src/jalview/analysis/Connectivity.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 //import jalview.datamodel.AlignmentView;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.Desktop;
  27 import jalview.gui.JvOptionPane;
  28 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  29
  30 import java.util.Comparator;
  31 import java.util.Hashtable;
  32 import java.util.HashSet;
  33 import java.util.TreeSet;
  34
  35 /**
  36  * @Author MorellThomas
  37  */
  38
  39 public class Connectivity
  40 {
  41
  42   /**
  43    * Returns the number of unique connections for each sequence
  44    * only connections with a score of above 0 count
  45    *
  46    * @param av sequences
  47    * @param scores alignment scores
  48    *
  49    * @return connectivity
  50    */
  51   public static Hashtable<SequenceI, Integer> getConnectivity(AlignmentViewport av, float[][] scores, byte dim) throws RuntimeException
  52   {
  53     boolean isSelection = av.getSelectionGroup() != null && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
  54     SequenceI[] sequences;
  55     if (isSelection)
  56     {
  57       sequences = (SequenceI[]) av.getAlignmentView(isSelection).getAlignmentAndHiddenColumns(av.getGapCharacter())[0];
  58     } else {
  59       sequences = av.getAlignment().getSequencesArray();
  60     }
  61
  62     Hashtable<SequenceI, Integer> connectivity = new Hashtable<SequenceI, Integer>();
  63     // for each unique connection
  64     for (int i = 0; i < sequences.length; i++)
  65     {
  66       connectivity.putIfAbsent(sequences[i], 0);
  67       for (int j = 0; j < i; j++)
  68       {
  69         connectivity.putIfAbsent(sequences[j], 0);
  70         int iOld = connectivity.get(sequences[i]);
  71         int jOld = connectivity.get(sequences[j]);
  72         // count the connection if its score is not NaN
  73 //System.out.println(String.format("%s - %s : %f", sequences[i].getName(), sequences[j].getName(), scores[i][j]));
  74         if (!Float.isNaN(scores[i][j]))
  75         {
  76           connectivity.put(sequences[i], ++iOld);
  77           connectivity.put(sequences[j], ++jOld);
  78         }
  79       }
  80     }
  81
  82     // if a sequence has too few connections, abort
  83     connectivity.forEach((sequence, connection) ->
  84     {
  85       System.out.println(String.format("%s: %d", sequence.getName(), connection));
  86       if (connection < dim)
  87       {
  88         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, String.format("Insufficient number of connections for %s (%d, should be %d or more)", sequence.getName(), connection, dim), "Connectivity Error", JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  89         throw new ConnectivityException(sequence.getName(), connection, dim);
  90       }
  91     } );
  92
  93     return connectivity;
  94   }
  95
  96 }