 272       for (SequenceI cdnaSeq : cdnaAlignment.getSequences())
 273       {
 274         /*
 275          * Always try to map if sequences have xref to each other; this supports
 276          * variant cDNA or alternative splicing for a protein sequence.
 277          *
 278          * If no xrefs, try to map progressively, assuming that alignments have
 279          * mappable sequences in corresponding order. These are not
 280          * many-to-many, as that would risk mixing species with similar cDNA
 281          * sequences.
 282          */
 283         if (xrefsOnly && !CrossRef.haveCrossRef(aaSeq, cdnaSeq))
 284         {
 285           continue;
 286         }
 287
 288         /*
 289          * Don't map non-xrefd sequences more than once each. This heuristic
 290          * allows us to pair up similar sequences in ordered alignments.
 291          */
 292         if (!xrefsOnly
 293                 && (mappedProtein.contains(aaSeq) || mappedDna
 294                         .contains(cdnaSeq)))
 295         {
 296           continue;
 297         }
 298         if (!mappingExists(proteinAlignment.getCodonFrames(),
 299                 aaSeq.getDatasetSequence(), cdnaSeq.getDatasetSequence()))
 300         {
 301           MapList map = mapProteinToCdna(aaSeq, cdnaSeq);
 302           if (map != null)
 303           {
 304             acf.addMap(cdnaSeq, aaSeq, map);
 305             mappingPerformed = true;
 306             proteinMapped = true;
 307             mappedDna.add(cdnaSeq);
 308             mappedProtein.add(aaSeq);
 309           }
 310         }
 311       }
 312       if (proteinMapped)
 313       {
 314         proteinAlignment.addCodonFrame(acf);
 315       }
 316     }
 317     return mappingPerformed;
 318   }
 319
 320   /**
 321    * Answers true if the mappings include one between the given (dataset)
 322    * sequences.
 323    */
 324   public static boolean mappingExists(Set<AlignedCodonFrame> set,
 325           SequenceI aaSeq, SequenceI cdnaSeq)
 326   {
 327     if (set != null)
 328     {
 329       for (AlignedCodonFrame acf : set)
 330       {
 331         if (cdnaSeq == acf.getDnaForAaSeq(aaSeq))
 332         {
 333           return true;
 334         }
 335       }
 336     }
 337     return false;
 338   }
 339
 340   /**
 341    * Build a mapping (if possible) of a protein to a cDNA sequence. The cDNA
 342    * must be three times the length of the protein, possibly after ignoring
 343    * start and/or stop codons, and must translate to the protein. Returns null
 344    * if no mapping is determined.
 345    *
 346    * @param proteinSeqs
 347    * @param cdnaSeq
 348    * @return
 349    */
 350   public static MapList mapProteinToCdna(SequenceI proteinSeq,
 351           SequenceI cdnaSeq)
 352   {
 353     /*
 354      * Here we handle either dataset sequence set (desktop) or absent (applet).
 355      * Use only the char[] form of the sequence to avoid creating possibly large
 356      * String objects.
 357      */
 358     final SequenceI proteinDataset = proteinSeq.getDatasetSequence();
 359     char[] aaSeqChars = proteinDataset != null ? proteinDataset
 360             .getSequence() : proteinSeq.getSequence();
 361     final SequenceI cdnaDataset = cdnaSeq.getDatasetSequence();
 362     char[] cdnaSeqChars = cdnaDataset != null ? cdnaDataset.getSequence()
 363             : cdnaSeq.getSequence();
 364     if (aaSeqChars == null || cdnaSeqChars == null)
 365     {
 366       return null;
 367     }
 368
 369     /*
 370      * cdnaStart/End, proteinStartEnd are base 1 (for dataset sequence mapping)
 371      */
 372     final int mappedLength = 3 * aaSeqChars.length;
 373     int cdnaLength = cdnaSeqChars.length;
 374     int cdnaStart = 1;
 375     int cdnaEnd = cdnaLength;
 376     final int proteinStart = 1;
 377     final int proteinEnd = aaSeqChars.length;
 378
 379     /*
 380      * If lengths don't match, try ignoring stop codon.
