Merge remote-tracking branch 'origin/tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into...
[jalview.git] / src / jalview / analysis / Dna.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.analysis;
22
23 import jalview.api.AlignViewportI;
24 import jalview.datamodel.AlignedCodon;
25 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
26 import jalview.datamodel.Alignment;
27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
29 import jalview.datamodel.Annotation;
30 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
31 import jalview.datamodel.DBRefSource;
32 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
33 import jalview.datamodel.GraphLine;
34 import jalview.datamodel.Mapping;
35 import jalview.datamodel.Sequence;
36 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
37 import jalview.datamodel.SequenceI;
38 import jalview.schemes.ResidueProperties;
39 import jalview.util.Comparison;
40 import jalview.util.DBRefUtils;
41 import jalview.util.MapList;
42 import jalview.util.ShiftList;
43
44 import java.util.ArrayList;
45 import java.util.Arrays;
46 import java.util.Comparator;
47 import java.util.Iterator;
48 import java.util.List;
49
50 public class Dna
51 {
52   private static final String STOP_ASTERIX = "*";
53
54   private static final Comparator<AlignedCodon> comparator = new CodonComparator();
55
56   /*
57    * 'final' variables describe the inputs to the translation, which should not
58    * be modified.
59    */
60   private final List<SequenceI> selection;
61
62   private final String[] seqstring;
63
64   private final Iterator<int[]> contigs;
65
66   private final char gapChar;
67
68   private final AlignmentAnnotation[] annotations;
69
70   private final int dnaWidth;
71
72   private final AlignmentI dataset;
73
74   private ShiftList vismapping;
75
76   private int[] startcontigs;
77
78   /*
79    * Working variables for the translation.
80    * 
81    * The width of the translation-in-progress protein alignment.
82    */
83   private int aaWidth = 0;
84
85   /*
86    * This array will be built up so that position i holds the codon positions
87    * e.g. [7, 9, 10] that match column i (base 0) in the aligned translation.
88    * Note this implies a contract that if two codons do not align exactly, their
89    * translated products must occupy different column positions.
90    */
91   private AlignedCodon[] alignedCodons;
92
93   /**
94    * Constructor given a viewport and the visible contigs.
95    * 
96    * @param viewport
97    * @param visibleContigs
98    */
99   public Dna(AlignViewportI viewport, Iterator<int[]> visibleContigs)
100   {
101     this.selection = Arrays.asList(viewport.getSequenceSelection());
102     this.seqstring = viewport.getViewAsString(true);
103     this.contigs = visibleContigs;
104     this.gapChar = viewport.getGapCharacter();
105     this.annotations = viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
106     this.dnaWidth = viewport.getAlignment().getWidth();
107     this.dataset = viewport.getAlignment().getDataset();
108     initContigs();
109   }
110
111   /**
112    * Initialise contigs used as starting point for translateCodingRegion
113    */
114   private void initContigs()
115   {
116     vismapping = new ShiftList(); // map from viscontigs to seqstring
117     // intervals
118
119     int npos = 0;
120     int[] lastregion = null;
121     ArrayList<Integer> tempcontigs = new ArrayList<>();
122     while (contigs.hasNext())
123     {
124       int[] region = contigs.next();
125       if (lastregion == null)
126       {
127         vismapping.addShift(npos, region[0]);
128       }
129       else
130       {
131         // hidden region
132         vismapping.addShift(npos, region[0] - lastregion[1] + 1);
133       }
134       lastregion = region;
135       tempcontigs.add(region[0]);
136       tempcontigs.add(region[1]);
137     }
138
139     startcontigs = new int[tempcontigs.size()];
140     int i = 0;
141     for (Integer val : tempcontigs)
142     {
143       startcontigs[i] = val;
144       i++;
145     }
146     tempcontigs = null;
147   }
148
149   /**
150    * Test whether codon positions cdp1 should align before, with, or after cdp2.
151    * Returns zero if all positions match (or either argument is null). Returns
152    * -1 if any position in the first codon precedes the corresponding position
153    * in the second codon. Else returns +1 (some position in the second codon
154    * precedes the corresponding position in the first).
