src/jalview/analysis/CrossRef.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27 import jalview.datamodel.Mapping;
  28 import jalview.datamodel.Sequence;
  29 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.util.DBRefUtils;
  32 import jalview.util.MapList;
  33 import jalview.ws.SequenceFetcherFactory;
  34 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
  35
  36 import java.util.ArrayList;
  37 import java.util.Iterator;
  38 import java.util.List;
  39
  40 /**
  41  * Functions for cross-referencing sequence databases.
  42  *
  43  * @author JimP
  44  *
  45  */
  46 public class CrossRef
  47 {
  48   /*
  49    * the dataset of the alignment for which we are searching for
  50    * cross-references; in some cases we may resolve xrefs by
  51    * searching in the dataset
  52    */
  53   private AlignmentI dataset;
  54
  55   /*
  56    * the sequences for which we are seeking cross-references
  57    */
  58   private SequenceI[] fromSeqs;
  59
  60   /**
  61    * matcher built from dataset
  62    */
  63   SequenceIdMatcher matcher;
  64
  65   /**
  66    * sequences found by cross-ref searches to fromSeqs
  67    */
  68   List<SequenceI> rseqs;
  69
  70   /**
  71    * Constructor
  72    *
  73    * @param seqs
  74    *          the sequences for which we are seeking cross-references
  75    * @param ds
  76    *          the containing alignment dataset (may be searched to resolve
  77    *          cross-references)
  78    */
  79   public CrossRef(SequenceI[] seqs, AlignmentI ds)
  80   {
  81     fromSeqs = seqs;
  82     dataset = ds.getDataset() == null ? ds : ds.getDataset();
  83   }
  84
  85   /**
  86    * Returns a list of distinct database sources for which sequences have either
  87    * <ul>
  88    * <li>a (dna-to-protein or protein-to-dna) cross-reference</li>
  89    * <li>an indirect cross-reference - a (dna-to-protein or protein-to-dna)
  90    * reference from another sequence in the dataset which has a cross-reference
  91    * to a direct DBRefEntry on the given sequence</li>
  92    * </ul>
  93    *
  94    * @param dna
  95    *          - when true, cross-references *from* dna returned. When false,
  96    *          cross-references *from* protein are returned
  97    * @return
  98    */
  99   public List<String> findXrefSourcesForSequences(boolean dna)
 100   {
 101     List<String> sources = new ArrayList<String>();
 102     for (SequenceI seq : fromSeqs)
 103     {
 104       if (seq != null)
 105       {
 106         findXrefSourcesForSequence(seq, dna, sources);
 107       }
 108     }
 109     return sources;
 110   }
 111
 112   /**
 113    * Returns a list of distinct database sources for which a sequence has either
 114    * <ul>
 115    * <li>a (dna-to-protein or protein-to-dna) cross-reference</li>
 116    * <li>an indirect cross-reference - a (dna-to-protein or protein-to-dna)
 117    * reference from another sequence in the dataset which has a cross-reference
 118    * to a direct DBRefEntry on the given sequence</li>
 119    * </ul>
 120    *
 121    * @param seq
 122    *          the sequence whose dbrefs we are searching against
 123    * @param fromDna
 124    *          when true, context is DNA - so sources identifying protein
 125    *          products will be returned.