 381      */
 382     if (cdnaLength != mappedLength && cdnaLength > 2)
 383     {
 384       String lastCodon = String.valueOf(cdnaSeqChars, cdnaLength - 3, 3)
 385               .toUpperCase();
 386       for (String stop : ResidueProperties.STOP)
 387       {
 388         if (lastCodon.equals(stop))
 389         {
 390           cdnaEnd -= 3;
 391           cdnaLength -= 3;
 392           break;
 393         }
 394       }
 395     }
 396
 397     /*
 398      * If lengths still don't match, try ignoring start codon.
 399      */
 400     if (cdnaLength != mappedLength
 401             && cdnaLength > 2
 402             && String.valueOf(cdnaSeqChars, 0, 3).toUpperCase()
 403                     .equals(
 404                     ResidueProperties.START))
 405     {
 406       cdnaStart += 3;
 407       cdnaLength -= 3;
 408     }
 409
 410     if (cdnaLength != mappedLength)
 411     {
 412       return null;
 413     }
 414     if (!translatesAs(cdnaSeqChars, cdnaStart - 1, aaSeqChars))
 415     {
 416       return null;
 417     }
 418     MapList map = new MapList(new int[]
 419     { cdnaStart, cdnaEnd }, new int[]
 420     { proteinStart, proteinEnd }, 3, 1);
 421     return map;
 422   }
 423
 424   /**
 425    * Test whether the given cdna sequence, starting at the given offset,
 426    * translates to the given amino acid sequence, using the standard translation
 427    * table. Designed to fail fast i.e. as soon as a mismatch position is found.
 428    *
 429    * @param cdnaSeqChars
 430    * @param cdnaStart
 431    * @param aaSeqChars
 432    * @return
 433    */
 434   protected static boolean translatesAs(char[] cdnaSeqChars, int cdnaStart,
 435           char[] aaSeqChars)
 436   {
 437     int aaResidue = 0;
 438     for (int i = cdnaStart; i < cdnaSeqChars.length - 2
 439             && aaResidue < aaSeqChars.length; i += 3, aaResidue++)
 440     {
 441       String codon = String.valueOf(cdnaSeqChars, i, 3);
 442       final String translated = ResidueProperties.codonTranslate(
 443               codon);
 444       /*
 445        * ? allow X in protein to match untranslatable in dna ?
 446        */
 447       final char aaRes = aaSeqChars[aaResidue];
 448       if ((translated == null || "STOP".equals(translated)) && aaRes == 'X')
 449       {
 450         continue;
 451       }
 452       if (translated == null
 453               || !(aaRes == translated.charAt(0)))
 454       {
 455         // debug
 456         System.out.println(("Mismatch at " + i + "/" + aaResidue + ": "
 457                 + codon + "(" + translated + ") != " + aaRes));
 458         return false;
 459       }
 460     }
 461     // fail if we didn't match all of the aa sequence
 462     return (aaResidue == aaSeqChars.length);
 463   }
 464
 465   /**
 466    * Align sequence 'seq' to match the alignment of a mapped sequence. Note this
 467    * currently assumes that we are aligning cDNA to match protein.
 468    *
 469    * @param seq
 470    *          the sequence to be realigned
 471    * @param al
 472    *          the alignment whose sequence alignment is to be 'copied'
 473    * @param gap
 474    *          character string represent a gap in the realigned sequence
 475    * @param preserveUnmappedGaps
 476    * @param preserveMappedGaps
 477    * @return true if the sequence was realigned, false if it could not be
 478    */
 479   public static boolean alignSequenceAs(SequenceI seq, AlignmentI al,
 480           String gap, boolean preserveMappedGaps,
 481           boolean preserveUnmappedGaps)
 482   {
 483     /*
 484      * Get any mappings from the source alignment to the target (dataset) sequence.
 485      */
 486     // TODO there may be one AlignedCodonFrame per dataset sequence, or one with
 487     // all mappings. Would it help to constrain this?
