src/jalview/analysis/Conservation.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.Annotation;
  27 import jalview.datamodel.ResidueCount;
  28 import jalview.datamodel.ResidueCount.SymbolCounts;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  32 import jalview.util.Comparison;
  33
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.util.List;
  36 import java.util.Map;
  37 import java.util.Map.Entry;
  38 import java.util.SortedMap;
  39 import java.util.TreeMap;
  40 import java.util.Vector;
  41
  42 /**
  43  * Calculates conservation values for a given set of sequences
  44  */
  45 public class Conservation
  46 {
  47   /*
  48    * need to have a minimum of 3% of sequences with a residue
  49    * for it to be included in the conservation calculation
  50    */
  51   private static final int THRESHOLD_PERCENT = 3;
  52
  53   private static final int TOUPPERCASE = 'a' - 'A';
  54
  55   private static final int GAP_INDEX = -1;
  56
  57   SequenceI[] sequences;
  58
  59   int start;
  60
  61   int end;
  62
  63   /*
  64    * a list whose i'th element is an array whose first entry is the checksum
  65    * of the i'th sequence, followed by residues encoded to score matrix index
  66    */
  67   Vector<int[]> seqNums;
  68
  69   int maxLength = 0; // used by quality calcs
  70
  71   boolean seqNumsChanged = false; // updated after any change via calcSeqNum;
  72
  73   /*
  74    * a map per column with {property, conservation} where conservation value is
  75    * 1 (property is conserved), 0 (absence of property is conserved) or -1
  76    * (property is not conserved i.e. column has residues with and without it)
  77    */
  78   Map<String, Integer>[] total;
  79
  80   /*
  81    * if true then conservation calculation will map all symbols to canonical aa
  82    * numbering rather than consider conservation of that symbol
  83    */
  84   boolean canonicaliseAa = true;
  85
  86   private Vector<Double> quality;
  87
  88   private double qualityMinimum;
  89
  90   private double qualityMaximum;
  91
  92   private Sequence consSequence;
  93
  94   /*
  95    * percentage of residues in a column to qualify for counting conservation
  96    */
  97   private int threshold;
  98
  99   private String name = "";
 100
 101   /*
 102    * an array, for each column, of counts of symbols (by score matrix index)
 103    */
 104   private int[][] cons2;
 105
 106   /*
 107    * gap counts for each column
 108    */
 109   private int[] cons2GapCounts;
 110
 111   private String[] consSymbs;
 112
 113   /**
 114    * Constructor using default threshold of 3%
 115    *
 116    * @param name
 117    *          Name of conservation
 118    * @param sequences
 119    *          sequences to be used in calculation
 120    * @param start
 121    *          start residue position
 122    * @param end
 123    *          end residue position
 124    */
 125   public Conservation(String name, List<SequenceI> sequences, int start,
 126           int end)
 127   {
 128     this(name, THRESHOLD_PERCENT, sequences, start, end);
 129   }
 130
 131   /**
 132    * Constructor
 133    *
 134    * @param name
 135    *          Name of conservation
 136    * @param threshold
 137    *          percentage of sequences at or below which property conservation is
 138    *          ignored
 139    * @param sequences
 140    *          sequences to be used in calculation
 141    * @param start
 142    *          start column position
 143    * @param end
 144    *          end column position
 145    */
 146   public Conservation(String name, int threshold, List<SequenceI> sequences,
 147           int start, int end)
 148   {
 149     this.name = name;
 150     this.threshold = threshold;
 151     this.start = start;
 152     this.end = end;
 153
 154     maxLength = end - start + 1; // default width includes bounds of
 155     // calculation
 156
 157     int s, sSize = sequences.size();
 158     SequenceI[] sarray = new SequenceI[sSize];
 159     this.sequences = sarray;
 160     try
 161     {
 162       for (s = 0; s < sSize; s++)
 163       {
 164         sarray[s] = sequences.get(s);
 165         if (sarray[s].getLength() > maxLength)
 166         {
 167           maxLength = sarray[s].getLength();
 168         }
 169       }
 170     } catch (ArrayIndexOutOfBoundsException ex)
 171     {
 172       // bail - another thread has modified the sequence array, so the current
 173       // calculation is probably invalid.