155    *
156    * Note this is not necessarily symmetric, for example:
157    * <ul>
158    * <li>compareCodonPos([2,5,6], [3,4,5]) returns -1</li>
159    * <li>compareCodonPos([3,4,5], [2,5,6]) also returns -1</li>
160    * </ul>
161    * 
162    * @param ac1
163    * @param ac2
164    * @return
165    */
166   public static final int compareCodonPos(AlignedCodon ac1, AlignedCodon ac2)
167   {
168     return comparator.compare(ac1, ac2);
169     // return jalview_2_8_2compare(ac1, ac2);
170   }
171
172   /**
173    * Codon comparison up to Jalview 2.8.2. This rule is sequence order dependent
174    * - see http://issues.jalview.org/browse/JAL-1635
175    * 
176    * @param ac1
177    * @param ac2
178    * @return
179    */
180   private static int jalview_2_8_2compare(AlignedCodon ac1,
181           AlignedCodon ac2)
182   {
183     if (ac1 == null || ac2 == null || (ac1.equals(ac2)))
184     {
185       return 0;
186     }
187     if (ac1.pos1 < ac2.pos1 || ac1.pos2 < ac2.pos2 || ac1.pos3 < ac2.pos3)
188     {
189       // one base in cdp1 precedes the corresponding base in the other codon
190       return -1;
191     }
192     // one base in cdp1 appears after the corresponding base in the other codon.
193     return 1;
194   }
195
196   /**
197    * 
198    * @return
199    */
200   public AlignmentI translateCdna()
201   {
202     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
203
204     alignedCodons = new AlignedCodon[dnaWidth];
205
206     int s;
207     int sSize = selection.size();
208     List<SequenceI> pepseqs = new ArrayList<>();
209     for (s = 0; s < sSize; s++)
210     {
211       SequenceI newseq = translateCodingRegion(selection.get(s),
212               seqstring[s], acf, pepseqs);
213
214       if (newseq != null)
215       {
216         pepseqs.add(newseq);
217         SequenceI ds = newseq;
218         if (dataset != null)
219         {
220           while (ds.getDatasetSequence() != null)
221           {
222             ds = ds.getDatasetSequence();
223           }
224           dataset.addSequence(ds);
225         }
226       }
227     }
228
229     SequenceI[] newseqs = pepseqs.toArray(new SequenceI[pepseqs.size()]);
230     AlignmentI al = new Alignment(newseqs);
231     // ensure we look aligned.
232     al.padGaps();
233     // link the protein translation to the DNA dataset
234     al.setDataset(dataset);
235     translateAlignedAnnotations(al, acf);
236     al.addCodonFrame(acf);
237     return al;
238   }
239
240   /**
241    * fake the collection of DbRefs with associated exon mappings to identify if
242    * a translation would generate distinct product in the currently selected
243    * region.
244    * 
245    * @param selection
246    * @param viscontigs
247    * @return
248    */
249   public static boolean canTranslate(SequenceI[] selection,
250           int viscontigs[])
251   {
252     for (int gd = 0; gd < selection.length; gd++)
253     {
254       SequenceI dna = selection[gd];
255       DBRefEntry[] dnarefs = DBRefUtils.selectRefs(dna.getDBRefs(),
256               jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
257       if (dnarefs != null)
258       {
259         // intersect with pep
260         List<DBRefEntry> mappedrefs = new ArrayList<>();
261         DBRefEntry[] refs = dna.getDBRefs();
262         for (int d = 0; d < refs.length; d++)
263         {
264           if (refs[d].getMap() != null && refs[d].getMap().getMap() != null
265                   && refs[d].getMap().getMap().getFromRatio() == 3
266                   && refs[d].getMap().getMap().getToRatio() == 1)
267           {
268             mappedrefs.add(refs[d]); // add translated protein maps
269           }
270         }
271         dnarefs = mappedrefs.toArray(new DBRefEntry[mappedrefs.size()]);
272         for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
273         {
274           Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
275           if (mp != null)
276           {
277             for (int vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2)
278             {
279               int[] mpr = mp.locateMappedRange(viscontigs[vc],
280                       viscontigs[vc + 1]);
281               if (mpr != null)
282               {
283                 return true;
284               }
285             }
286           }
287         }
288       }
289     }
290     return false;
291   }
292
293   /**
294    * Translate nucleotide alignment annotations onto translated amino acid
295    * alignment using codon mapping codons
296    * 
297    * @param al
298    *          the translated protein alignment
299    */
300   protected void translateAlignedAnnotations(AlignmentI al,
301           AlignedCodonFrame acf)
302   {
303     // Can only do this for columns with consecutive codons, or where
304     // annotation is sequence associated.