 488     List<AlignedCodonFrame> mappings = al.getCodonFrame(seq);
 489     if (mappings == null || mappings.isEmpty())
 490     {
 491       return false;
 492     }
 493
 494     /*
 495      * Locate the aligned source sequence whose dataset sequence is mapped. We
 496      * just take the first match here (as we can't align cDNA like more than one
 497      * protein sequence).
 498      */
 499     SequenceI alignFrom = null;
 500     AlignedCodonFrame mapping = null;
 501     for (AlignedCodonFrame mp : mappings)
 502     {
 503       alignFrom = mp.findAlignedSequence(seq.getDatasetSequence(), al);
 504       if (alignFrom != null)
 505       {
 506         mapping = mp;
 507         break;
 508       }
 509     }
 510
 511     if (alignFrom == null)
 512     {
 513       return false;
 514     }
 515     alignSequenceAs(seq, alignFrom, mapping, gap, al.getGapCharacter(),
 516             preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps);
 517     return true;
 518   }
 519
 520   /**
 521    * Align sequence 'alignTo' the same way as 'alignFrom', using the mapping to
 522    * match residues and codons. Flags control whether existing gaps in unmapped
 523    * (intron) and mapped (exon) regions are preserved or not. Gaps linking intro
 524    * and exon are only retained if both flags are set.
 525    *
 526    * @param alignTo
 527    * @param alignFrom
 528    * @param mapping
 529    * @param myGap
 530    * @param sourceGap
 531    * @param preserveUnmappedGaps
 532    * @param preserveMappedGaps
 533    */
 534   public static void alignSequenceAs(SequenceI alignTo,
 535           SequenceI alignFrom,
 536           AlignedCodonFrame mapping, String myGap, char sourceGap,
 537           boolean preserveMappedGaps, boolean preserveUnmappedGaps)
 538   {
 539     // TODO generalise to work for Protein-Protein, dna-dna, dna-protein
 540     final char[] thisSeq = alignTo.getSequence();
 541     final char[] thatAligned = alignFrom.getSequence();
 542     StringBuilder thisAligned = new StringBuilder(2 * thisSeq.length);
 543
 544     // aligned and dataset sequence positions, all base zero
 545     int thisSeqPos = 0;
 546     int sourceDsPos = 0;
 547
 548     int basesWritten = 0;
 549     char myGapChar = myGap.charAt(0);
 550     int ratio = myGap.length();
 551
 552     /*
 553      * Traverse the aligned protein sequence.
 554      */
 555     int sourceGapMappedLength = 0;
 556     boolean inExon = false;
 557     for (char sourceChar : thatAligned)
 558     {
 559       if (sourceChar == sourceGap)
 560       {
 561         sourceGapMappedLength += ratio;
 562         continue;
 563       }
 564
 565       /*
 566        * Found a residue. Locate its mapped codon (start) position.
 567        */
 568       sourceDsPos++;
 569       // Note mapping positions are base 1, our sequence positions base 0
 570       int[] mappedPos = mapping.getMappedRegion(alignTo, alignFrom,
 571               sourceDsPos);
 572       if (mappedPos == null)
 573       {
 574         /*
 575          * Abort realignment if unmapped protein. Or could ignore it??
 576          */
 577         System.err.println("Can't align: no codon mapping to residue "
 578                 + sourceDsPos + "(" + sourceChar + ")");
 579         return;
 580       }
 581
 582       int mappedCodonStart = mappedPos[0]; // position (1...) of codon start
 583       int mappedCodonEnd = mappedPos[mappedPos.length - 1]; // codon end pos
 584       StringBuilder trailingCopiedGap = new StringBuilder();
 585
 586       /*
 587        * Copy dna sequence up to and including this codon. Optionally, include
 588        * gaps before the codon starts (in introns) and/or after the codon starts
 589        * (in exons).
 590        *
 591        * Note this only works for 'linear' splicing, not reverse or interleaved.
 592        * But then 'align dna as protein' doesn't make much sense otherwise.
 593        */
 594       int intronLength = 0;
 595       while (basesWritten < mappedCodonEnd && thisSeqPos < thisSeq.length)
 596       {
 597         final char c = thisSeq[thisSeqPos++];
 598         if (c != myGapChar)
 599         {
 600           basesWritten++;
 601
 602           if (basesWritten < mappedCodonStart)
 603           {
 604             /*
 605              * Found an unmapped (intron) base. First add in any preceding gaps
 606              * (if wanted).
