src/jalview/analysis/Connectivity.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 //import jalview.datamodel.AlignmentView;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  27
  28 import java.util.Hashtable;
  29
  30 /**
  31  * @Author MorellThomas
  32  */
  33
  34 public class Connectivity
  35 {
  36
  37   /**
  38    * Returns the number of unique connections for each sequence
  39    * only connections with a score of above 0 count
  40    *
  41    * @param av sequences
  42    * @param scores alignment scores
  43    *
  44    * @return connectivity
  45    */
  46   public static Hashtable<SequenceI, Integer> getConnectivity(AlignmentViewport av, float[][] scores, byte dim) throws RuntimeException
  47   {
  48     boolean isSelection = av.getSelectionGroup() != null && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
  49     SequenceI[] sequences;
  50     if (isSelection)
  51     {
  52       sequences = (SequenceI[]) av.getAlignmentView(isSelection).getAlignmentAndHiddenColumns(av.getGapCharacter())[0];
  53     } else {
  54       sequences = av.getAlignment().getSequencesArray();
  55     }
  56
  57     Hashtable<SequenceI, Integer> connectivity = new Hashtable<SequenceI, Integer>();
  58     // for each unique connection
  59     for (int i = 0; i < sequences.length; i++)
  60     {
  61       connectivity.putIfAbsent(sequences[i], 0);
  62       for (int j = 0; j < i; j++)
  63       {
  64         connectivity.putIfAbsent(sequences[j], 0);
  65         int iOld = connectivity.get(sequences[i]);
  66         int jOld = connectivity.get(sequences[j]);
  67         // count the connection if its score is not NaN
  68         if (!Float.isNaN(scores[i][j]))
  69         {
  70           connectivity.put(sequences[i], ++iOld);
  71           connectivity.put(sequences[j], ++jOld);
  72         }
  73       }
  74     }
  75
  76     // if a sequence has too few connections, abort
  77     connectivity.forEach((sequence, connection) ->
  78     {
  79       System.out.println(String.format("%s: %d", sequence.getName(), connection));
  80       if (connection < dim)
  81       {
  82         // a popup saying that it failed would be nice
  83         throw new ConnectivityException(sequence.getName(), connection, dim);
  84       }
  85     } );
  86
  87     return connectivity;
  88   }
  89
  90 }