305
306     if (annotations != null)
307     {
308       for (AlignmentAnnotation annotation : annotations)
309       {
310         /*
311          * Skip hidden or autogenerated annotation. Also (for now), RNA
312          * secondary structure annotation. If we want to show this against
313          * protein we need a smarter way to 'translate' without generating
314          * invalid (unbalanced) structure annotation.
315          */
316         if (annotation.autoCalculated || !annotation.visible
317                 || annotation.isRNA())
318         {
319           continue;
320         }
321
322         int aSize = aaWidth;
323         Annotation[] anots = (annotation.annotations == null) ? null
324                 : new Annotation[aSize];
325         if (anots != null)
326         {
327           for (int a = 0; a < aSize; a++)
328           {
329             // process through codon map.
330             if (a < alignedCodons.length && alignedCodons[a] != null
331                     && alignedCodons[a].pos1 == (alignedCodons[a].pos3 - 2))
332             {
333               anots[a] = getCodonAnnotation(alignedCodons[a],
334                       annotation.annotations);
335             }
336           }
337         }
338
339         AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation(annotation.label,
340                 annotation.description, anots);
341         aa.graph = annotation.graph;
342         aa.graphGroup = annotation.graphGroup;
343         aa.graphHeight = annotation.graphHeight;
344         if (annotation.getThreshold() != null)
345         {
346           aa.setThreshold(new GraphLine(annotation.getThreshold()));
347         }
348         if (annotation.hasScore)
349         {
350           aa.setScore(annotation.getScore());
351         }
352
353         final SequenceI seqRef = annotation.sequenceRef;
354         if (seqRef != null)
355         {
356           SequenceI aaSeq = acf.getAaForDnaSeq(seqRef);
357           if (aaSeq != null)
358           {
359             // aa.compactAnnotationArray(); // throw away alignment annotation
360             // positioning
361             aa.setSequenceRef(aaSeq);
362             // rebuild mapping
363             aa.createSequenceMapping(aaSeq, aaSeq.getStart(), true);
364             aa.adjustForAlignment();
365             aaSeq.addAlignmentAnnotation(aa);
366           }
367         }
368         al.addAnnotation(aa);
369       }
370     }
371   }
372
373   private static Annotation getCodonAnnotation(AlignedCodon is,
374           Annotation[] annotations)
375   {
376     // Have a look at all the codon positions for annotation and put the first
377     // one found into the translated annotation pos.
378     int contrib = 0;
379     Annotation annot = null;
380     for (int p = 1; p <= 3; p++)
381     {
382       int dnaCol = is.getBaseColumn(p);
383       if (annotations[dnaCol] != null)
384       {
385         if (annot == null)
386         {
387           annot = new Annotation(annotations[dnaCol]);
388           contrib = 1;
389         }
390         else
391         {
392           // merge with last
393           Annotation cpy = new Annotation(annotations[dnaCol]);
394           if (annot.colour == null)
395           {
396             annot.colour = cpy.colour;
397           }
398           if (annot.description == null || annot.description.length() == 0)
399           {
400             annot.description = cpy.description;
401           }
402           if (annot.displayCharacter == null)
403           {
404             annot.displayCharacter = cpy.displayCharacter;
405           }
406           if (annot.secondaryStructure == 0)
407           {
408             annot.secondaryStructure = cpy.secondaryStructure;
409           }
410           annot.value += cpy.value;
411           contrib++;
412         }
413       }
414     }
415     if (contrib > 1)
416     {
417       annot.value /= contrib;
418     }
419     return annot;
420   }
421
422   /**
423    * Translate a na sequence
424    * 
425    * @param selection
426    *          sequence displayed under viscontigs visible columns
427    * @param seqstring
428    *          ORF read in some global alignment reference frame
429    * @param acf
430    *          Definition of global ORF alignment reference frame
431    * @param proteinSeqs
432    * @return sequence ready to be added to alignment.