 126    * @param sources
 127    *          a list of sources to add matches to
 128    */
 129   void findXrefSourcesForSequence(SequenceI seq, boolean fromDna,
 130           List<String> sources)
 131   {
 132     /*
 133      * first find seq's xrefs (dna-to-peptide or peptide-to-dna)
 134      */
 135     DBRefEntry[] rfs = DBRefUtils.selectDbRefs(!fromDna, seq.getDBRefs());
 136     addXrefsToSources(rfs, sources);
 137     if (dataset != null)
 138     {
 139       /*
 140        * find sequence's direct (dna-to-dna, peptide-to-peptide) xrefs
 141        */
 142       DBRefEntry[] lrfs = DBRefUtils.selectDbRefs(fromDna, seq.getDBRefs());
 143       List<SequenceI> foundSeqs = new ArrayList<SequenceI>();
 144
 145       /*
 146        * find sequences in the alignment which xref one of these DBRefs
 147        * i.e. is xref-ed to a common sequence identifier
 148        */
 149       searchDatasetXrefs(fromDna, seq, lrfs, foundSeqs, null);
 150
 151       /*
 152        * add those sequences' (dna-to-peptide or peptide-to-dna) dbref sources
 153        */
 154       for (SequenceI rs : foundSeqs)
 155       {
 156         DBRefEntry[] xrs = DBRefUtils
 157                 .selectDbRefs(!fromDna, rs.getDBRefs());
 158         addXrefsToSources(xrs, sources);
 159       }
 160     }
 161   }
 162
 163   /**
 164    * Helper method that adds the source identifiers of some cross-references to
 165    * a (non-redundant) list of database sources
 166    *
 167    * @param xrefs
 168    * @param sources
 169    */
 170   void addXrefsToSources(DBRefEntry[] xrefs, List<String> sources)
 171   {
 172     if (xrefs != null)
 173     {
 174       for (DBRefEntry ref : xrefs)
 175       {
 176         /*
 177          * avoid duplication e.g. ENSEMBL and Ensembl
 178          */
 179         String source = DBRefUtils.getCanonicalName(ref.getSource());
 180         if (!sources.contains(source))
 181         {
 182           sources.add(source);
 183         }
 184       }
 185     }
 186   }
 187
 188   /**
 189    * Attempts to find cross-references from the sequences provided in the
 190    * constructor to the given source database. Cross-references may be found
 191    * <ul>
 192    * <li>in dbrefs on the sequence which hold a mapping to a sequence
 193    * <ul>
 194    * <li>provided with a fetched sequence (e.g. ENA translation), or</li>
 195    * <li>populated previously after getting cross-references</li>
 196    * </ul>
 197    * <li>as other sequences in the alignment which share a dbref identifier with
 198    * the sequence</li>
 199    * <li>by fetching from the remote database</li>
 200    * </ul>
 201    * The cross-referenced sequences, and mappings to them, are added to the
 202    * alignment dataset.
 203    *
 204    * @param source
 205    * @return cross-referenced sequences (as dataset sequences)
 206    */
 207   public Alignment findXrefSequences(String source, boolean fromDna)
 208   {
 209
 210     rseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 211     AlignedCodonFrame cf = new AlignedCodonFrame();
 212     matcher = new SequenceIdMatcher(
 213             dataset.getSequences());
 214
 215     for (SequenceI seq : fromSeqs)
 216     {
 217       SequenceI dss = seq;
 218       while (dss.getDatasetSequence() != null)
 219       {
 220         dss = dss.getDatasetSequence();
 221       }
 222       boolean found = false;
 223       DBRefEntry[] xrfs = DBRefUtils
 224               .selectDbRefs(!fromDna, dss.getDBRefs());
 225       if ((xrfs == null || xrfs.length == 0) && dataset != null)
 226       {
 227         /*
 228          * found no suitable dbrefs on sequence - look for sequences in the
 229          * alignment which share a dbref with this one
 230          */
 231         DBRefEntry[] lrfs = DBRefUtils.selectDbRefs(fromDna,
 232                 seq.getDBRefs());
 233
 234         /*
 235          * find sequences (except this one!), of complementary type,
 236          *  which have a dbref to an accession id for this sequence,
 237          *  and add them to the results
 238          */
 239         found = searchDatasetXrefs(fromDna, dss, lrfs, rseqs, cf);
 240       }
 241       if (xrfs == null && !found)
 242       {
 243         /*
 244          * no dbref to source on this sequence or matched
 245          * complementary sequence in the dataset
 246          */
 247         continue;
 248       }
 249       List<DBRefEntry> sourceRefs = DBRefUtils.searchRefsForSource(xrfs,
 250               source);
 251       Iterator<DBRefEntry> refIterator = sourceRefs.iterator();
 252       while (refIterator.hasNext())
 253       {
 254         DBRefEntry xref = refIterator.next();
 255         found = false;
 256         if (xref.hasMap())
 257         {
 258           SequenceI mappedTo = xref.getMap().getTo();
 259           if (mappedTo != null)
 260           {
 261             /*
 262              * dbref contains the sequence it maps to; add it to the
 263              * results unless we have done so already (could happen if
 264              * fetching xrefs for sequences which have xrefs in common)
 265              * for example: UNIPROT {P0CE19, P0CE20} -> EMBL {J03321, X06707}
 266              */
 267             found = true;
 268             /*
 269              * problem: matcher.findIdMatch() is lenient - returns a sequence
 270              * with a dbref to the search arg e.g. ENST for ENSP - wrong
 271              * but findInDataset() matches ENSP when looking for Uniprot...