 607              */
 608             if (preserveUnmappedGaps && trailingCopiedGap.length() > 0)
 609             {
 610               thisAligned.append(trailingCopiedGap.toString());
 611               intronLength += trailingCopiedGap.length();
 612               trailingCopiedGap = new StringBuilder();
 613             }
 614             intronLength++;
 615             inExon = false;
 616           }
 617           else
 618           {
 619             final boolean startOfCodon = basesWritten == mappedCodonStart;
 620             int gapsToAdd = calculateGapsToInsert(preserveMappedGaps,
 621                     preserveUnmappedGaps, sourceGapMappedLength, inExon,
 622                     trailingCopiedGap.length(), intronLength, startOfCodon);
 623             for (int i = 0; i < gapsToAdd; i++)
 624             {
 625               thisAligned.append(myGapChar);
 626             }
 627             sourceGapMappedLength = 0;
 628             inExon = true;
 629           }
 630           thisAligned.append(c);
 631           trailingCopiedGap = new StringBuilder();
 632         }
 633         else
 634         {
 635           if (inExon && preserveMappedGaps)
 636           {
 637             trailingCopiedGap.append(myGapChar);
 638           }
 639           else if (!inExon && preserveUnmappedGaps)
 640           {
 641             trailingCopiedGap.append(myGapChar);
 642           }
 643         }
 644       }
 645     }
 646
 647     /*
 648      * At end of protein sequence. Copy any remaining dna sequence, optionally
 649      * including (intron) gaps. We do not copy trailing gaps in protein.
 650      */
 651     while (thisSeqPos < thisSeq.length)
 652     {
 653       final char c = thisSeq[thisSeqPos++];
 654       if (c != myGapChar || preserveUnmappedGaps)
 655       {
 656         thisAligned.append(c);
 657       }
 658     }
 659
 660     /*
 661      * All done aligning, set the aligned sequence.
 662      */
 663     alignTo.setSequence(new String(thisAligned));
 664   }
 665
 666   /**
 667    * Helper method to work out how many gaps to insert when realigning.
 668    *
 669    * @param preserveMappedGaps
 670    * @param preserveUnmappedGaps
 671    * @param sourceGapMappedLength
 672    * @param inExon
 673    * @param trailingCopiedGap
 674    * @param intronLength
 675    * @param startOfCodon
 676    * @return
 677    */
 678   protected static int calculateGapsToInsert(boolean preserveMappedGaps,
 679           boolean preserveUnmappedGaps, int sourceGapMappedLength,
 680           boolean inExon, int trailingGapLength,
 681           int intronLength, final boolean startOfCodon)
 682   {
 683     int gapsToAdd = 0;
 684     if (startOfCodon)
 685     {
 686       /*
 687        * Reached start of codon. Ignore trailing gaps in intron unless we are
 688        * preserving gaps in both exon and intron. Ignore them anyway if the
 689        * protein alignment introduces a gap at least as large as the intronic
 690        * region.
 691        */
 692       if (inExon && !preserveMappedGaps)
 693       {
 694         trailingGapLength = 0;
 695       }
 696       if (!inExon && !(preserveMappedGaps && preserveUnmappedGaps))
 697       {
 698         trailingGapLength = 0;
 699       }
 700       if (inExon)
 701       {
 702         gapsToAdd = Math.max(sourceGapMappedLength, trailingGapLength);
 703       }
 704       else
 705       {
 706         if (intronLength + trailingGapLength <= sourceGapMappedLength)
 707         {
 708           gapsToAdd = sourceGapMappedLength - intronLength;
 709         }
 710         else
 711         {
 712           gapsToAdd = Math.min(intronLength + trailingGapLength
 713                   - sourceGapMappedLength, trailingGapLength);
 714         }
 715       }
 716     }
 717     else
 718     {
 719       /*
 720        * second or third base of codon; check for any gaps in dna
 721        */
 722       if (!preserveMappedGaps)
 723       {
 724         trailingGapLength = 0;
 725       }
 726       gapsToAdd = Math.max(sourceGapMappedLength, trailingGapLength);
 727     }
 728     return gapsToAdd;
 729   }
 730
 731   /**
 732    * Returns a list of sequences mapped from the given sequences and aligned
 733    * (gapped) in the same way. For example, the cDNA for aligned protein, where
 734    * a single gap in protein generates three gaps in cDNA.