433    */
434   protected SequenceI translateCodingRegion(SequenceI selection,
435           String seqstring, AlignedCodonFrame acf,
436           List<SequenceI> proteinSeqs)
437   {
438     List<int[]> skip = new ArrayList<>();
439     int[] skipint = null;
440
441     int npos = 0;
442     int vc = 0;
443
444     int[] scontigs = new int[startcontigs.length];
445     System.arraycopy(startcontigs, 0, scontigs, 0, startcontigs.length);
446
447     // allocate a roughly sized buffer for the protein sequence
448     StringBuilder protein = new StringBuilder(seqstring.length() / 2);
449     String seq = seqstring.replace('U', 'T').replace('u', 'T');
450     char codon[] = new char[3];
451     int cdp[] = new int[3];
452     int rf = 0;
453     int lastnpos = 0;
454     int nend;
455     int aspos = 0;
456     int resSize = 0;
457     for (npos = 0, nend = seq.length(); npos < nend; npos++)
458     {
459       if (!Comparison.isGap(seq.charAt(npos)))
460       {
461         cdp[rf] = npos; // store position
462         codon[rf++] = seq.charAt(npos); // store base
463       }
464       if (rf == 3)
465       {
466         /*
467          * Filled up a reading frame...
468          */
469         AlignedCodon alignedCodon = new AlignedCodon(cdp[0], cdp[1],
470                 cdp[2]);
471         String aa = ResidueProperties.codonTranslate(new String(codon));
472         rf = 0;
473         final String gapString = String.valueOf(gapChar);
474         if (aa == null)
475         {
476           aa = gapString;
477           if (skipint == null)
478           {
479             skipint = new int[] { alignedCodon.pos1,
480                 alignedCodon.pos3 /*
481                                    * cdp[0],
482                                    * cdp[2]
483                                    */ };
484           }
485           skipint[1] = alignedCodon.pos3; // cdp[2];
486         }
487         else
488         {
489           if (skipint != null)
490           {
491             // edit scontigs
492             skipint[0] = vismapping.shift(skipint[0]);
493             skipint[1] = vismapping.shift(skipint[1]);
494             for (vc = 0; vc < scontigs.length;)
495             {
496               if (scontigs[vc + 1] < skipint[0])
497               {
498                 // before skipint starts
499                 vc += 2;
500                 continue;
501               }
502               if (scontigs[vc] > skipint[1])
503               {
504                 // finished editing so
505                 break;
506               }
507               // Edit the contig list to include the skipped region which did
508               // not translate
509               int[] t;
510               // from : s1 e1 s2 e2 s3 e3
511               // to s: s1 e1 s2 k0 k1 e2 s3 e3
512               // list increases by one unless one boundary (s2==k0 or e2==k1)
513               // matches, and decreases by one if skipint intersects whole
514               // visible contig
515               if (scontigs[vc] <= skipint[0])
516               {
517                 if (skipint[0] == scontigs[vc])
518                 {
519                   // skipint at start of contig
520                   // shift the start of this contig
521                   if (scontigs[vc + 1] > skipint[1])
522                   {
523                     scontigs[vc] = skipint[1];
524                     vc += 2;
525                   }
526                   else
527                   {
528                     if (scontigs[vc + 1] == skipint[1])
529                     {
530                       // remove the contig
531                       t = new int[scontigs.length - 2];
532                       if (vc > 0)
533                       {
534                         System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc - 1);
535                       }
536                       if (vc + 2 < t.length)
537                       {
538                         System.arraycopy(scontigs, vc + 2, t, vc,
539                                 t.length - vc + 2);
540                       }
541                       scontigs = t;
542                     }
543                     else
544                     {
545                       // truncate contig to before the skipint region
546                       scontigs[vc + 1] = skipint[0] - 1;
547                       vc += 2;
548                     }
549                   }
550                 }
551                 else
552                 {
553                   // scontig starts before start of skipint
554                   if (scontigs[vc + 1] < skipint[1])
555                   {
556                     // skipint truncates end of scontig
557                     scontigs[vc + 1] = skipint[0] - 1;
558                     vc += 2;
559                   }
560                   else
561                   {
562                     // divide region to new contigs
563                     t = new int[scontigs.length + 2];
564                     System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 1);
565                     t[vc + 1] = skipint[0];
566                     t[vc + 2] = skipint[1];
567                     System.arraycopy(scontigs, vc + 1, t, vc + 3,
568                             scontigs.length - (vc + 1));
569                     scontigs = t;
570                     vc += 4;
571                   }
572                 }
573               }
574             }
575             skip.add(skipint);
576             skipint = null;
577           }
578           if (aa.equals(ResidueProperties.STOP))
579           {
580             aa = STOP_ASTERIX;
581           }
582           resSize++;
583         }
584         boolean findpos = true;
585         while (findpos)
586         {
587           /*
588            * Compare this codon's base positions with those currently aligned to
589            * this column in the translation.