 272              */
 273             SequenceI matchInDataset = findInDataset(xref);
 274             /*matcher.findIdMatch(mappedTo);*/
 275             if (matchInDataset != null)
 276             {
 277               if (!rseqs.contains(matchInDataset))
 278               {
 279                 rseqs.add(matchInDataset);
 280               }
 281               refIterator.remove();
 282               continue;
 283             }
 284             SequenceI rsq = new Sequence(mappedTo);
 285             rseqs.add(rsq);
 286             if (xref.getMap().getMap().getFromRatio() != xref.getMap()
 287                     .getMap().getToRatio())
 288             {
 289               // get sense of map correct for adding to product alignment.
 290               if (fromDna)
 291               {
 292                 // map is from dna seq to a protein product
 293                 cf.addMap(dss, rsq, xref.getMap().getMap(), xref.getMap()
 294                         .getMappedFromId());
 295               }
 296               else
 297               {
 298                 // map should be from protein seq to its coding dna
 299                 cf.addMap(rsq, dss, xref.getMap().getMap().getInverse(),
 300                         xref.getMap().getMappedFromId());
 301               }
 302             }
 303           }
 304         }
 305
 306         if (!found)
 307         {
 308           SequenceI matchedSeq = matcher.findIdMatch(xref.getSource() + "|"
 309                   + xref.getAccessionId());
 310           if (matchedSeq != null)
 311           {
 312             if (constructMapping(seq, matchedSeq, xref, cf, fromDna))
 313             {
 314               found = true;
 315             }
 316           }
 317         }
 318
 319         if (!found)
 320         {
 321           // do a bit more work - search for sequences with references matching
 322           // xrefs on this sequence.
 323           found = searchDataset(fromDna, dss, xref, rseqs, cf, false);
 324         }
 325         if (found)
 326         {
 327           refIterator.remove();
 328         }
 329       }
 330
 331       /*
 332        * fetch from source database any dbrefs we haven't resolved up to here
 333        */
 334       if (!sourceRefs.isEmpty())
 335       {
 336         retrieveCrossRef(sourceRefs, seq, xrfs, fromDna, cf);
 337       }
 338     }
 339
 340     Alignment ral = null;
 341     if (rseqs.size() > 0)
 342     {
 343       ral = new Alignment(rseqs.toArray(new SequenceI[rseqs.size()]));
 344       if (!cf.isEmpty())
 345       {
 346         dataset.addCodonFrame(cf);
 347       }
 348     }
 349     return ral;
 350   }
 351
 352   private void retrieveCrossRef(List<DBRefEntry> sourceRefs, SequenceI seq,
 353           DBRefEntry[] xrfs, boolean fromDna, AlignedCodonFrame cf)
 354   {
 355     ASequenceFetcher sftch = SequenceFetcherFactory.getSequenceFetcher();
 356     SequenceI[] retrieved = null;
 357     SequenceI dss = seq.getDatasetSequence() == null ? seq : seq
 358             .getDatasetSequence();
 359     try
 360     {
 361       retrieved = sftch.getSequences(sourceRefs, !fromDna);
 362     } catch (Exception e)
 363     {
 364       System.err
 365               .println("Problem whilst retrieving cross references for Sequence : "
 366                       + seq.getName());
 367       e.printStackTrace();
 368     }
 369
 370     if (retrieved != null)
 371     {
 372       updateDbrefMappings(seq, xrfs, retrieved, cf, fromDna);
 373       for (SequenceI retrievedSequence : retrieved)
 374       {
 375         // dataset gets contaminated ccwith non-ds sequences. why ??!