 174       this.sequences = new SequenceI[0];
 175       maxLength = 0;
 176     }
 177   }
 178
 179   /**
 180    * Translate sequence i into score matrix indices and store it in the i'th
 181    * position of the seqNums array.
 182    *
 183    * @param i
 184    * @param sm
 185    */
 186   private void calcSeqNum(int i, ScoreMatrix sm)
 187   {
 188     int sSize = sequences.length;
 189
 190     if ((i > -1) && (i < sSize))
 191     {
 192       String sq = sequences[i].getSequenceAsString();
 193
 194       if (seqNums.size() <= i)
 195       {
 196         seqNums.addElement(new int[sq.length() + 1]);
 197       }
 198
 199       /*
 200        * the first entry in the array is the sequence's hashcode,
 201        * following entries are matrix indices of sequence characters
 202        */
 203       if (sq.hashCode() != seqNums.elementAt(i)[0])
 204       {
 205         int j;
 206         int len;
 207         seqNumsChanged = true;
 208         len = sq.length();
 209
 210         if (maxLength < len)
 211         {
 212           maxLength = len;
 213         }
 214
 215         int[] sqnum = new int[len + 1]; // better to always make a new array -
 216         // sequence can change its length
 217         sqnum[0] = sq.hashCode();
 218
 219         for (j = 1; j <= len; j++)
 220         {
 221           // sqnum[j] = ResidueProperties.aaIndex[sq.charAt(j - 1)];
 222           char residue = sq.charAt(j - 1);
 223           if (Comparison.isGap(residue))
 224           {
 225             sqnum[j] = GAP_INDEX;
 226           }
 227           else
 228           {
 229             sqnum[j] = sm.getMatrixIndex(residue);
 230             if (sqnum[j] == -1)
 231             {
 232               sqnum[j] = GAP_INDEX;
 233             }
 234           }
 235         }
 236
 237         seqNums.setElementAt(sqnum, i);
 238       }
 239       else
 240       {
 241         System.out.println("SEQUENCE HAS BEEN DELETED!!!");
 242       }
 243     }
 244     else
 245     {
 246       // JBPNote INFO level debug
 247       System.err.println(
 248               "ERROR: calcSeqNum called with out of range sequence index for Alignment\n");
 249     }
 250   }
 251
 252   /**
 253    * Calculates the conservation values for given set of sequences
 254    */
 255   public void calculate()
 256   {
 257     int height = sequences.length;
 258
 259     total = new Map[maxLength];
 260
 261     for (int column = start; column <= end; column++)
 262     {
 263       ResidueCount values = countResidues(column);
 264
 265       /*
 266        * percentage count at or below which we ignore residues
 267        */
 268       int thresh = (threshold * height) / 100;
 269
 270       /*
 271        * check observed residues in column and record whether each
 272        * physico-chemical property is conserved (+1), absence conserved (0),
 273        * or not conserved (-1)
 274        * Using TreeMap means properties are displayed in alphabetical order
 275        */
 276       SortedMap<String, Integer> resultHash = new TreeMap<>();
 277       SymbolCounts symbolCounts = values.getSymbolCounts();
 278       char[] symbols = symbolCounts.symbols;
 279       int[] counts = symbolCounts.values;
 280       for (int j = 0; j < symbols.length; j++)
 281       {
 282         char c = symbols[j];
 283         if (counts[j] > thresh)
 284         {
 285           recordConservation(resultHash, String.valueOf(c));
 286         }
 287       }
 288       if (values.getGapCount() > thresh)
 289       {
 290         recordConservation(resultHash, "-");
 291       }
 292
 293       if (total.length > 0)
 294       {
 295         total[column - start] = resultHash;
 296       }
 297     }
 298   }
 299
 300   /**
 301    * Updates the conservation results for an observed residue
 302    *
 303    * @param resultMap
 304    *          a map of {property, conservation} where conservation value is +1
 305    *          (all residues have the property), 0 (no residue has the property)
 306    *          or -1 (some do, some don't)
 307    * @param res
 308    */
 309   protected static void recordConservation(Map<String, Integer> resultMap,
 310           String res)
 311   {
 312     res = res.toUpperCase();