590            */
591           final int compareCodonPos = compareCodonPos(alignedCodon,
592                   alignedCodons[aspos]);
593           switch (compareCodonPos)
594           {
595           case -1:
596
597             /*
598              * This codon should precede the mapped positions - need to insert a
599              * gap in all prior sequences.
600              */
601             insertAAGap(aspos, proteinSeqs);
602             findpos = false;
603             break;
604
605           case +1:
606
607             /*
608              * This codon belongs after the aligned codons at aspos. Prefix it
609              * with a gap and try the next position.
610              */
611             aa = gapString + aa;
612             aspos++;
613             break;
614
615           case 0:
616
617             /*
618              * Exact match - codon 'belongs' at this translated position.
619              */
620             findpos = false;
621           }
622         }
623         protein.append(aa);
624         lastnpos = npos;
625         if (alignedCodons[aspos] == null)
626         {
627           // mark this column as aligning to this aligned reading frame
628           alignedCodons[aspos] = alignedCodon;
629         }
630         else if (!alignedCodons[aspos].equals(alignedCodon))
631         {
632           throw new IllegalStateException(
633                   "Tried to coalign " + alignedCodons[aspos].toString()
634                           + " with " + alignedCodon.toString());
635         }
636         if (aspos >= aaWidth)
637         {
638           // update maximum alignment width
639           aaWidth = aspos;
640         }
641         // ready for next translated reading frame alignment position (if any)
642         aspos++;
643       }
644     }
645     if (resSize > 0)
646     {
647       SequenceI newseq = new Sequence(selection.getName(),
648               protein.toString());
649       if (rf != 0)
650       {
651         final String errMsg = "trimming contigs for incomplete terminal codon.";
652         System.err.println(errMsg);
653         // map and trim contigs to ORF region
654         vc = scontigs.length - 1;
655         lastnpos = vismapping.shift(lastnpos); // place npos in context of
656         // whole dna alignment (rather
657         // than visible contigs)
658         // incomplete ORF could be broken over one or two visible contig
659         // intervals.
660         while (vc >= 0 && scontigs[vc] > lastnpos)
661         {
662           if (vc > 0 && scontigs[vc - 1] > lastnpos)
663           {
664             vc -= 2;
665           }
666           else
667           {
668             // correct last interval in list.
669             scontigs[vc] = lastnpos;
670           }
671         }
672
673         if (vc > 0 && (vc + 1) < scontigs.length)
674         {
675           // truncate map list to just vc elements
676           int t[] = new int[vc + 1];
677           System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 1);
678           scontigs = t;
679         }
680         if (vc <= 0)
681         {
682           scontigs = null;
683         }
684       }
685       if (scontigs != null)
686       {
687         npos = 0;
688         // map scontigs to actual sequence positions on selection
689         for (vc = 0; vc < scontigs.length; vc += 2)
690         {
691           scontigs[vc] = selection.findPosition(scontigs[vc]); // not from 1!
692           scontigs[vc + 1] = selection.findPosition(scontigs[vc + 1]); // exclusive
693           if (scontigs[vc + 1] == selection.getEnd())
694           {
695             break;
696           }
697         }
698         // trim trailing empty intervals.