 376         // try: Ensembl -> Nuc->Ensembl, Nuc->Uniprot-->Protein->EMBL->
 377         SequenceI retrievedDss = retrievedSequence.getDatasetSequence() == null ? retrievedSequence
 378                 : retrievedSequence.getDatasetSequence();
 379         DBRefEntry[] dbr = retrievedSequence.getDBRefs();
 380         if (dbr != null)
 381         {
 382           for (DBRefEntry dbref : dbr)
 383           {
 384             // find any entry where we should put in the sequence being
 385             // cross-referenced into the map
 386             Mapping map = dbref.getMap();
 387             if (map != null)
 388             {
 389               if (map.getTo() != null && map.getMap() != null)
 390               {
 391                 // TODO findInDataset requires exact sequence match but
 392                 // 'congruent' test is only for the mapped part
 393                 // maybe not a problem in practice since only ENA provide a
 394                 // mapping and it is to the full protein translation of CDS
 395                 SequenceI matched = findInDataset(dbref);
 396                 // matcher.findIdMatch(map.getTo());
 397                 if (matched != null)
 398                 {
 399                   /*
 400                    * already got an xref to this sequence; update this
 401                    * map to point to the same sequence, and add
 402                    * any new dbrefs to it
 403                    */
 404                   DBRefEntry[] toRefs = map.getTo().getDBRefs();
 405                   if (toRefs != null)
 406                   {
 407                     for (DBRefEntry ref : toRefs)
 408                     {
 409                       matched.addDBRef(ref); // add or update mapping
 410                     }
 411                   }
 412                   map.setTo(matched);
 413                 }
 414                 else
 415                 {
 416                   matcher.add(map.getTo());
 417                 }
 418                 try
 419                 {
 420                   // compare ms with dss and replace with dss in mapping
 421                   // if map is congruent
 422                   SequenceI ms = map.getTo();
 423                   int sf = map.getMap().getToLowest();
 424                   int st = map.getMap().getToHighest();
 425                   SequenceI mappedrg = ms.getSubSequence(sf, st);
 426                   // SequenceI loc = dss.getSubSequence(sf, st);
 427                   if (mappedrg.getLength() > 0
 428                           && ms.getSequenceAsString().equals(
 429                                   dss.getSequenceAsString()))
 430                   // && mappedrg.getSequenceAsString().equals(
 431                   // loc.getSequenceAsString()))
 432                   {
 433                     String msg = "Mapping updated from " + ms.getName()
 434                             + " to retrieved crossreference "
 435                             + dss.getName();
 436                     System.out.println(msg);
 437                     map.setTo(dss);
 438
 439                     /*
 440                      * give the reverse reference the inverse mapping
 441                      * (if it doesn't have one already)
 442                      */
 443                     setReverseMapping(dss, dbref, cf);
 444
 445                     /*
 446                      * copy sequence features as well, avoiding
 447                      * duplication (e.g. same variation from two
 448                      * transcripts)
 449                      */
 450                     SequenceFeature[] sfs = ms.getSequenceFeatures();
 451                     if (sfs != null)
 452                     {
 453                       for (SequenceFeature feat : sfs)
 454                       {
 455                         /*
 456                          * make a flyweight feature object which ignores Parent
 457                          * attribute in equality test; this avoids creating many
 458                          * otherwise duplicate exon features on genomic sequence