 313     for (Entry<String, Map<String, Integer>> property : ResidueProperties.propHash
 314             .entrySet())
 315     {
 316       String propertyName = property.getKey();
 317       Integer residuePropertyValue = property.getValue().get(res);
 318
 319       if (!resultMap.containsKey(propertyName))
 320       {
 321         /*
 322          * first time we've seen this residue - note whether it has this property
 323          */
 324         if (residuePropertyValue != null)
 325         {
 326           resultMap.put(propertyName, residuePropertyValue);
 327         }
 328         else
 329         {
 330           /*
 331            * unrecognised residue - use default value for property
 332            */
 333           resultMap.put(propertyName, property.getValue().get("-"));
 334         }
 335       }
 336       else
 337       {
 338         Integer currentResult = resultMap.get(propertyName);
 339         if (currentResult.intValue() != -1
 340                 && !currentResult.equals(residuePropertyValue))
 341         {
 342           /*
 343            * property is unconserved - residues seen both with and without it
 344            */
 345           resultMap.put(propertyName, Integer.valueOf(-1));
 346         }
 347       }
 348     }
 349   }
 350
 351   /**
 352    * Counts residues (upper-cased) and gaps in the given column
 353    *
 354    * @param column
 355    * @return
 356    */
 357   protected ResidueCount countResidues(int column)
 358   {
 359     ResidueCount values = new ResidueCount(false);
 360
 361     for (int row = 0; row < sequences.length; row++)
 362     {
 363       if (sequences[row].getLength() > column)
 364       {
 365         char c = sequences[row].getCharAt(column);
 366         if (canonicaliseAa)
 367         {
 368           int index = ResidueProperties.aaIndex[c];
 369           c = index > 20 ? '-' : ResidueProperties.aa[index].charAt(0);
 370         }
 371         else
 372         {
 373           c = toUpperCase(c);
 374         }
 375         if (Comparison.isGap(c))
 376         {
 377           values.addGap();
 378         }
 379         else
 380         {
 381           values.add(c);
 382         }
 383       }
 384       else
 385       {
 386         values.addGap();
 387       }
 388     }
 389     return values;
 390   }
 391
 392   /**
 393    * Counts conservation and gaps for a column of the alignment
 394    *
 395    * @return { 1 if fully conserved, else 0, gap count }
 396    */
 397   public int[] countConservationAndGaps(int column)
 398   {
 399     int gapCount = 0;
 400     boolean fullyConserved = true;
 401     int iSize = sequences.length;
 402
 403     if (iSize == 0)
 404     {
 405       return new int[] { 0, 0 };
 406     }
 407
 408     char lastRes = '0';
 409     for (int i = 0; i < iSize; i++)
 410     {
 411       if (column >= sequences[i].getLength())
 412       {
 413         gapCount++;
 414         continue;
 415       }
 416
 417       char c = sequences[i].getCharAt(column); // gaps do not have upper/lower
 418                                                // case
 419
 420       if (Comparison.isGap((c)))
 421       {
 422         gapCount++;
 423       }
 424       else
 425       {
 426         c = toUpperCase(c);
 427         if (lastRes == '0')
 428         {
 429           lastRes = c;
 430         }
 431         if (c != lastRes)
 432         {
 433           fullyConserved = false;
 434         }
 435       }
 436     }
 437
 438     int[] r = new int[] { fullyConserved ? 1 : 0, gapCount };
 439     return r;
 440   }
 441
 442   /**
 443    * Returns the upper-cased character if between 'a' and 'z', else the
 444    * unchanged value
 445    *
 446    * @param c
 447    * @return
 448    */
 449   char toUpperCase(char c)
 450   {
 451     if ('a' <= c && c <= 'z')
 452     {
 453       c -= TOUPPERCASE;
 454     }
 455     return c;
 456   }
 457
 458   /**
 459    * Calculates the conservation sequence
 460    *
 461    * @param positiveOnly
 462    *          if true, calculate positive conservation; else calculate both
 463    *          positive and negative conservation
 464    * @param maxPercentageGaps
 465    *          the percentage of gaps in a column, at or above which no