699         if ((vc + 2) < scontigs.length)
700         {
701           int t[] = new int[vc + 2];
702           System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 2);
703           scontigs = t;
704         }
705         /*
706          * delete intervals in scontigs which are not translated. 1. map skip
707          * into sequence position intervals 2. truncate existing ranges and add
708          * new ranges to exclude untranslated regions. if (skip.size()>0) {
709          * Vector narange = new Vector(); for (vc=0; vc<scontigs.length; vc++) {
710          * narange.addElement(new int[] {scontigs[vc]}); } int sint=0,iv[]; vc =
711          * 0; while (sint<skip.size()) { skipint = (int[]) skip.elementAt(sint);
712          * do { iv = (int[]) narange.elementAt(vc); if (iv[0]>=skipint[0] &&
713          * iv[0]<=skipint[1]) { if (iv[0]==skipint[0]) { // delete beginning of
714          * range } else { // truncate range and create new one if necessary iv =
715          * (int[]) narange.elementAt(vc+1); if (iv[0]<=skipint[1]) { // truncate
716          * range iv[0] = skipint[1]; } else { } } } else if (iv[0]<skipint[0]) {
717          * iv = (int[]) narange.elementAt(vc+1); } } while (iv[0]) } }
718          */
719         MapList map = new MapList(scontigs, new int[] { 1, resSize }, 3, 1);
720
721         transferCodedFeatures(selection, newseq, map);
722
723         /*
724          * Construct a dataset sequence for our new peptide.
725          */
726         SequenceI rseq = newseq.deriveSequence();
727
728         /*
729          * Store a mapping (between the dataset sequences for the two
730          * sequences).
731          */
732         // SIDE-EFFECT: acf stores the aligned sequence reseq; to remove!
733         acf.addMap(selection, rseq, map);
734         return rseq;
735       }
736     }
737     // register the mapping somehow
738     //
739     return null;
740   }
741
742   /**
743    * Insert a gap into the aligned proteins and the codon mapping array.
744    * 
745    * @param pos
746    * @param proteinSeqs
747    * @return
748    */
749   protected void insertAAGap(int pos, List<SequenceI> proteinSeqs)
750   {
751     aaWidth++;
752     for (SequenceI seq : proteinSeqs)
753     {
754       seq.insertCharAt(pos, gapChar);
755     }
756
757     checkCodonFrameWidth();
758     if (pos < aaWidth)
759     {
760       aaWidth++;
761
762       /*
763        * Shift from [pos] to the end one to the right, and null out [pos]
764        */
765       System.arraycopy(alignedCodons, pos, alignedCodons, pos + 1,
766               alignedCodons.length - pos - 1);
767       alignedCodons[pos] = null;
768     }
769   }
770
771   /**
772    * Check the codons array can accommodate a single insertion, if not resize
773    * it.
774    */
775   protected void checkCodonFrameWidth()
776   {
777     if (alignedCodons[alignedCodons.length - 1] != null)
778     {
779       /*
780        * arraycopy insertion would bump a filled slot off the end, so expand.
781        */
782       AlignedCodon[] c = new AlignedCodon[alignedCodons.length + 10];
783       System.arraycopy(alignedCodons, 0, c, 0, alignedCodons.length);
784       alignedCodons = c;
785     }
786   }
787
788   /**
789    * Given a peptide newly translated from a dna sequence, copy over and set any
790    * features on the peptide from the DNA.
791    * 
792    * @param dna
793    * @param pep
794    * @param map
795    */
796   private static void transferCodedFeatures(SequenceI dna, SequenceI pep,
797           MapList map)
798   {
799     DBRefEntry[] dnarefs = DBRefUtils.selectRefs(dna.getDBRefs(),
800             DBRefSource.DNACODINGDBS);
801     if (dnarefs != null)
802     {
803       // intersect with pep
804       for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
805       {
806         Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
807         if (mp != null)
808         {
809         }
810       }
811     }
812     for (SequenceFeature sf : dna.getFeatures().getAllFeatures())
813     {
814         if (FeatureProperties.isCodingFeature(null, sf.getType()))
815         {
816           // if (map.intersectsFrom(sf[f].begin, sf[f].end))
817           {
818
819           }
820         }
821     }
822   }
823
824   /**
825    * Returns an alignment consisting of the reversed (and optionally
826    * complemented) sequences set in this object's constructor
827    * 
828    * @param complement
829    * @return
830    */
831   public AlignmentI reverseCdna(boolean complement)
832   {
833     int sSize = selection.size();
834     List<SequenceI> reversed = new ArrayList<>();
835     for (int s = 0; s < sSize; s++)
836     {
837       SequenceI newseq = reverseSequence(selection.get(s).getName(),
838               seqstring[s], complement);
839
840       if (newseq != null)
841       {
842         reversed.add(newseq);
843       }
844     }
845
846     SequenceI[] newseqs = reversed.toArray(new SequenceI[reversed.size()]);
847     AlignmentI al = new Alignment(newseqs);
848     ((Alignment) al).createDatasetAlignment();
849     return al;
850   }
851
852   /**
853    * Returns a reversed, and optionally complemented, sequence. The new
854    * sequence's name is the original name with "|rev" or "|revcomp" appended.