 459                          */
 460                         SequenceFeature newFeature = new SequenceFeature(
 461                                 feat)
 462                         {
 463                           @Override
 464                           public boolean equals(Object o)
 465                           {
 466                             return super.equals(o, true);
 467                           }
 468                         };
 469                         dss.addSequenceFeature(newFeature);
 470                       }
 471                     }
 472                   }
 473                   cf.addMap(retrievedDss, map.getTo(), map.getMap());
 474                 } catch (Exception e)
 475                 {
 476                   System.err
 477                           .println("Exception when consolidating Mapped sequence set...");
 478                   e.printStackTrace(System.err);
 479                 }
 480               }
 481             }
 482           }
 483         }
 484         retrievedSequence.updatePDBIds();
 485         rseqs.add(retrievedDss);
 486         dataset.addSequence(retrievedDss);
 487         matcher.add(retrievedDss);
 488       }
 489     }
 490   }
 491   /**
 492    * Sets the inverse sequence mapping in the corresponding dbref of the mapped
 493    * to sequence (if any). This is used after fetching a cross-referenced
 494    * sequence, if the fetched sequence has a mapping to the original sequence,
 495    * to set the mapping in the original sequence's dbref.
 496    *
 497    * @param mapFrom
 498    *          the sequence mapped from
 499    * @param dbref
 500    * @param mappings
 501    */
 502   void setReverseMapping(SequenceI mapFrom, DBRefEntry dbref,
 503           AlignedCodonFrame mappings)
 504   {
 505     SequenceI mapTo = dbref.getMap().getTo();
 506     if (mapTo == null)
 507     {
 508       return;
 509     }
 510     DBRefEntry[] dbrefs = mapTo.getDBRefs();
 511     if (dbrefs == null)
 512     {
 513       return;
 514     }
 515     for (DBRefEntry toRef : dbrefs)
 516     {
 517       if (toRef.hasMap() && mapFrom == toRef.getMap().getTo())
 518       {
 519         /*
 520          * found the reverse dbref; update its mapping if null
 521          */
 522         if (toRef.getMap().getMap() == null)
 523         {
 524           MapList inverse = dbref.getMap().getMap().getInverse();
 525           toRef.getMap().setMap(inverse);
 526           mappings.addMap(mapTo, mapFrom, inverse);
 527         }
 528       }
 529     }
 530   }
 531
 532   /**
 533    * Returns the first identical sequence in the dataset if any, else null
 534    *
 535    * @param xref
 536    * @return
 537    */
 538   SequenceI findInDataset(DBRefEntry xref)
 539   {
 540     if (xref == null || !xref.hasMap() || xref.getMap().getTo() == null)
 541     {
 542       return null;
 543     }
 544     SequenceI mapsTo = xref.getMap().getTo();
 545     String name = xref.getAccessionId();
 546     String name2 = xref.getSource() + "|" + name;
 547     SequenceI dss = mapsTo.getDatasetSequence() == null ? mapsTo : mapsTo
 548             .getDatasetSequence();
 549     for (SequenceI seq : dataset.getSequences())
 550     {
 551       /*
 552        * clumsy alternative to using SequenceIdMatcher which currently
 553        * returns sequences with a dbref to the matched accession id
 554        * which we don't want
 555        */
 556       if (name.equals(seq.getName()) || seq.getName().startsWith(name2))
 557       {
 558         if (sameSequence(seq, dss))
 559         {
 560           return seq;
 561         }
 562       }
 563     }
 564     return null;
 565   }
 566
 567   /**
 568    * Answers true if seq1 and seq2 contain exactly the same characters (ignoring
 569    * case), else false. This method compares the lengths, then each character in
 570    * turn, in order to 'fail fast'. For case-sensitive comparison, it would be
 571    * possible to use Arrays.equals(seq1.getSequence(), seq2.getSequence()).