 735    *
 736    * @param sequences
 737    * @param gapCharacter
 738    * @param mappings
 739    * @return
 740    */
 741   public static List<SequenceI> getAlignedTranslation(
 742           List<SequenceI> sequences, char gapCharacter,
 743           Set<AlignedCodonFrame> mappings)
 744   {
 745     List<SequenceI> alignedSeqs = new ArrayList<SequenceI>();
 746
 747     for (SequenceI seq : sequences)
 748     {
 749       List<SequenceI> mapped = getAlignedTranslation(seq, gapCharacter,
 750               mappings);
 751       alignedSeqs.addAll(mapped);
 752     }
 753     return alignedSeqs;
 754   }
 755
 756   /**
 757    * Returns sequences aligned 'like' the source sequence, as mapped by the
 758    * given mappings. Normally we expect zero or one 'mapped' sequences, but this
 759    * will support 1-to-many as well.
 760    *
 761    * @param seq
 762    * @param gapCharacter
 763    * @param mappings
 764    * @return
 765    */
 766   protected static List<SequenceI> getAlignedTranslation(SequenceI seq,
 767           char gapCharacter, Set<AlignedCodonFrame> mappings)
 768   {
 769     List<SequenceI> result = new ArrayList<SequenceI>();
 770     for (AlignedCodonFrame mapping : mappings)
 771     {
 772       if (mapping.involvesSequence(seq))
 773       {
 774         SequenceI mapped = getAlignedTranslation(seq, gapCharacter, mapping);
 775         if (mapped != null)
 776         {
 777           result.add(mapped);
 778         }
 779       }
 780     }
 781     return result;
 782   }
 783
 784   /**
 785    * Returns the translation of 'seq' (as held in the mapping) with
 786    * corresponding alignment (gaps).
 787    *
 788    * @param seq
 789    * @param gapCharacter
 790    * @param mapping
 791    * @return
 792    */
 793   protected static SequenceI getAlignedTranslation(SequenceI seq,
 794           char gapCharacter, AlignedCodonFrame mapping)
 795   {
 796     String gap = String.valueOf(gapCharacter);
 797     boolean toDna = false;
 798     int fromRatio = 1;
 799     SequenceI mapTo = mapping.getDnaForAaSeq(seq);
 800     if (mapTo != null)
 801     {
 802       // mapping is from protein to nucleotide
 803       toDna = true;
 804       // should ideally get gap count ratio from mapping
 805       gap = String.valueOf(new char[]
 806       { gapCharacter, gapCharacter, gapCharacter });
 807     }
 808     else
 809     {
 810       // mapping is from nucleotide to protein
 811       mapTo = mapping.getAaForDnaSeq(seq);
 812       fromRatio = 3;
 813     }
 814     StringBuilder newseq = new StringBuilder(seq.getLength()
 815             * (toDna ? 3 : 1));
 816
 817     int residueNo = 0; // in seq, base 1
 818     int[] phrase = new int[fromRatio];
 819     int phraseOffset = 0;
 820     int gapWidth = 0;
 821     boolean first = true;
 822     final Sequence alignedSeq = new Sequence("", "");
 823
 824     for (char c : seq.getSequence())
 825     {
 826       if (c == gapCharacter)
 827       {
 828         gapWidth++;
 829         if (gapWidth >= fromRatio)
 830         {
 831           newseq.append(gap);
 832           gapWidth = 0;
 833         }
 834       }
 835       else
 836       {
 837         phrase[phraseOffset++] = residueNo + 1;
 838         if (phraseOffset == fromRatio)
 839         {
 840           /*
 841            * Have read a whole codon (or protein residue), now translate: map
 842            * source phrase to positions in target sequence add characters at
 843            * these positions to newseq Note mapping positions are base 1, our
 844            * sequence positions base 0.