 466    *          conservation is asserted
 467    */
 468   public void verdict(boolean positiveOnly, float maxPercentageGaps)
 469   {
 470     // TODO call this at the end of calculate(), should not be a public method
 471
 472     StringBuilder consString = new StringBuilder(end);
 473
 474     // NOTE THIS SHOULD CHECK IF THE CONSEQUENCE ALREADY
 475     // EXISTS AND NOT OVERWRITE WITH '-', BUT THIS CASE
 476     // DOES NOT EXIST IN JALVIEW 2.1.2
 477     for (int i = 0; i < start; i++)
 478     {
 479       consString.append('-');
 480     }
 481     consSymbs = new String[end - start + 1];
 482     for (int i = start; i <= end; i++)
 483     {
 484       int[] gapcons = countConservationAndGaps(i);
 485       boolean fullyConserved = gapcons[0] == 1;
 486       int totGaps = gapcons[1];
 487       float pgaps = (totGaps * 100f) / sequences.length;
 488
 489       if (maxPercentageGaps > pgaps)
 490       {
 491         Map<String, Integer> resultHash = total[i - start];
 492         int count = 0;
 493         StringBuilder positives = new StringBuilder(64);
 494         StringBuilder negatives = new StringBuilder(32);
 495         for (String type : resultHash.keySet())
 496         {
 497           int result = resultHash.get(type).intValue();
 498           if (result == -1)
 499           {
 500             /*
 501              * not conserved (present or absent)
 502              */
 503             continue;
 504           }
 505           count++;
 506           if (result == 1)
 507           {
 508             /*
 509              * positively conserved property (all residues have it)
 510              */
 511             positives.append(positives.length() == 0 ? "" : " ");
 512             positives.append(type);
 513           }
 514           if (result == 0 && !positiveOnly)
 515           {
 516             /*
 517              * absense of property is conserved (all residues lack it)
 518              */
 519             negatives.append(negatives.length() == 0 ? "" : " ");
 520             negatives.append("!").append(type);
 521           }
 522         }
 523         if (negatives.length() > 0)
 524         {
 525           positives.append(" ").append(negatives);
 526         }
 527         consSymbs[i - start] = positives.toString();
 528
 529         if (count < 10)
 530         {
 531           consString.append(count); // Conserved props!=Identity
 532         }
 533         else
 534         {
 535           consString.append(fullyConserved ? "*" : "+");
 536         }
 537       }
 538       else
 539       {
 540         consString.append('-');
 541       }
 542     }
 543
 544     consSequence = new Sequence(name, consString.toString(), start, end);
 545   }
 546
 547   /**
 548    *
 549    *
 550    * @return Conservation sequence
 551    */
 552   public SequenceI getConsSequence()
 553   {
 554     return consSequence;
 555   }
 556
 557   // From Alignment.java in jalview118
 558   public void findQuality()
 559   {
 560     findQuality(0, maxLength - 1, ScoreModels.getInstance().getBlosum62());
 561   }
 562
 563   /**
 564    * DOCUMENT ME!
 565    *
 566    * @param sm
 567    */
 568   private void percentIdentity(ScoreMatrix sm)
 569   {
 570     seqNums = new Vector<>();
 571     int i = 0, iSize = sequences.length;
 572     // Do we need to calculate this again?
 573     for (i = 0; i < iSize; i++)
 574     {
 575       calcSeqNum(i, sm);
 576     }
 577
 578     if ((cons2 == null) || seqNumsChanged)
 579     {
 580       // FIXME remove magic number 24 without changing calc
 581       // sm.getSize() returns 25 so doesn't quite do it...
 582       cons2 = new int[maxLength][24];
 583       cons2GapCounts = new int[maxLength];
 584
 585       int j = 0;
 586
 587       while (j < sequences.length)
 588       {
 589         int[] sqnum = seqNums.elementAt(j);
 590
 591         for (i = 1; i < sqnum.length; i++)
 592         {
 593           int index = sqnum[i];
 594           if (index == GAP_INDEX)
 595           {
 596             cons2GapCounts[i - 1]++;
 597           }
 598           else
 599           {
 600             cons2[i - 1][index]++;
 601           }
 602         }
 603
 604         // TODO should this start from sqnum.length?