 572    *
 573    * @param seq1
 574    * @param seq2
 575    * @return
 576    */
 577   // TODO move to Sequence / SequenceI
 578   static boolean sameSequence(SequenceI seq1, SequenceI seq2)
 579   {
 580     if (seq1 == seq2)
 581     {
 582       return true;
 583     }
 584     if (seq1 == null || seq2 == null)
 585     {
 586       return false;
 587     }
 588     char[] c1 = seq1.getSequence();
 589     char[] c2 = seq2.getSequence();
 590     if (c1.length != c2.length)
 591     {
 592       return false;
 593     }
 594     for (int i = 0; i < c1.length; i++)
 595     {
 596       int diff = c1[i] - c2[i];
 597       /*
 598        * same char or differ in case only ('a'-'A' == 32)
 599        */
 600       if (diff != 0 && diff != 32 && diff != -32)
 601       {
 602         return false;
 603       }
 604     }
 605     return true;
 606   }
 607
 608   /**
 609    * Updates any empty mappings in the cross-references with one to a compatible
 610    * retrieved sequence if found, and adds any new mappings to the
 611    * AlignedCodonFrame
 612    *
 613    * @param mapFrom
 614    * @param xrefs
 615    * @param retrieved
 616    * @param acf
 617    */
 618   void updateDbrefMappings(SequenceI mapFrom, DBRefEntry[] xrefs,
 619           SequenceI[] retrieved, AlignedCodonFrame acf, boolean fromDna)
 620   {
 621     SequenceIdMatcher idMatcher = new SequenceIdMatcher(retrieved);
 622     for (DBRefEntry xref : xrefs)
 623     {
 624       if (!xref.hasMap())
 625       {
 626         String targetSeqName = xref.getSource() + "|"
 627                 + xref.getAccessionId();
 628         SequenceI[] matches = idMatcher.findAllIdMatches(targetSeqName);
 629         if (matches == null)
 630         {
 631           return;
 632         }
 633         for (SequenceI seq : matches)
 634         {
 635           constructMapping(mapFrom, seq, xref, acf, fromDna);
 636         }
 637       }
 638     }
 639   }
 640
 641   /**
 642    * Tries to make a mapping between sequences. If successful, adds the mapping
 643    * to the dbref and the mappings collection and answers true, otherwise
 644    * answers false. The following methods of making are mapping are tried in
 645    * turn:
 646    * <ul>
 647    * <li>if 'mapTo' holds a mapping to 'mapFrom', take the inverse; this is, for
 648    * example, the case after fetching EMBL cross-references for a Uniprot
 649    * sequence</li>
 650    * <li>else check if the dna translates exactly to the protein (give or take
 651    * start and stop codons></li>
 652    * <li>else try to map based on CDS features on the dna sequence</li>
 653    * </ul>
 654    *
 655    * @param mapFrom
 656    * @param mapTo
 657    * @param xref
 658    * @param mappings
 659    * @return
 660    */
 661   boolean constructMapping(SequenceI mapFrom, SequenceI mapTo,
 662           DBRefEntry xref, AlignedCodonFrame mappings, boolean fromDna)
 663   {
 664     MapList mapping = null;
 665
 666     /*
 667      * look for a reverse mapping, if found make its inverse
 668      */
 669     if (mapTo.getDBRefs() != null)
 670     {
 671       for (DBRefEntry dbref : mapTo.getDBRefs())
 672       {
 673         String name = dbref.getSource() + "|" + dbref.getAccessionId();
 674         if (dbref.hasMap() && mapFrom.getName().startsWith(name))
 675         {
 676           /*
 677            * looks like we've found a map from 'mapTo' to 'mapFrom'
 678            * - invert it to make the mapping the other way
 679            */
 680           MapList reverse = dbref.getMap().getMap().getInverse();
 681           xref.setMap(new Mapping(mapTo, reverse));
 682           mappings.addMap(mapFrom, mapTo, reverse);
 683           return true;
 684         }
 685       }
 686     }
 687
 688     if (fromDna)
 689     {
 690       mapping = AlignmentUtils.mapCdnaToProtein(mapTo, mapFrom);
 691     }
 692     else
 693     {
 694       mapping = AlignmentUtils.mapCdnaToProtein(mapFrom, mapTo);
 695       if (mapping != null)
 696       {
 697         mapping = mapping.getInverse();
 698       }
 699     }
 700     if (mapping == null)
 701     {
 702       return false;
 703     }
 704     xref.setMap(new Mapping(mapTo, mapping));
 705
 706     /*
 707      * and add a reverse DbRef with the inverse mapping
 708      */
 709     if (mapFrom.getDatasetSequence() != null && false)
 710     // && mapFrom.getDatasetSequence().getSourceDBRef() != null)
 711     {
 712       // possible need to search primary references... except, why doesn't xref
 713       // == getSourceDBRef ??