 845            */
 846           SearchResults sr = new SearchResults();
 847           for (int pos : phrase)
 848           {
 849             mapping.markMappedRegion(seq, pos, sr);
 850           }
 851           newseq.append(sr.toString());
 852           if (first)
 853           {
 854             first = false;
 855             // Hack: Copy sequence dataset, name and description from
 856             // SearchResults.match[0].sequence
 857             // TODO? carry over sequence names from original 'complement'
 858             // alignment
 859             SequenceI mappedTo = sr.getResultSequence(0);
 860             alignedSeq.setName(mappedTo.getName());
 861             alignedSeq.setDescription(mappedTo.getDescription());
 862             alignedSeq.setDatasetSequence(mappedTo);
 863           }
 864           phraseOffset = 0;
 865         }
 866         residueNo++;
 867       }
 868     }
 869     alignedSeq.setSequence(newseq.toString());
 870     return alignedSeq;
 871   }
 872
 873   /**
 874    * Realigns the given protein to match the alignment of the dna, using codon
 875    * mappings to translate aligned codon positions to protein residues.
 876    *
 877    * @param protein
 878    *          the alignment whose sequences are realigned by this method
 879    * @param dna
 880    *          the dna alignment whose alignment we are 'copying'
 881    * @return the number of sequences that were realigned
 882    */
 883   public static int alignProteinAsDna(AlignmentI protein, AlignmentI dna)
 884   {
 885     Set<AlignedCodonFrame> mappings = protein.getCodonFrames();
 886
 887     /*
 888      * Map will hold, for each aligned codon position e.g. [3, 5, 6], a map of
 889      * {dnaSequence, {proteinSequence, codonProduct}} at that position. The
 890      * comparator keeps the codon positions ordered.
 891      */
 892     Map<AlignedCodon, Map<SequenceI, String>> alignedCodons = new TreeMap<AlignedCodon, Map<SequenceI, String>>(
 893             new CodonComparator());
 894     for (SequenceI dnaSeq : dna.getSequences())
 895     {
 896       for (AlignedCodonFrame mapping : mappings)
 897       {
 898         Mapping seqMap = mapping.getMappingForSequence(dnaSeq);
 899         SequenceI prot = mapping.findAlignedSequence(
 900                 dnaSeq.getDatasetSequence(), protein);
 901         if (prot != null)
 902         {
 903           addCodonPositions(dnaSeq, prot, protein.getGapCharacter(),
 904                   seqMap, alignedCodons);
 905         }
 906       }
 907     }
 908     return alignProteinAs(protein, alignedCodons);
 909   }
 910
 911   /**
 912    * Update the aligned protein sequences to match the codon alignments given in
 913    * the map.
 914    *
 915    * @param protein
 916    * @param alignedCodons
 917    *          an ordered map of codon positions (columns), with sequence/peptide
 918    *          values present in each column
 919    * @return
 920    */
 921   protected static int alignProteinAs(AlignmentI protein,
 922           Map<AlignedCodon, Map<SequenceI, String>> alignedCodons)
 923   {
 924     /*
 925      * Prefill aligned sequences with gaps before inserting aligned protein
 926      * residues.
 927      */
 928     int alignedWidth = alignedCodons.size();
 929     char[] gaps = new char[alignedWidth];
 930     Arrays.fill(gaps, protein.getGapCharacter());
 931     String allGaps = String.valueOf(gaps);
 932     for (SequenceI seq : protein.getSequences())
 933     {
 934       seq.setSequence(allGaps);
 935     }
 936
 937     int column = 0;
 938     for (AlignedCodon codon : alignedCodons.keySet())
 939     {
 940       final Map<SequenceI, String> columnResidues = alignedCodons.get(codon);
 941       for (Entry<SequenceI, String> entry : columnResidues
 942               .entrySet())
 943       {
 944         // place translated codon at its column position in sequence
 945         entry.getKey().getSequence()[column] = entry.getValue().charAt(0);
 946       }
 947       column++;
 948     }
 949     return 0;
 950   }
 951
 952   /**
 953    * Populate the map of aligned codons by traversing the given sequence
 954    * mapping, locating the aligned positions of mapped codons, and adding those
 955    * positions and their translation products to the map.