855    * aAcCgGtT and DNA ambiguity codes are complemented, any other characters are
856    * left unchanged.
857    * 
858    * @param seq
859    * @param complement
860    * @return
861    */
862   public static SequenceI reverseSequence(String seqName, String sequence,
863           boolean complement)
864   {
865     String newName = seqName + "|rev" + (complement ? "comp" : "");
866     char[] originalSequence = sequence.toCharArray();
867     int length = originalSequence.length;
868     char[] reversedSequence = new char[length];
869     int bases = 0;
870     for (int i = 0; i < length; i++)
871     {
872       char c = complement ? getComplement(originalSequence[i])
873               : originalSequence[i];
874       reversedSequence[length - i - 1] = c;
875       if (!Comparison.isGap(c))
876       {
877         bases++;
878       }
879     }
880     SequenceI reversed = new Sequence(newName, reversedSequence, 1, bases);
881     return reversed;
882   }
883
884   /**
885    * Answers the reverse complement of the input string
886    * 
887    * @see #getComplement(char)
888    * @param s
889    * @return
890    */
891   public static String reverseComplement(String s)
892   {
893     StringBuilder sb = new StringBuilder(s.length());
894     for (int i = s.length() - 1; i >= 0; i--)
895     {
896       sb.append(Dna.getComplement(s.charAt(i)));
897     }
898     return sb.toString();
899   }
900
901   /**
902    * Returns dna complement (preserving case) for aAcCgGtTuU. Ambiguity codes
903    * are treated as on http://reverse-complement.com/. Anything else is left
904    * unchanged.
905    * 
906    * @param c
907    * @return
908    */
909   public static char getComplement(char c)
910   {
911     char result = c;
912     switch (c)
913     {
914     case '-':
915     case '.':
916     case ' ':
917       break;
918     case 'a':
919       result = 't';
920       break;
921     case 'A':
922       result = 'T';
923       break;
924     case 'c':
925       result = 'g';
926       break;
927     case 'C':
928       result = 'G';
929       break;
930     case 'g':
931       result = 'c';
932       break;
933     case 'G':
934       result = 'C';
935       break;
936     case 't':
937       result = 'a';
938       break;
939     case 'T':
940       result = 'A';
941       break;
942     case 'u':
943       result = 'a';
944       break;
945     case 'U':
946       result = 'A';
947       break;
948     case 'r':
949       result = 'y';
950       break;
951     case 'R':
952       result = 'Y';
953       break;
954     case 'y':
955       result = 'r';
956       break;
957     case 'Y':
958       result = 'R';
959       break;
960     case 'k':
961       result = 'm';
962       break;
963     case 'K':
964       result = 'M';
965       break;
966     case 'm':
967       result = 'k';
968       break;
969     case 'M':
970       result = 'K';
971       break;
972     case 'b':
973       result = 'v';
974       break;
975     case 'B':
976       result = 'V';
977       break;
978     case 'v':
979       result = 'b';
980       break;
981     case 'V':
982       result = 'B';
983       break;
984     case 'd':
985       result = 'h';
986       break;
987     case 'D':
988       result = 'H';
989       break;
990     case 'h':
991       result = 'd';
992       break;
993     case 'H':
994       result = 'D';
995       break;
996     }
997
998     return result;
999   }
1000 }