 714       // DBRefEntry dbref = new DBRefEntry(mapFrom.getDatasetSequence()
 715       // .getSourceDBRef());
 716       // dbref.setMap(new Mapping(mapFrom.getDatasetSequence(), mapping
 717       // .getInverse()));
 718       // mapTo.addDBRef(dbref);
 719     }
 720
 721     if (fromDna)
 722     {
 723       AlignmentUtils.computeProteinFeatures(mapFrom, mapTo, mapping);
 724       mappings.addMap(mapFrom, mapTo, mapping);
 725     }
 726     else
 727     {
 728       mappings.addMap(mapTo, mapFrom, mapping.getInverse());
 729     }
 730
 731     return true;
 732   }
 733
 734   /**
 735    * find references to lrfs in the cross-reference set of each sequence in
 736    * dataset (that is not equal to sequenceI) Identifies matching DBRefEntry
 737    * based on source and accession string only - Map and Version are nulled.
 738    *
 739    * @param fromDna
 740    *          - true if context was searching from Dna sequences, false if
 741    *          context was searching from Protein sequences
 742    * @param sequenceI
 743    * @param lrfs
 744    * @param foundSeqs
 745    * @return true if matches were found.
 746    */
 747   private boolean searchDatasetXrefs(boolean fromDna, SequenceI sequenceI,
 748           DBRefEntry[] lrfs, List<SequenceI> foundSeqs, AlignedCodonFrame cf)
 749   {
 750     boolean found = false;
 751     if (lrfs == null)
 752     {
 753       return false;
 754     }
 755     for (int i = 0; i < lrfs.length; i++)
 756     {
 757       DBRefEntry xref = new DBRefEntry(lrfs[i]);
 758       // add in wildcards
 759       xref.setVersion(null);
 760       xref.setMap(null);
 761       found |= searchDataset(fromDna, sequenceI, xref, foundSeqs, cf, false);
 762     }
 763     return found;
 764   }
 765
 766   /**
 767    * Searches dataset for DBRefEntrys matching the given one (xrf) and adds the
 768    * associated sequence to rseqs
 769    *
 770    * @param fromDna
 771    *          true if context was searching for refs *from* dna sequence, false
 772    *          if context was searching for refs *from* protein sequence
 773    * @param fromSeq
 774    *          a sequence to ignore (start point of search)
 775    * @param xrf
 776    *          a cross-reference to try to match
 777    * @param foundSeqs
 778    *          result list to add to
 779    * @param mappings
 780    *          a set of sequence mappings to add to
 781    * @param direct
 782    *          - indicates the type of relationship between returned sequences,
 783    *          xrf, and sequenceI that is required.