 956    *
 957    * @param dna
 958    *          the aligned sequence we are mapping from
 959    * @param protein
 960    *          the sequence to be aligned to the codons
 961    * @param gapChar
 962    *          the gap character in the dna sequence
 963    * @param seqMap
 964    *          a mapping to a sequence translation
 965    * @param alignedCodons
 966    *          the map we are building up
 967    */
 968   static void addCodonPositions(SequenceI dna, SequenceI protein,
 969           char gapChar,
 970           Mapping seqMap,
 971           Map<AlignedCodon, Map<SequenceI, String>> alignedCodons)
 972   {
 973     Iterator<AlignedCodon> codons = seqMap.getCodonIterator(dna, gapChar);
 974     while (codons.hasNext())
 975     {
 976       AlignedCodon codon = codons.next();
 977       Map<SequenceI, String> seqProduct = alignedCodons.get(codon);
 978       if (seqProduct == null)
 979       {
 980         seqProduct = new HashMap<SequenceI, String>();
 981         alignedCodons.put(codon, seqProduct);
 982       }
 983       seqProduct.put(protein, codon.product);
 984     }
 985   }
 986
 987   /**
 988    * Returns true if a cDNA/Protein mapping either exists, or could be made,
 989    * between at least one pair of sequences in the two alignments. Currently,
 990    * the logic is:
 991    * <ul>
 992    * <li>One alignment must be nucleotide, and the other protein</li>
 993    * <li>At least one pair of sequences must be already mapped, or mappable</li>
 994    * <li>Mappable means the nucleotide translation matches the protein sequence</li>
 995    * <li>The translation may ignore start and stop codons if present in the
 996    * nucleotide</li>
 997    * </ul>
 998    *
 999    * @param al1
1000    * @param al2
1001    * @return
1002    */
1003   public static boolean isMappable(AlignmentI al1, AlignmentI al2)
1004   {
1005     /*
1006      * Require one nucleotide and one protein
1007      */
1008     if (al1.isNucleotide() == al2.isNucleotide())
1009     {
1010       return false;
1011     }
1012     AlignmentI dna = al1.isNucleotide() ? al1 : al2;
1013     AlignmentI protein = dna == al1 ? al2 : al1;
1014     Set<AlignedCodonFrame> mappings = protein.getCodonFrames();
1015     for (SequenceI dnaSeq : dna.getSequences())
1016     {
1017       for (SequenceI proteinSeq : protein.getSequences())
1018       {
1019         if (isMappable(dnaSeq, proteinSeq, mappings))
1020         {
1021           return true;
1022         }
1023       }
1024     }
1025     return false;
1026   }
1027
1028   /**
1029    * Returns true if the dna sequence is mapped, or could be mapped, to the
1030    * protein sequence.
1031    *
1032    * @param dnaSeq
1033    * @param proteinSeq
1034    * @param mappings
1035    * @return
1036    */
1037   public static boolean isMappable(SequenceI dnaSeq, SequenceI proteinSeq,
1038           Set<AlignedCodonFrame> mappings)
1039   {
1040     SequenceI dnaDs = dnaSeq.getDatasetSequence() == null ? dnaSeq : dnaSeq.getDatasetSequence();
1041     SequenceI proteinDs = proteinSeq.getDatasetSequence() == null ? proteinSeq
1042             : proteinSeq.getDatasetSequence();
1043
1044     /*
1045      * Already mapped?
1046      */
1047     for (AlignedCodonFrame mapping : mappings) {
1048       if ( proteinDs == mapping.getAaForDnaSeq(dnaDs)) {
1049         return true;
1050       }
1051     }
1052
1053     /*
1054      * Just try to make a mapping (it is not yet stored), test whether
1055      * successful.
1056      */
1057     return mapProteinToCdna(proteinDs, dnaDs) != null;
1058   }
1059 }