 605         for (i = sqnum.length - 1; i < maxLength; i++)
 606         {
 607           cons2GapCounts[i]++;
 608         }
 609         j++;
 610       }
 611     }
 612   }
 613
 614   /**
 615    * Calculates the quality of the set of sequences over the given inclusive
 616    * column range, using the specified substitution score matrix
 617    *
 618    * @param startCol
 619    * @param endCol
 620    * @param scoreMatrix
 621    */
 622   protected void findQuality(int startCol, int endCol,
 623           ScoreMatrix scoreMatrix)
 624   {
 625     quality = new Vector<>();
 626
 627     double max = -Double.MAX_VALUE;
 628     float[][] scores = scoreMatrix.getMatrix();
 629
 630     percentIdentity(scoreMatrix);
 631
 632     int size = seqNums.size();
 633     int[] lengths = new int[size];
 634
 635     for (int l = 0; l < size; l++)
 636     {
 637       lengths[l] = seqNums.elementAt(l).length - 1;
 638     }
 639
 640     final int symbolCount = scoreMatrix.getSize();
 641
 642     for (int j = startCol; j <= endCol; j++)
 643     {
 644       double bigtot = 0;
 645
 646       // First Xr = depends on column only
 647       double[] x = new double[symbolCount];
 648
 649       for (int ii = 0; ii < symbolCount; ii++)
 650       {
 651         x[ii] = 0;
 652
 653         /*
 654          * todo JAL-728 currently assuming last symbol in matrix is * for gap
 655          * (which we ignore as counted separately); true for BLOSUM62 but may
 656          * not be once alternative matrices are supported
 657          */
 658         for (int i2 = 0; i2 < symbolCount - 1; i2++)
 659         {
 660           x[ii] += (((double) cons2[j][i2] * scores[ii][i2]) + 4D);
 661         }
 662         x[ii] += 4D + cons2GapCounts[j] * scoreMatrix.getMinimumScore();
 663
 664         x[ii] /= size;
 665       }
 666
 667       // Now calculate D for each position and sum
 668       for (int k = 0; k < size; k++)
 669       {
 670         double tot = 0;
 671         double[] xx = new double[symbolCount];
 672         // sequence character index, or implied gap if sequence too short
 673         int seqNum = (j < lengths[k]) ? seqNums.elementAt(k)[j + 1]
 674                 : GAP_INDEX;
 675
 676         for (int i = 0; i < symbolCount - 1; i++)
 677         {
 678           double sr = 4D;
 679           if (seqNum == GAP_INDEX)
 680           {
 681             sr += scoreMatrix.getMinimumScore();
 682           }
 683           else
 684           {
 685             sr += scores[i][seqNum];
 686           }
 687
 688           xx[i] = x[i] - sr;
 689
 690           tot += (xx[i] * xx[i]);
 691         }
 692
 693         bigtot += Math.sqrt(tot);
 694       }
 695
 696       max = Math.max(max, bigtot);
 697
 698       quality.addElement(new Double(bigtot));
 699     }
 700
 701     double newmax = -Double.MAX_VALUE;
 702
 703     for (int j = startCol; j <= endCol; j++)
 704     {
 705       double tmp = quality.elementAt(j).doubleValue();
 706       // tmp = ((max - tmp) * (size - cons2[j][23])) / size;
 707       tmp = ((max - tmp) * (size - cons2GapCounts[j])) / size;
 708
 709       // System.out.println(tmp+ " " + j);
 710       quality.setElementAt(new Double(tmp), j);
 711
 712       if (tmp > newmax)
 713       {
 714         newmax = tmp;
 715       }
 716     }
 717
 718     qualityMinimum = 0D;
 719     qualityMaximum = newmax;
 720   }
 721
 722   /**
 723    * Complete the given consensus and quuality annotation rows. Note: currently
 724    * this method will reallocate the given annotation row if it is different to
 725    * the calculated width, otherwise will leave its length unchanged.