 784    *          <ul>
 785    *          <li>direct implies xrf is a primary reference for sequenceI AND
 786    *          the sequences to be located (eg a uniprot ID for a protein
 787    *          sequence, and a uniprot ref on a transcript sequence).</li>
 788    *          <li>indirect means xrf is a cross reference with respect to
 789    *          sequenceI or all the returned sequences (eg a genomic reference
 790    *          associated with a locus and one or more transcripts)</li>
 791    *          </ul>
 792    * @return true if relationship found and sequence added.
 793    */
 794   boolean searchDataset(boolean fromDna, SequenceI fromSeq,
 795           DBRefEntry xrf, List<SequenceI> foundSeqs, AlignedCodonFrame mappings,
 796           boolean direct)
 797   {
 798     boolean found = false;
 799     if (dataset == null)
 800     {
 801       return false;
 802     }
 803     if (dataset.getSequences() == null)
 804     {
 805       System.err.println("Empty dataset sequence set - NO VECTOR");
 806       return false;
 807     }
 808     List<SequenceI> ds;
 809     synchronized (ds = dataset.getSequences())
 810     {
 811       for (SequenceI nxt : ds)
 812       {
 813         if (nxt != null)
 814         {
 815           if (nxt.getDatasetSequence() != null)
 816           {
 817             System.err
 818                     .println("Implementation warning: CrossRef initialised with a dataset alignment with non-dataset sequences in it! ("
 819                             + nxt.getDisplayId(true)
 820                             + " has ds reference "
 821                             + nxt.getDatasetSequence().getDisplayId(true)
 822                             + ")");
 823           }
 824           if (nxt == fromSeq || nxt == fromSeq.getDatasetSequence())
 825           {
 826             continue;
 827           }
 828           /*
 829            * only look at same molecule type if 'direct', or
 830            * complementary type if !direct
 831            */
 832           {
 833             boolean isDna = !nxt.isProtein();
 834             if (direct ? (isDna != fromDna) : (isDna == fromDna))
 835             {
 836               // skip this sequence because it is wrong molecule type
 837               continue;
 838             }
 839           }
 840
 841           // look for direct or indirect references in common
 842           DBRefEntry[] poss = nxt.getDBRefs();
 843           List<DBRefEntry> cands = null;
 844
 845           // todo: indirect specifies we select either direct references to nxt
 846           // that match xrf which is indirect to sequenceI, or indirect
 847           // references to nxt that match xrf which is direct to sequenceI
 848           cands = DBRefUtils.searchRefs(poss, xrf);
 849           // else
 850           // {
 851           // poss = DBRefUtils.selectDbRefs(nxt.isProtein()!fromDna, poss);
 852           // cands = DBRefUtils.searchRefs(poss, xrf);
 853           // }
 854           if (!cands.isEmpty())
 855           {
 856             if (!foundSeqs.contains(nxt))
 857             {
 858               found = true;
 859               foundSeqs.add(nxt);
 860               if (mappings != null && !direct)
 861               {
 862                 /*
 863                  * if the matched sequence has mapped dbrefs to
 864                  * protein product / cdna, add equivalent mappings to
 865                  * our source sequence
 866                  */
 867                 for (DBRefEntry candidate : cands)
 868                 {
 869                   Mapping mapping = candidate.getMap();
 870                   if (mapping != null)
 871                   {
 872                     MapList map = mapping.getMap();
 873                     if (mapping.getTo() != null
 874                             && map.getFromRatio() != map.getToRatio())
 875                     {
 876                       /*
 877                        * add a mapping, as from dna to peptide sequence
 878                        */
 879                       if (map.getFromRatio() == 3)
 880                       {
 881                         mappings.addMap(nxt, fromSeq, map);
 882                       }
 883                       else
 884                       {
 885                         mappings.addMap(nxt, fromSeq, map.getInverse());
 886                       }
 887                     }
 888                   }
 889                 }
 890               }
 891             }
 892           }
 893         }
 894       }
 895     }
 896     return found;
 897   }
 898 }