src/jalview/analysis/AverageDistanceTree.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
   4 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
   5 import jalview.datamodel.SequenceNode;
   6 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
   7
   8 public class AverageDistanceTree extends TreeBuilder
   9 {
  10   /**
  11    * Constructor
  12    *
  13    * @param av
  14    * @param sm
  15    * @param scoreParameters
  16    */
  17   public AverageDistanceTree(AlignmentViewport av, ScoreModelI sm,
  18           SimilarityParamsI scoreParameters)
  19   {
  20     super(av, sm, scoreParameters);
  21   }
  22
  23   /**
  24    * Calculates and saves the distance between the combination of cluster(i) and
  25    * cluster(j) and all other clusters. An average of the distances from
  26    * cluster(i) and cluster(j) is calculated, weighted by the sizes of each
  27    * cluster.
  28    *
  29    * @param i
  30    * @param j
  31    */
  32   @Override
  33   protected void findClusterDistance(int i, int j)
  34   {
  35     int noi = clusters.elementAt(i).cardinality();
  36     int noj = clusters.elementAt(j).cardinality();
  37
  38     // New distances from cluster i to others
  39     double[] newdist = new double[noseqs];
  40
  41     for (int l = 0; l < noseqs; l++)
  42     {
  43       if ((l != i) && (l != j))
  44       {
  45         newdist[l] = ((distances.getValue(i, l) * noi) + (distances
  46                 .getValue(j, l) * noj)) / (noi + noj);
  47       }
  48       else
  49       {
  50         newdist[l] = 0;
  51       }
  52     }
  53
  54     for (int ii = 0; ii < noseqs; ii++)
  55     {
  56       distances.setValue(i, ii, newdist[ii]);
  57       distances.setValue(ii, i, newdist[ii]);
  58     }
  59   }
  60
  61   /**
  62    * Returns the minimum distance between two clusters, and also sets the
  63    * indices of the clusters in fields mini and minj
  64    *
  65    * @return DOCUMENT ME!
  66    */
  67   @Override
  68   protected double findMinDistance()
  69   {
  70     double min = Double.MAX_VALUE;
  71
  72     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  73     {
  74       for (int j = i + 1; j < noseqs; j++)
  75       {
  76         if (!done.get(i) && !done.get(j))
  77         {
  78           if (distances.getValue(i, j) < min)
  79           {
  80             mini = i;
  81             minj = j;
  82
  83             min = distances.getValue(i, j);
  84           }
  85         }
  86       }
  87     }
  88     return min;
  89   }
  90
  91   /**
  92    * DOCUMENT ME!
  93    *
  94    * @param tmpi
  95    *          DOCUMENT ME!
  96    * @param tmpj
  97    *          DOCUMENT ME!
  98    * @param dist
  99    *          DOCUMENT ME!
 100    */
 101   @Override
 102   protected void findNewDistances(SequenceNode tmpi, SequenceNode tmpj,
 103           double dist)
 104   {
 105     double ih = 0;
 106     double jh = 0;
 107
 108     SequenceNode sni = tmpi;
 109     SequenceNode snj = tmpj;
 110
 111     while (sni != null)
 112     {
 113       ih = ih + sni.dist;
 114       sni = (SequenceNode) sni.left();
 115     }
 116
 117     while (snj != null)
 118     {
 119       jh = jh + snj.dist;
 120       snj = (SequenceNode) snj.left();
 121     }
 122
 123     tmpi.dist = ((dist / 2) - ih);
 124     tmpj.dist = ((dist / 2) - jh);
 125   }
 126
 127 }