 726    *
 727    * @param conservation
 728    *          conservation annotation row
 729    * @param quality2
 730    *          (optional - may be null)
 731    * @param istart
 732    *          first column for conservation
 733    * @param alWidth
 734    *          extent of conservation
 735    */
 736   public void completeAnnotations(AlignmentAnnotation conservation,
 737           AlignmentAnnotation quality2, int istart, int alWidth)
 738   {
 739     SequenceI cons = getConsSequence();
 740
 741     /*
 742      * colour scale for Conservation and Quality;
 743      */
 744     float minR = 0.3f;
 745     float minG = 0.0f;
 746     float minB = 0f;
 747     float maxR = 1.0f - minR;
 748     float maxG = 0.9f - minG;
 749     float maxB = 0f - minB;
 750
 751     float min = 0f;
 752     float max = 11f;
 753     float qmin = 0f;
 754     float qmax = 0f;
 755
 756     if (conservation != null && conservation.annotations != null
 757             && conservation.annotations.length != alWidth)
 758     {
 759       conservation.annotations = new Annotation[alWidth];
 760     }
 761
 762     if (quality2 != null)
 763     {
 764       quality2.graphMax = (float) qualityMaximum;
 765       if (quality2.annotations != null
 766               && quality2.annotations.length != alWidth)
 767       {
 768         quality2.annotations = new Annotation[alWidth];
 769       }
 770       qmin = (float) qualityMinimum;
 771       qmax = (float) qualityMaximum;
 772     }
 773
 774     for (int i = istart; i < alWidth; i++)
 775     {
 776       float value = 0;
 777
 778       char c = cons.getCharAt(i);
 779
 780       if (Character.isDigit(c))
 781       {
 782         value = c - '0';
 783       }
 784       else if (c == '*')
 785       {
 786         value = 11;
 787       }
 788       else if (c == '+')
 789       {
 790         value = 10;
 791       }
 792
 793       if (conservation != null)
 794       {
 795         float vprop = value - min;
 796         vprop /= max;
 797         int consp = i - start;
 798         String conssym = (value > 0 && consp > -1
 799                 && consp < consSymbs.length) ? consSymbs[consp] : "";
 800         conservation.annotations[i] = new Annotation(String.valueOf(c),
 801                 conssym, ' ', value, new Color(minR + (maxR * vprop),
 802                         minG + (maxG * vprop), minB + (maxB * vprop)));
 803       }
 804
 805       // Quality calc
 806       if (quality2 != null)
 807       {
 808         value = quality.elementAt(i).floatValue();
 809         float vprop = value - qmin;
 810         vprop /= qmax;
 811         quality2.annotations[i] = new Annotation(" ", String.valueOf(value),
 812                 ' ', value, new Color(minR + (maxR * vprop),
 813                         minG + (maxG * vprop), minB + (maxB * vprop)));
 814       }
 815     }
 816   }
 817
 818   /**
 819    * construct and call the calculation methods on a new Conservation object
 820    *
 821    * @param name
 822    *          - name of conservation
 823    * @param seqs
 824    * @param start
 825    *          first column in calculation window
 826    * @param end
 827    *          last column in calculation window
 828    * @param positiveOnly
 829    *          calculate positive (true) or positive and negative (false)
 830    *          conservation
 831    * @param maxPercentGaps
 832    *          percentage of gaps tolerated in column
 833    * @param calcQuality
 834    *          flag indicating if alignment quality should be calculated
 835    * @return Conservation object ready for use in visualization
 836    */
 837   public static Conservation calculateConservation(String name,
 838           List<SequenceI> seqs, int start, int end, boolean positiveOnly,
 839           int maxPercentGaps, boolean calcQuality)
 840   {
 841     Conservation cons = new Conservation(name, seqs, start, end);
 842     cons.calculate();
 843     cons.verdict(positiveOnly, maxPercentGaps);
 844
 845     if (calcQuality)
 846     {
 847       cons.findQuality();
 848     }
 849
 850     return cons;
 851   }
 852
 853   /**
 854    * Returns the computed tooltip (annotation description) for a given column.
 855    * The tip is empty if the conservation score is zero, otherwise holds the
 856    * conserved properties (and, optionally, properties whose absence is
 857    * conserved).
 858    *
 859    * @param column
 860    * @return
 861    */
 862   String getTooltip(int column)
 863   {
 864     SequenceI cons = getConsSequence();
 865     char val = column < cons.getLength() ? cons.getCharAt(column) : '-';
 866     boolean hasConservation = val != '-' && val != '0';
 867     int consp = column - start;
 868     String tip = (hasConservation && consp > -1 && consp < consSymbs.length)
 869             ? consSymbs[consp]
 870             : "";
 871     return tip;
 872   }
 873 }